velikost textu

Přiřazení rezonančních frekvencí atomům proteinové páteře myšího proteinu Nkrp1c

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Přiřazení rezonančních frekvencí atomům proteinové páteře myšího proteinu Nkrp1c
Název v angličtině:
Backbone Resonance Assignment of the mouse protein Nkrp1c
Typ:
Bakalářská práce
Autor:
Bc. Dominik Nelic
Vedoucí:
Mgr. Josef Chmelík, Ph.D.
Oponent:
RNDr. Daniel Kavan, Ph.D.
Id práce:
208030
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra biochemie (31-250)
Program studia:
Biochemie (B1406)
Obor studia:
Biochemie (BBIO)
Přidělovaný titul:
Bc.
Datum obhajoby:
10. 6. 2019
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
NMR proteinu, Nkrp1c
Klíčová slova v angličtině:
protein NMR, Nkrp1c
Abstrakt:
Abstrakt Protein Nkrp1c je receptor na povrchu myších přirozeně zabíječských buněk (natural killer cells) imunitního systému, který patří do rodiny C-lektin receptorů. Tyto buňky vytvářejí vrozenou imunitu proti nádorům či patogenům před vznikem protilátek. Určení 3D struktury proteinů je často klíčem pro pochopení funkce proteinu na molekulární úrovni. Jednou z možností, jak určit strukturu proteinů na atomární úrovni, je nukleární magnetická rezonance. Náplní této bakalářské práce bylo vyhodnocení několika již naměřených spekter a přiřazení rezonančních frekvencí atomů peptidové páteře potřebných pro získání dat na predikci sekundární struktury pro protein Nkrp1c, který byl připravený rekombinantní expresí. K vyhodnocení naměřených spekter byl využit program Sparky. Samotná predikce sekundární struktury proteinu Nkrp1c byla provedena programy Talos+ a PSIPRED. Získané výsledky byly porovnány s již publikovaným homologním modelem receptoru proteinu Nkrp1c. Klíčová slova: NMR proteinu, Nkrp1c
Abstract v angličtině:
Abstract The protein Nkrp1c is a receptor on the surface of murine natural killer cells belonging to the C-lectin receptor family. These cells create congenital immunity against tumors or pathogens before the formation of antibodies. Determining the 3D protein structure is often the key to understanding the function of the protein at the molecular level. One way to determine the structure of proteins at the atomic level is nuclear magnetic resonance. The aim of this bachelor thesis was to evaluate several already measured spectra and to assign the resonance frequencies of the peptide backbone atoms needed to obtain data for the secondary structure prediction for Nkrp1c protein, which was prepared by recombinant expression. The Sparky program was used to evaluate the measured spectra. The prediction of the secondary structure of the Nkrp1c protein itself was performed by programs Talos+ and PSIPRED. The obtained results were compared with the already published homologous model of the Nkrp1c protein receptor. Keywords: protein NMR, Nkrp1c
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Dominik Nelic 2.12 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Dominik Nelic 95 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Dominik Nelic 88 kB
Stáhnout Posudek vedoucího Mgr. Josef Chmelík, Ph.D. 104 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Daniel Kavan, Ph.D. 102 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby prof. RNDr. Petr Hodek, CSc. 153 kB