velikost textu

Computer Modeling of Tissue Development

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Computer Modeling of Tissue Development
Název v češtině:
Počítačové modelování vývoje tkání
Typ:
Disertační práce
Autor:
Mgr. Vojtěch Bednář
Školitel:
doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc.
Oponenti:
prof. RNDr. Martin Loebl, CSc.
Ing. Václav Klika, Ph.D.
Id práce:
44879
Fakulta:
Matematicko-fyzikální fakulta (MFF)
Pracoviště:
Katedra aplikované matematiky (32-KAM)
Program studia:
Informatika (P1801)
Obor studia:
Diskrétní modely a algoritmy (4I4)
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
27. 9. 2016
Výsledek obhajoby:
Neprospěl/a
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
hybridní model, agentně založené modelování, digitální biologická buňka, zygotický graf
Klíčová slova v angličtině:
hybrid model, agent-based modeling, digital biological cell, zygotic graph
Abstrakt:
Název práce: Počítačové modelování vývoje tkání Autor: Vojtěch Bednář Katedra: Katedra aplikované matematiky Vedoucí: Doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. Abstrakt: Tato práce popisuje hybridní na individuální buňce založený přístup k modelování soustav biologických buněk. V první části je zaveden reakčně-difúzní model prostředí, vaxové ekvilibrium a model buňky postavený na zygotickém grafu a kumulačních stavech. Dále jsou představeny simulace modelující tři biologicky motivované situace: Vznik dutiny, růst nádoru a buněčnou migraci v chronickém zánětu. První model ukazuje scénář formování duté struktury založený na směrovém dělení a buněčné migraci. Druhý model se zabývá růstem potomstva mírně poškozené buňky. Výsledný nádor vykazuje tři stádia maligní transformace. Dále je pozorován jak vznik agresivního nádoru bez detekovatelného prekurzoru na jedné straně tak postupná transformace benigního útvaru na maligní na druhé, každý jako důsledek jiné parametrizace modelové situace. Poslední model se zabývá analýzou role membránové enzymatické aktivity na migrujících buňkách imunitního systému v chronickém zánětu. V tomto modelu je pozorováno, že absence této aktivity je zodpovědná za výskyt chronického zánětu namísto fyziologicky relevantní imunitní odpovědi. Klíčová slova: hybridní model, agentně založené modelování, digitální biologická buňka, zygotický graf
Abstract v angličtině:
Title: Computer Modeling of Tissue Development Author: Vojtěch Bednář Department: Department of applied mathematics Supervisor: Doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. Abstract: This thesis describes hybrid individual cell-based approach to modeling of systems of biological cells. In the first part reaction-diffusion model of environment is introduced together with vax equilibrium and model of a cell based on zygotic graph and cummulative states. Further, simulations modeling three biologically motivated situations are introduced: Lumen formation, tumor growth, and cellular migration in chronic inflammation. The first model shows a scenario of hollow structure formation based on directional division and cellular migration. The second model is concerned with the growth of a progeny of a slightly damaged cell. The resulting tumor exhibits three stages of malign transformation. Further, emergence of an aggressive tumor without detectable precursor is observed on one hand and a continual transformation of a benign neoplasm into a malign one is seen on the other hand. Each of these cases is a consequence of different parametrization of the model situation. The last model analyses the role of membrane enzymatic activity in migrating cells of the immune system in chronic inflammation. In this model it is observed that absence of this activity is responsible for occurence of a chronic inflammation instead of physiologically relevant immune response. Keywords: hybrid model, agent-based modeling, digital biological cell, zygotic graph
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Vojtěch Bednář 5.64 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Vojtěch Bednář 33 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Vojtěch Bednář 34 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. 1.08 MB
Stáhnout Posudek oponenta prof. RNDr. Martin Loebl, CSc. 518 kB
Stáhnout Posudek oponenta Ing. Václav Klika, Ph.D. 783 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. RNDr. Jiří Fiala, Ph.D. 156 kB