velikost textu

DNA vazebné vlastnosti proteinů rodiny CSL ve Schizosaccharomyces pombe

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
DNA vazebné vlastnosti proteinů rodiny CSL ve Schizosaccharomyces pombe
Název v angličtině:
DNA-binding properties of the CSL proteins of Schizosaccharomyces pombe
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Mgr. Martina Oravcová
Vedoucí:
doc. RNDr. František Půta, CSc.
Oponent:
Mgr. Pavel Doležal, Ph.D.
Id práce:
64908
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra buněčné biologie (31-151)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Buněčná a vývojová biologie (NBUNVYB)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
21. 9. 2010
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
proteiny CSL, vazba na DNA, Schizosaccharomyces pombe, signalizace Notch, CSL-responzivní geny, kompetice vazby, DNA sondy, regulace transkripce
Klíčová slova v angličtině:
CSL proteins, binding on DNA, Schizosaccharomyces pombe, Notch pathway, CSL responsive genes, binding competition, DNA probes, regulation of transcription
Abstrakt:
Abstrakt Transkripční faktory rodiny CSL (CBF1/RBP-Jκ/Suppressor of Hairless/Lag-1) jsou jako výkonná složka signální kaskády Notch podstatné pro mnohé vývojové procesy metazoálních organismů, ale mohou působit také nezávisle na Notch. V nedávné době byla jejich přítomnost prokázána v houbových organismech, které postrádají signalizaci Notch a také většinu známých metazoálních interakčních partnerů. Proteiny CSL jednobuněčné kvasinky Schizosaccharomyces pombe, Cbf11 a Cbf12, byly experimentálně určeny jako neesenciální jaderné transkripční faktory, které antagonistickým způsobem regulují buněčnou adhezi, produkci extracelulárního materiálu, morfologii kolonií, septaci a oddělování dceřiných buněk, koordinaci jaderného a buněčného dělení a udržování ploidie. Responzivní geny těchto faktorů dosud nejsou známé. V této práci byly predikovány geny S. pombe, jejichž promotorové oblasti představují možné přímé cíle pro vazbu proteinů Cbf. Vazba proteinů Cbf11, Cbf12 a také zkráceniny Cbf12∆N na vazebné elementy pro faktory CSL obsažené v regulačních oblastech vybraných genů S. pombe byla testována in vitro metodou EMSA a následně v případě proteinu Cbf11 in vivo metodou ChIP. Proteiny Cbf11 a Cbf12∆N sekvenčně specificky rozpoznávají vazebné elementy in vitro, ale jejich afinita, stejně tak jako jejich vazebné preference se v rámci testovaných sekvencí liší. U proteinu Cbf12 vazba na DNA prokázána nebyla, v čemž může hrát roli amino-terminální doména proteinu. Výsledky získané in vitro nevylučují naši hypotézu, že proteiny Cbf11 a Cbf12 váží promotory responzivních genů S. pombe in vivo a v závislosti na kontextu působí jako negativní a/nebo pozitivní regulátory jejich transkripce, avšak vazba Cbf11 na vybrané promotorové oblasti genů in vivo nebyla za daných podmínek prokázána.
Abstract v angličtině:
Abstract As the effector component of the Notch signaling pathway the transcription factors of the CSL family (CBF1/RBP-Jκ/Suppressor of Hairless/Lag-1) are essential for many developmental processes in metazoan organisms, but they can function also independently of Notch. Recently, their presence was proved in fungal organisms lacking the Notch pathway as well as most of the known metazoan interacting partners. Cbf11 and Cbf12, the CSL proteins of the unicellular yeast Schizosaccharomyces pombe, were determined experimentally as non-essential nuclear transcription factors, which regulate cell adhesion, extracellular material production, colony morphology, septation and daughter cell separation, coordination of nuclear and cell division, and ploidy maintenance in an antagonistic way. The responsive genes of these factors are not known yet. In this study, genes of S. pombe, whose promoter regions represent potential direct targets for the Cbf proteins binding, were predicted. The binding of the Cbf11 and Cbf12 proteins, and of a truncated version Cbf12∆N to CSL response elements contained in the regulatory regions of selected S. pombe genes was tested in vitro by EMSA, and consequently, in the case of the Cbf11 protein, also in vivo by ChIP. Cbf11 and Cbf12∆N recognize specifically the response elements in vitro, but their affinity as well as their binding preferences differ among the sequences tested. The Cbf12 protein was not shown to bind to DNA, which might be an effect of the presence of the amino-terminal domain. The results obtained in vitro do not exclude our hypothesis that the Cbf11 and Cbf12 proteins bind the promoters of S. pombe responsive genes in vivo and, depending on context, act as negative and/or positive regulators of their transcription, however the binding of Cbf11 to selected gene promoter regions in vivo was not proved under the conditions used.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Martina Oravcová 3.17 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Martina Oravcová 18 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Martina Oravcová 15 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. František Půta, CSc. 840 kB
Stáhnout Posudek oponenta Mgr. Pavel Doležal, Ph.D. 97 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 971 kB