velikost textu

Analýza postranslačních modifikací proteinů hmotnostní spektrometrií

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Analýza postranslačních modifikací proteinů hmotnostní spektrometrií
Název v angličtině:
Analysis of posttranslational modifications of proteins by mass spectrometry
Typ:
Bakalářská práce
Autor:
Bc. Dominik Musil
Vedoucí:
doc. RNDr. Miroslav Šulc, Ph.D.
Oponent:
Mgr. Zdeněk Kukačka
Id práce:
207390
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra biochemie (31-250)
Program studia:
Klinická a toxikologická analýza (B1413)
Obor studia:
Klinická a toxikologická analýza (BKATA)
Přidělovaný titul:
Bc.
Datum obhajoby:
2. 9. 2019
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
myší polyomavirus, postranslační modifikace proteinů, hmotnostní spektrometrie
Klíčová slova v angličtině:
mouse polyomavirus, posttranslational modification of proteins, mass spectrometry
Abstrakt:
Abstrakt: Viry, původci mnoha infekčních onemocnění, jsou malé nebuněčné částice replikující se pouze v hostitelských buňkách. Předpokládá se, že za jejich infektivitu jsou zodpovědné posttranslační modifikace virových kapsidových proteinů (např. fosforylace, které jsou katalysovány kinasami hostitelských buněk). Vhodným modelem, který lze využít pro studium vztahu fosforylačního „profilu“ viru a infektivity je myší polyomavirus z čeledi Polyomaviridae. Srovnáním virionů, a tedy i hlavních kapsidových proteinů VP1 divokého kmene myšího polyomaviru s virovou mutantou vytvořenou pomocí delece části genomu kódujícího regulační proteiny viru a produkovaných ve dvou různých buněčných liniích WOP a 3T6, byla zjištěna hmotnostní spektrometrií majoritní fosforylace na třech konkrétních aminokyselinách VP1. Ty jsou považovány za důležité pro správnou morfogenesi virionů a jejich schopnost infikovat hostitelské buňky. Kvalitativní zastoupení nebylo ovlivněno volbou buněčné linie. Kromě toho, v případě pozorování „dimerizace“ VP1 na elektroforeogramu SDS-PAGE byla v aminokyselinové sekvenci detekována dvojitá fosforylace VP1: pThr63, pSer66 v našem experimentálním provedení in vivo. Je tedy pravděpodobné, že posttranslační modifikace, konkrétně fosforylace mohou ovlivňovat strukturní vlastnosti virových proteinů. Nedílnou součástí práce je úspěšná optimalizace řady použitých metodických postupů: purifikace nepoškozených virových částic, stanovení koncentrace proteinů ve virionech a nabohacení proteinů virových částic i v případě nízké koncentrace purifikovaných virionů. Klíčová slova: myší polyomavirus, posttranslační modifikace proteinů, hmotnostní spektrometrie
Abstract v angličtině:
Abstract: Viruses, etiological agents of many infectious diseases, are small noncellular particles that run their replication process solely inside host cells. It is generally assumed that the posttranslational modifications of viral capsid proteins are responsible for their infectivity (e.g. phosphorylation catalysed by kinases of host cells). The appropriate model for study of the viral phosphorylation “profile” relation with its infectivity is mouse polyomavirus of the Polyomaviridae family. By comparison of virions, as well as the major capsid protein VP1 of wild type mouse polyomavirus with viral mutant created by deletion of the part of the genome coding regulatory proteins of virus and produced in two different cell lines WOP and 3T6 was found by mass spectrometry a major phosphorylation in the three specific amino acids of VP1. These are considered important for proper morphogenesis of virions and their ability to infect host cells. The qualitative representation was not affected by the cell line selection. Furthermore, in case of VP1 “dimerization” detected on SDS-PAGE electrophoretogram the double phosphorylation of VP1 pThr63, pSer66 was confirmed in our experimental in vivo approach. Therefore, posttranslational modifications, specifically phosphorylation, could probably affect structural properties of viral proteins. The integral part of the work was a successful optimalization of many used methodical approaches: the purification of intact viral particles, determination of protein concentration of virions as well as protein enrichment of viral particles also in a case of the low concentration of the purified virions. Key words: mouse polyomavirus, posttranslational modifications of proteins, mass spectrometry
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Dominik Musil 2.77 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Dominik Musil 140 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Dominik Musil 138 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. Miroslav Šulc, Ph.D. 157 kB
Stáhnout Posudek oponenta Mgr. Zdeněk Kukačka 306 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. RNDr. Zuzana Bosáková, CSc. 153 kB
Stáhnout Errata Bc. Dominik Musil 383 kB