velikost textu

Charakterizace nekanonické RNA polymerázy kódované lineárními plasmidy kvasinek

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Charakterizace nekanonické RNA polymerázy kódované lineárními plasmidy kvasinek
Název v angličtině:
Characterization of non-canonical RNA polymerase encoded by the yeast linear plasmids
Typ:
Rigorózní práce
Autor:
Mgr. Michal Sýkora
Id práce:
223297
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Genetika, molekulární biologie a virologie (NGEMOVI)
Přidělovaný titul:
RNDr.
Datum obhajoby:
12. 3. 2020
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
Kluyveromyces lactis, lineární plasmidy, nekanonická RNA polymeráza, transkripce
Klíčová slova v angličtině:
Kluyveromyces lactis, linear plasmids, non-canonical RNA polymerase, transcription
Abstrakt:
ABSTRAKT Transkripce je hlavním kontrolním bodem genové exprese. Tento proces závisí na proteinovém komplexu vícepodjednotkových RNA polymeráz, které jsou mimořádně konzervované mezi všemi buněčnými organismy. U mimochromozomálních dědičných elementů, jako jsou organely, viry a plasmidy, je transkripce závislá na RNA polymerázách buněk hostitelských organismů, nebo tyto elementy kódují RNA polymerázu vlastní. Předpokládaná nekanonická RNA polymeráza, skládající se ze dvou podjednotek, je kódována také lineárními cytoplasmatickými plasmidy kvasinky Kluyveromyces lactis a velmi pravděpodobně přepisuje pouze geny těchto plasmidů. Kromě dvou podjednotek RNA polymerázy kódují lineární plasmidy Kluyveromyces lactis ještě další dvě předpokládané komponenty transkripčního aparátu, a to capping enzym přidávající čepičku na 5´ konce mRNA, a předpokládanou DExD/H box helikázu. Charakterizace unikátního a nepříliš probádaného transkripčního aparátu plasmidů Kluyveromyces lactis byla hlavní náplní této práce. Cílem bylo především: 1) objasnit evoluční původ transkripčního aparátu lineárních plasmidů; 2) popsat architekturu transkripčního komplexu lineárních plasmidů in vivo se zaměřením na předpokládané vazebné partnery RNA polymerázy; 3) odhalit mechanismy iniciace a terminace transkripce kvasinkových lineárních plasmidů. Hlavními výsledky této práce jsou zjištění, že: 1) nekanonická RNA polymeráza a promotory genů kvasinkových lineárních plasmidů mají původ blízký poxvirům; 2) podjednotky RNA polymerázy, mRNA capping enzym a předpokládaná helikáza tvoří komplex in vivo, přičemž předpokládaná helikáza specificky interaguje s plasmidovou DNA in vivo; 3) během iniciace transkripce dochází k 5´ polyadenylaci transkriptů klouzáním RNA polymerázy na sekvenčním elementu promotoru a na tvorbě 3´ konců transkriptů se podílí RNA vlásenky in vivo, pravděpodobně mechanismem vnitřní terminace transkripce. Klíčová slova: Kluyveromyces lactis, lineární plasmidy, nekanonická RNA polymeráza, transkripce
Abstract v angličtině:
ABSTRACT Transcription is the control point of gene expression. This process relies on protein complex of multisubunit RNA polymerases, which are extremely conserved among all cellular organisms. Transciption of extrachromosomal hereditary elements such as organelles, viruses and plasmids is dependent on host cellular RNA polymerases or intrinsic RNA polymerase is contained within these elements. Putative non-canonical two-subunit RNA polymerase is also encoded by linear cytoplasmic plasmids of the yeast Kluyveromyces lactis and most likely transcribes genes of these plasmids. Besides the two subunits of RNA polymerase encoded by linear plasmids of Kluyveromyces lactis there are another two estimated components of the transcription apparatus, namely capping enzyme that adds the cap to 5´ mRNA ends and putative DExD/H box helicase. Characterization of the unique and underexplored transcription machinery of Kluyveromyces lactis plasmids was the principal objective of this work. The main goal was to: 1) clarify evolutionary origin of the linear plasmid transcription apparatus; 2) describe architecture of the linear plasmid transcription complex in vivo focused on putative RNA polymerase binding partners; 3) reveal mechanisms of transcription initiation and termination of the yeast linear plasmids. The main results of this work are the findings that: 1) non-canonical RNA polymerase and promoters of the yeast linear plasmid genes have origin close to poxviruses; 2) RNA polymerase subunits, mRNA capping enzyme and putative helicase form a complex in vivo, and the putative helicase interacts with plasmid-specific DNA in vivo; 3) during transcription initiation 5´ polyadenylation of the transcripts occurs via RNA polymerase slippage at promoter sequence element, and RNA stem loops influence 3´ end formation of the transcripts in vivo, probably by the mechanism of intrinsic transcription termination. Keywords: Kluyveromyces lactis, linear plasmids, non-canonical RNA polymerase, transcription
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Michal Sýkora 73.35 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Michal Sýkora 92 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Michal Sýkora 153 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby prof. RNDr. Zdena Palková, CSc. 151 kB