velikost textu

Studium interakcí enzymu DHRS7 s proteiny metodou pull-down

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Studium interakcí enzymu DHRS7 s proteiny metodou pull-down
Název v angličtině:
Study of protein-protein interaction of DHRS7 enzyme by pull-down assay
Typ:
Rigorózní práce
Autor:
Mgr. Kateřina Káchová
Vedoucí:
Mgr. Eva Novotná, Ph.D.
Oponent:
Ing. Petra Matoušková, Ph.D.
Konzultant:
RNDr. Lucie Škarydová, Ph.D.
Id práce:
211168
Fakulta:
Farmaceutická fakulta v Hradci Králové (FaF)
Pracoviště:
Katedra biochemických věd (16-16160)
Program studia:
Farmacie (M5206)
Obor studia:
Farmacie (FAR)
Přidělovaný titul:
PharmDr.
Datum obhajoby:
17. 6. 2019
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Čeština
Abstrakt:
ABSTRAKT Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Kateřina Káchová Školitel: RNDr. Eva Novotná, Ph.D. Název diplomové práce: Studium interakcí enzymu DHRS7 s proteiny metodou pull-down Dehydrogenáza/reduktáza nadrodiny SDR 7 (DHRS7) patří mezi méně probádané enzymy této nadrodiny. Bylo prokázáno, že se tento enzym in vitro zapojuje do redukčního metabolismu celé řady sloučenin, jako například steroidů, retinoidů a xenobiotik. V poslední době se také objevují výsledky poukazující na možnou roli tohoto enzymu v patogenezi nádoru prostaty či jiných onemocnění. Proto by bylo vhodné tento enzym podrobněji charakterizovat s cílem objasnit jeho pato/fyziologickou funkci v organismu. Jelikož se v poslední době poukazuje na důležitost protein-protein interakcí pro funkci proteinů, bylo cílem této práce popsat interakční partnery enzymu DHRS7 a tím přispět k prohloubení znalostí o tomto enzymu. K tomu byla použita in vitro metoda pull-down. V prvním kroku byl enzym DHRS7 (návnadový protein) imobilizován na vhodný nosič (magnetické partikule His Mag Sepharose Ni a nemagnetické Protino Ni-IDA partikule). Poté byl nosič s DHRS7 enzymem inkubován s lyzátem buněk Hep G2, zdrojem možných interakčních partnerů. SDS-PAGE elektroforéza vzorků po eluci obsahovala několik proužků, které mohly obsahovat interakční partnery DHRS7 enzymu. K jejich identifikaci byla využita MS analýza. V této práci byla zavedena a zoptimalizována pull-down metoda, in vitro metoda pro studium protein-protein interakcí, která může být využívána pro další experimenty na Farmaceutické fakultě v Hradci Králové.
Abstract v angličtině:
ABSTRACT Charles University Faculty of Pharmacy in Hradec Kralove Department of Biochemical Sciences Candidate: Kateřina Káchová Supervisor: RNDr. Eva Novotná, Ph.D. Title of diploma thesis: Study of protein-protein interaction of DHRS7 enzyme by pull-down assay Dehydrogenase/reductase (SDR family) member 7 (DHRS7) is one of the less studied enzymes of SDR superfamily. It has been proven that this enzyme is in vitro involved in reductive metabolism of various compounds, such as steroids, retinoids and xenobiotics. Recently results pointing out to possible role of this enzyme in the pathogenesis of prostate cancer or other diseases has been published. It would be suitable to better characterize this enzyme to clarifying its patho/physiological role in the organism. Because protein-protein interactions seem to be important for the function of proteins, the aim of this study was to identify interaction partners of the DHRS7, and thus contribute to the improvement of understanding of this enzyme. For our experiments, pull-down assay, in vitro method was utilized. The first step was immobilization of DHRS7 enzyme (bait protein) to suitable carrier (His Mag Sepharose Ni particles and nonmagnetic Protino Ni-IDA particles). Subsequently, the carrier with immobilized DHRS7 was incubated with the lysate of Hep G2 cells – the source of possible interacting proteins. The SDS-PAGE electrophoresis of sample after elution consist of several bands containing potential interacting partners of DHRS7. The MS analysis was used to identify these proteins. The pull-down assay, in vitro method for study of protein-protein interaction, was implemented and optimized that could be used for further experiments at the Faculty of Pharmacy in Hradec Kralove.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Kateřina Káchová 2.1 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Kateřina Káchová 390 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Kateřina Káchová 386 kB
Stáhnout Posudek vedoucího Mgr. Eva Novotná, Ph.D. 197 kB
Stáhnout Posudek oponenta Ing. Petra Matoušková, Ph.D. 283 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 285 kB