text size

Genetická charakterizace tetracyklinové resistence u vybraných půdních isolátů bakterií.

Notice: I hereby declare that I am aware that the information acquired from theses published by Charles University may not be used for commercial purposes or may not be published for educational, scientific or other creative activities as activities of person other than the author.
Title:
Genetická charakterizace tetracyklinové resistence u vybraných půdních isolátů bakterií.
Titile (in english):
Genetic characterization of tetracycline resistance in selected soil isolates of bacteria.
Type:
Diploma thesis
Author:
Mgr. Bc. Tereza Hucková
Supervisor:
RNDr. Irena Lichá, CSc.
Opponent:
Ing. Jiří Janata, CSc.
Thesis Id:
66352
Faculty:
Faculty of Science (PřF)
Department:
Department of Genetics and Microbiology (31-140)
Study programm:
Biology (N1501)
Study branch:
Microbiology (NMIKRO)
Degree granted:
Mgr.
Defence date:
20/09/2010
Defence result:
Excellent
Language:
Czech
Abstract (in czech):
GENETICKÁ CHARAKTERIZACE TETRACYKLINOVÉ REZISTENCE U VYBRANÝCH PŮDNÍCH IZOLÁTŮ BAKTERIÍ Abstrakt Rezistence k antibiotikům se stále více rozšiřuje mezi bakteriálními mikroorganizmy. Abychom byli schopní na tuto situaci reagovat, je nutné podrobně porozumět všem mechanizmům rezistence a možnosti rozšiřování genů rezistence v prostředí. V této práci jsme se pokusili identifikovat determinantu rezistence k tetracyklinu u vybraných půdních izolátů grampozitivních i gramnegativních bakterií. Tyto izoláty pocházejí z půdy nehnojené a půdy, která byla hnojena mrvou kontaminovanou tetracyklinem. U izolátů jsme testovali přítomnost dvaceti třech vybraných determinant rezistence k tetracyklinu a přítomnost determinant rezistence k tetracyklinu v knihovně DNA. U izolátů rodu Staphylococcus jsme identifikovali determinantu rezistence tet(K). U izolátu rodu Arthrobacter byl amplifikován fragment DNA primery pro tet(M) determinantu, její přítomnost však nebyla potvrzena sekvenačně. U izolátů rodů Chryseobacterium a Stenotrophomonas nebyla přítomna žádná z testovaných determinant rezistence k tetracyklinu. Podařilo se však prokázat probíhající horizontální přenos genů mezi rody Stenotrophomonas a Chryseobacterium a u rodu Chryseobacterium byly identifikovány geny kódující hybridní protein a efluxní pumpu SmeW, oba specifické pro rod Stenotrophomonas. Spojení hybridního proteinu a rezistence k tetracyklinu nebylo v této studii prokázáno. Gen hybridního proteinu je pravděpodobně součástí mobilního elementu, jehož přenos byl prokázán konjugativní reakcí v laboratorních podmínkách. Klíčová slova: tetracyklin, rezistence, MDR pumpy, horizontální přenos genů, Stenotrophomonas maltophilia, Staphylococcus sp, Chryseobacterium sp., Arthrobacter sp.
Abstract:
GENETIC CHARACTERIZATION OF TETRACYCLINE RESISTANCE IN SELECTED SOIL ISOLATES OF BACTERIA Abstract Antibiotic resistance is becoming increasingly widespread among bacterial organisms. To respond to the situation it is necessary to understand in detail all the mechanisms of resistance as well as expansion possibilities of resistance genes in the environment. In this study we attempted to identify tetracycline resistance determinants in selected soil gram-positive and gram-negative isolates. The isolates originate from unfertilized soil and from soil fertilized with tetracycline-contaminated manure. We tested the soil isolates for the presence of twenty three selected tetracycline resistance determinants and presence of tetracycline resistance determinants in DNA libraries. We identified one of the tetracycline resistance determinants tet(K) in Staphylococcus sp. A DNA fragment was amplified with primers for tet(M) determinant in Arthrobacter sp., but its presence was not confirmed by the sequence analysis. None of the tested tetracycline resistance determinants were present in the genera Chryseobacterium and Stenotrophomonas. However, we managed to prove the ongoing horizontal gene transfer between the genus Stenotrophomonas and the genus Chryseobacterium. The transferred sequences encoded hybrid protein and efflux pump SmeW, both of them specific for genus Stenotrophomonas. Association of hybrid protein with resistance to tetracycline was not demonstrated in this study. The gene encoded hybrid protein is probably a component of a mobile element, whose transfer was confirmed by conjugation reaction under laboratory conditions. Keywords: tetracycline, resistance, MDR pumps, horizontal gene transfer, Stenotrophomonas maltophilia, Staphylococcus sp., Chryseobacterium sp., Arthrobacter sp.
Documents
Download Document Author Type File size
Download Text of the thesis Mgr. Bc. Tereza Hucková 12.93 MB
Download Abstract in czech Mgr. Bc. Tereza Hucková 1.82 MB
Download Abstract in english Mgr. Bc. Tereza Hucková 1.09 MB
Download Supervisor's review RNDr. Irena Lichá, CSc. 593 kB
Download Opponent's review Ing. Jiří Janata, CSc. 1.51 MB
Download Defence's report 256 kB