velikost textu

Strukturní biologie receptoru NKp44 a jeho ligandu PCNA

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Strukturní biologie receptoru NKp44 a jeho ligandu PCNA
Název v angličtině:
Structural biology of receptor NKp44 and its ligand PCNA
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Bc. Štěpán Herynek
Vedoucí:
RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D.
Oponent:
Mgr. Božena Kubíčková
Id práce:
198127
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra biochemie (31-250)
Program studia:
Biochemie (N1406)
Obor studia:
Biochemie (NBIOD)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
21. 5. 2019
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
NK buňka, NKp44, PCNA, HEK293, MST
Klíčová slova v angličtině:
NK cell, NKp44, PCNA, HEK293, MST
Abstrakt:
Abstrakt Součástí imunitního systému nejen člověka jsou tzv. NK buňky (z anglického natural killer cells). Úkolem těchto buněk, které jsou složkou nespecifické imunity, je vyvolat apoptózu u buněk tělu vlastních, které jsou hrozbou pro organismus (například buňky napadené viry či rakovinné buňky). K rozpoznání cílových buněk slouží NK buňkám povrchové receptory. Receptorů je dnes známa celá řada a jejich dělení vyplývá například z podobnosti jejich struktur, nebo povahy signálu, který zprostředkovávají NK buňkám. Podle toho rozlišujeme receptory aktivační a inhibiční. Inhibiční receptory potlačují NK buněčnou odpověď, zatímco receptory aktivační tuto odpověď vyvolávají. Během kontaktu NK buňky s jinou buňkou je výsledné chování NK buňky vždy výsledkem určité rovnováhy odpovědí receptorů aktivačních i inhibičních. Receptor NKp44 je imunoglobulinový receptor. Tento receptor je mezi ostatními receptory velmi ojedinělý z mnoha hledisek, například i proto, že je spojen jak s aktivačním, tak inhibičním motivem. Ligandem tohoto receptoru je jaderný antigen proliferujících buněk (PCNA). PCNA je svorkový protein důležitý mimo jiné během replikace DNA, při které ukotvuje ostatní proteiny replizómu. Tato práce je zaměřena na rekombinantní přípravu receptoru NKp44 (protein PCNA byl již připraven dříve) a studium vzájemné interakce obou vazebných partnerů. Protein NKp44 byl připraven rekombinantně v expresním systému HEK293S GnTI-. Protein byl připraven v různých variantách fúzních konstruktů (některé nesly mutaci a lišily se orientací Fc fragmentu IgG). Z připravených konstruktů byl poté vybrán nejvhodnější kandidát, který byl použit pro analýzu vazby mezi oběma vazebnými partnery. K tomu byly využity biofyzikální metody analytická ultracentrifugace a mikrotermoforéza. Pomocí mikrotermoforézy byla pozorována určitá interakce mezi proteiny, ač přesnost určení disociační konstanty komplexu NKp44:PCNA byla v tomto případě velmi malá. Analytická ultracentrifugace na druhou stranu neprokázala interakci žádnou. Klíčová slova NK buňka, NKp44, PCNA, HEK293, MST
Abstract v angličtině:
Abstract Natural killer cells (NK cells) are part of the immune system in human and other mammals. The task of these cells, which belong to the non-specific immunity, is to induce apoptosis in other cells of the body that may represent a threat for the body (i.e., tumour or virally infected cells). NK cells have a variety of surface receptors to recognize their target cells. A number of receptors are well-known today and they may be divided into groups based, e.g., on their structural similarities or on the type of signal which these receptors present to NK cells. Accordingly, we distinguish activation and inhibitory receptors. Inhibitory receptors inhibit NK cell response, while activation receptors elicit this response. During NK cell contact with another cell, the resulting NK cell behaviour is always the result of a certain balance of activation and inhibitory receptor responses. The NKp44 receptor is an immunoglobulin-like receptor. This receptor is very unique among other receptors in many respects, for example because it is associated with both activation and inhibitory motif. The ligand of this receptor is a proliferating cell nuclear antigen (PCNA). PCNA is a clamp protein important, inter alia, during DNA replication, in which it anchors other replisome proteins. This work is focused on recombinant preparation of NKp44 receptor (PCNA protein was already prepared earlier) and a study of interaction between both of these binding partners. NKp44 was prepared recombinantly in the HEK293S GnTI- expression system. The protein was prepared in several variants of the fusion constructs (some carrying mutation and differing in the orientation of the IgG Fc fragment). The most suitable candidate was then selected from the prepared constructs and used to analyze the binding between the two proteins. Biophysical methods of analytical ultracentrifugation and microscale thermophoresis were used for this purpose. Some interaction between proteins was observed by microscale thermophoresis, although the accuracy of the determination of the dissociation constant of the NKp44:PCNA complex was really very poor. On the other hand, analytical ultracentrifugation did not show any interaction. Key words NK cell, NKp44, PCNA, HEK293, MST
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Štěpán Herynek 3.72 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Štěpán Herynek 222 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Štěpán Herynek 119 kB
Stáhnout Posudek vedoucího RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. 293 kB
Stáhnout Posudek oponenta Mgr. Božena Kubíčková 298 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby prof. RNDr. Petr Hodek, CSc. 153 kB