velikost textu

Development and testing of computer models of phospholipid membranes

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Development and testing of computer models of phospholipid membranes
Název v češtině:
Vývoj a testování počítačových modelů fosfolipidových membrán
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Bc. Ricky Nencini
Vedoucí:
doc. RNDr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.
Oponent:
RNDr. Milan Předota, Ph.D.
Id práce:
200596
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
Program studia:
Chemie (N1407)
Obor studia:
Biofyzikální chemie (NBIOFYZD)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
22. 5. 2019
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
fosfatidylcholin, vapenaté ionty, sodné ionty, model elektronového kontinua, koncept elektrometru
Klíčová slova v angličtině:
phosphatydylcholine, calcium ions, sodium ions, electronic continuum correction, electrometer concept
Abstrakt:
Abstrakt Simulace molekulární dynamiky mohou poskytnout detailní informace o biologických systémech. Nicméně klasická silová pole, která nezohledňují elektronovou polarizaci atomů, nejsou schopná dostatečně přesně reprodukovat interakce mezi biologickými membránami a nabitými částicemi, jako jsou ionty. V této práci zahrneme efekt chybějící elektronové polarizace do silového pole CHARMM36 pro fosfatidylcholin- ové lipidy. Tato implementace bude provedena pomocí aproximace středního pole za využití modelu elektronového kontinua (ECC). Správnou sílu interakcí mezi ionty a membránou odvozujeme na základě tzv. konceptu elektrometru, který dává do sou- vislosti změnu v parametrech uspořádání v cholinové části lipidů s množstvím náboje, který je přítomen na povrchu membrány. Klíčová slova: fosfatidylcholin, vápenaté ionty, sodné ionty, model elektronového kon- tinua, koncept elektrometru . Práce je anglicky 1
Abstract v angličtině:
Abstract Molecular dynamics simulations are an important tool for the study of biological systems, such as biomembranes. The missing electronic polarization in classical non- polarizable force fields, however, produces significant inaccuracies in the interactions of membranes with charged particles, such as ions. In this work, we implement the missing electronic polarization effects into CHARMM36 force field for phospatidylcholine lipids. This implementation is done in the mean field way by using electronic continuum correction (ECC) model. We will validate the strength of ion–membrane interactions using the electrometer concept. This concept connects the response of choline order parameters of lipid molecules with the amount of charge present in the surface of the membrane. Keywords: phosphatydylcholine, calcium ions, sodium ions, electronic continuum cor- rection, electrometer concept 1
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Ricky Nencini 174 kB
Stáhnout Příloha k práci Bc. Ricky Nencini 23.53 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Ricky Nencini 27 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Ricky Nencini 26 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. 183 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Milan Předota, Ph.D. 182 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D. 152 kB