velikost textu

Počítačové modelování biomolekul - potenciálních chemoterapeutik

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Počítačové modelování biomolekul - potenciálních chemoterapeutik
Název v angličtině:
Computer modelling of biomolecules - potential chemoterapeutics
Typ:
Disertační práce
Autor:
Mgr. Kamil Maláč, Ph.D.
Školitel:
RNDr. Ivan Barvík, Ph.D.
Oponenti:
doc. RNDr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.
prof. doc. RNDr. Mgr. Rüdiger Ettrich, Ph.D.
Id práce:
42397
Fakulta:
Matematicko-fyzikální fakulta (MFF)
Pracoviště:
Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
Program studia:
Fyzika (P1701)
Obor studia:
Matematické a počítačové modelování (4F11)
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
27. 9. 2013
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
molekulární dynamika, polymeráza, ribonukleáza
Klíčová slova v angličtině:
molecular dynamics, polymerase, ribonuclease
Abstrakt:
Abstrakt: Hlavní metodou uplatněnou v této práci byly klasické molekulárně-dynamické simulace. Simulovanými systémy byly komplexy RNA-dependentní-RNA polymerázy, Ribonukleázy H, Argonautu a Ribonukleázy L s chemicky modifikovanými nukleovými kyselinami. Motivací bylo využití těchto chemicky modifikovaných nukleových kyselin jako potenciálních chemoterapeutik. Výkonné grafické karty, prostřednictvím nichž byly molekulárně-dynamické simulace provedeny, umožnily získat trajektorie o délce stovek nanosekund až jedné mikrosekundy, což umožnilo postihnout rozdíly ve vazbě různě modifikovaných nukleových kyselin k výše uvedeným enzymům. Zjištěné rozdíly přitom odpovídaly experimentálním výsledkům, což otevírá prostor pro racionální návrh struktury potenciálních chemoterapeutik na bázi chemicky modifikovaných nukleových kyselin.      
Abstract v angličtině:
Abstract: Classical molecular dynamics simulations were applied on complexes of RNA-dependent RNA-polymerase, Ribonuclease H, Argonaute and Ribonuclease L with chemically modified nucleic acids, which are studied as potential chemotherapeutic agents. Powerful graphics processing units, through which these molecular dynamics simulations were performed, enabled to acquire trajectory length from hundreds of nanoseconds to one microsecond. Molecular dynamics simulations allowed capture differences in binding of various modified nucleic acids to the above mentioned enzymes. These identified differences fitted well with experimental results. It opens the door for rational design of the structure of potential chemotherapeutic agents based on chemically modified nucleic acids.    
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Kamil Maláč, Ph.D. 129.3 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Kamil Maláč, Ph.D. 64 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Kamil Maláč, Ph.D. 21 kB
Stáhnout Posudek vedoucího RNDr. Ivan Barvík, Ph.D. 26 kB
Stáhnout Posudek oponenta doc. RNDr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. 220 kB
Stáhnout Posudek oponenta prof. doc. RNDr. Mgr. Rüdiger Ettrich, Ph.D. 207 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. Mgr. Milan Pokorný, Ph.D. 394 kB