velikost textu

Konformační přechody a stabilita kvadruplexů nukleových kyselin

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Konformační přechody a stabilita kvadruplexů nukleových kyselin
Název v angličtině:
Conformational transitions and stability of quadruplex nucleic acids
Typ:
Bakalářská práce
Autor:
Bc. Zuzana Johanovská
Vedoucí:
doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc.
Oponent:
RNDr. Václav Profant
Konzultant:
Mgr. Kateřina Lindnerová Mudroňová
Id práce:
207985
Fakulta:
Matematicko-fyzikální fakulta (MFF)
Pracoviště:
Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
Program studia:
Fyzika (B1701)
Obor studia:
Obecná fyzika (FOF)
Přidělovaný titul:
Bc.
Datum obhajoby:
12. 9. 2019
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
kvadruplex, nukleová kyselina, konformační přechod, Ramanova spektroskopie, cirkulární dichroismus, stabilita
Klíčová slova v angličtině:
quadruplex, nucleic acid, conformational transition, Raman spectroscopy, circular dichroism, stability
Abstrakt:
Práce se zabývá studiem guaninových kvadruplexů, tj. nekanonickými čtyřvláknovými strukturami nukleových kyselin bohatých na repetitivně guaninové sekvence s potenciálně biologickým a nanotechnologickým významem. První část shrnuje základní informace o struktuře a topologii kvadruplexů, ve druhé části jsou pak uvedené poznatky o kvadruplexech in vivo. Třetí část je věnována metodám, užitým při vlastním měření, konkrétně Ramanově spektroskopii, cirkulárnímu dichroismu a absorpční spektroskopii. Následující části se věnují měření a zpracování vlastních experimentálních výsledků. V rámci práce bylo zkoumáno pět sekvenčně blízkých oligonukleotidů odlišujícími se pouze bázemi v jednočlenných smyčkách. Byl zkoumán vliv koncentrace oligonukleotidu a draselných iontů K+ na stabilitu těchto kvadruplexů pomocí Ramanovy spektroskopie, přičemž byla pozorována neobvykle vysoká termální stabilita. Další experimenty zahrnovaly měření CD a absorpčních spekter za nižších koncentrací oligonukleotidů, dvou různých koncentrací draselných iontů a porovnání stability jednotlivých modifikací s publikovanými výsledky. Dále byla studována možná interakce s kationickým porfyrinem CuTMPyP4, podobná interakci s antiparalelním kvadruplexem TBA. Interakce s paralelnímu kvadruplexy však prokázána nebyla, potvrzen byl naopak vliv koncentrace iontů K+ na stabilitu kvadruplexů. Dále byla pozorována samovolná tvorba pravidelných mikrokrystalů z kvadruplexů jednoho ze zkoumaných oligonukleotidů a pomocí Ramanova mikroskopu byla naměřena první Ramanova spektra krystalického kvadruplexu.
Abstract v angličtině:
The work deals with guanine quadruplexes, i.e., non-canonical four-stranded structures of nucleic acids rich in repetitive guanine sequences with potential biological and nanotechnological significance. The first part summarizes basic information about the structure and topology of quadruplexes, in the second part, the present knowledge about the quadruplexes in vivo are overviewed. The third part is devoted to experimental methods used in the present study, namely Raman spectroscopy, circular dichroism, and absorption spectroscopy. The next sections are devoted to the acquisition and treatment of your own experimental results. Five sequentially related oligonucleotides differing in the bases in a single-member loop were investigated. The effect of concentration of oligonucleotide and potassium ions K+ on the stability of these quadruplexes was investigated by Raman spectroscopy, and an unusually high thermal stability was observed. Other experiments included measurements of CDs and absorption spectra at lower oligonucleotide concentrations, two different potassium ion concentrations, and a comparison of the stability of individual modifications with the previously published results. Furthermore, the possible interaction with the cationic porphyrin CuTMPyP4, similar to the interaction with the antiparallel TBA quadruplex, was studied. However, interaction with parallel quadruplexes has not been proven, on the contrary, the effect of the concentration of K+ ions on the quadruplex stability has been confirmed. Furthermore, spontaneous formation of regular microcrystals from quadruplexes of one of the oligonucleotides studied here was observed and the first Raman spectra of the crystalline quadruplex were measured using a Raman microscope.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Zuzana Johanovská 5.5 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Zuzana Johanovská 174 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Zuzana Johanovská 172 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. Peter Mojzeš, CSc. 79 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Václav Profant 232 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby prof. RNDr. Milan Tichý, DrSc. 152 kB