velikost textu

Modelling of the interaction of proteins and peptides with metal ions

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Modelling of the interaction of proteins and peptides with metal ions
Název v češtině:
Modelování interakce proteinů a peptidů s kovovými ionty
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Mgr. Ondrej Gutten
Vedoucí:
doc. RNDr. Jan Konvalinka, CSc.
Oponent:
doc. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D.
Konzultant:
RNDr. Lubomír Rulíšek, Ph.D.
Id práce:
66248
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra biochemie (31-250)
Program studia:
Biochemie (N1406)
Obor studia:
Biochemie (NBIOD)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
15. 9. 2010
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
metaloproteiny, selektivita pro ionty kovů, in silico predikce
Klíčová slova v angličtině:
metalloproteins, metal ion selectivity, in silico prediction
Abstrakt:
Modelování interakce proteinů a peptidů s kovovými ionty. Ondrej Gutten – Diplomová práce Klíčová slova: Metaloproteiny, selektivita pro ionty kovů, in silico predikce Abstrakt: Byla navržena metoda pro in silico predikci a odhad schopnosti vybraných peptidů selektivně vázat ionty kovů. Dále byly důkladně otestovány použitelnost a omezení navržené metody. Studie je rozdělena do tří částí. První část se zabývá použitelností dvou kvantově- chemických metod (DFT, MP2) pro navržený přístup. Testování zahrnuje porovnání s referenčními výsledky získanými metodou CCSD(T), analýzu vlivu použité báze atomových orbitalů, porovnání obou metod při optimalizaci geometrie a analýzu použitého modelu reprezentujícího vodní prostředí. Ve druhé části jsou porovnávány výsledky predikce selektivity vazby iontů kovů v modelových peptidech a v jednoduchých systémech z nich odvozených. Poslední část diplomové práce popisuje první krok v rozsáhlé snaze prozkoumat obrovské množství jednoduchých modelových systémů, která povede k návrhu metaloproteinů s definovanými vlastnostmi.
Abstract v angličtině:
Modelling of interactions of proteins and peptides with metal ions Ondrej Gutten – Diploma thesis Keywords: Metalloproteins, metal ion selectivity, in silico prediction Abstract: An approach for in silico prediction and estimation of selectivity properties of metal-binding peptides is suggested. An in-depth analysis is performed to disclose the justifiability and limitations of this approach. The study is divided into three parts. First part investigates the soundness of two quantum chemical methods (MP2 and DFT) for their use in the set-up quest. The testing includes comparison with CCSD(T), effect of basis selection, performance of the two methods in geometry optimizations and effect of implicit solvent model. Second part foreshadows the approach of searching for a metal selective peptide by thoroughly investigating the ability of simple representative systems, derived from their metalloprotein templates, to retain the property of interest. Final part describes the initial step of extensive combinatorial approach towards examination of vast number of simple systems that represent metal-binding sites, and which are to be used for prediction of metal-selectivity through exploitation of the described approach and, ultimately, to the de novo design of metalloproteins with desired properties.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Ondrej Gutten 1.12 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Ondrej Gutten 10 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Ondrej Gutten 7 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. Jan Konvalinka, CSc. 61 kB
Stáhnout Posudek oponenta doc. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D. 90 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 81 kB