velikost textu

Studying dimer formation and effectors of Arabidopsis thaliana nascent polypeptide-associated complex

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Studying dimer formation and effectors of Arabidopsis thaliana nascent polypeptide-associated complex
Název v češtině:
Studie tvorby dimerů komplexu asociovaného s nascentním polypeptidem a jeho efektorů v huseníčku rolním
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Bc. Božena Klodová
Vedoucí:
RNDr. Jan Fíla, Ph.D.
Oponent:
Helene Robert Boisivon, Ph.D.
Konzultant:
RNDr. David Honys, Ph.D.
Id práce:
198003
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Experimentální biologie rostlin (NEBR)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
3. 9. 2019
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
pyl, samčí gametofyt, Arabidopsis thaliana, huseníček rolní, vývoj květu, Y2H, BiFC, komplex asociovaný s nascentním polypeptidem, transkriptom květních poupat, chaperon
Klíčová slova v angličtině:
pollen, male gametophyte, Arabidopsis thaliana, flower development, Y2H, BiFC, nascent polypeptide-associated complex, flower bud transcriptome, chaperone
Abstrakt:
Abstract in Czech language Vývoj rostlinných květů představuje dynamický proces regulovaný řadou rozličných mechanismů. V předchozí studii se podařilo získat dvojitého homozygotního mutanta huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana) v  genech kódujících obě β- podjednotky komplexu asociovaného s nascentním polypeptidem (NAC). Tento mutant se vyznačoval docela výrazným defektním fenotypem; byly pozorovány odchylky od standardního počtu květních orgánů, kratší šešule s nižším počtem semen a zhoršená klíčivost pylu spolu s  nižší efektivitou cílení pylové láčky do zárodečného vaku. Komplex NAC byl původně popsán v  kvasince Saccharomyces cerevisiae jako heterodimer složený z α- a β-podjednotky, který se váže na ribozom a vykazuje chaperonovou funkci. NACβ podjednotka se v  rostlinách podílí na regulaci stresové odpovědi, rozmnožování a regulaci vývoje, a to pravděpodobně mechanismem transkripční regulace. Role NAC heterodimeru v rostlinách ale zatím nebyla příliš prozkoumána. Tato diplomová práce si tak klade za cíl ověřit tvorbu NAC komplexu v huseníčku rolním a případně ustanovit vazebné preference mezi dvěma paralogy NACβ podjednotky a pěti paralogy NACα podjednotky. Využity byly dvě metody studia proteinových interakcí – kvasinkový dvouhybridní systém (Y2H) a bimolekulární fluorescenční komplementace (BiFC). V  rámci porozumění molekulárnímu mechanismu způsobujícímu fenotyp nacβ1 nacβ2 rostlin byl analyzován transkriptom květních poupat tohoto mutanta a porovnán s  transkriptomem divoké rostliny Columbia-0 (Col-0). Následná analýza odhalila 1965 genů se změněnou expresí v poupatech mutantních rostlin. Mezi tyto geny patří dvě skupiny s výrazným zastoupením. První z nich byly geny spojené se stresovou odpovědí, například zvýšená exprese chaperonů a snížená exprese genů spojených se stresovou resistencí. Druhou skupinou byly geny ovlivňující vývoj samčí zárodečné linie, hlavně pak v diferenciaci spermatické buňky a růstu pylové láčky.
Abstract v angličtině:
Abstract The development of plant flowers represents a complex process controlled by numerous mechanisms. The creation of double homozygous mutant of both β subunits (sometimes also referred to as basic transcription factor 3) of nascent polypeptide associated complex in Arabidopsis thaliana (further referred to as nacβ1 nacβ2) caused quite a strong defective phenotype including abnormal number of flower organs, shorter siliques with a reduced seed set, and inferior pollen germination rate together with a lower ovule targeting efficiency. Previously, NAC complex was described to be formed as a heterodimer composed of an α- and β-subunit, which binds ribosome and acts as a chaperone in Saccharomyces cerevisiae. In plants, NACβ is connected to stress tolerance and to plant development as a transcription regulator. However, little is known of NAC heterodimer function in plants. In this thesis, yeast two hybrid system (Y2H) and bimolecular fluorescence complementation (BiFC) assays were used to verify the NAC heterodimer formation in A. thaliana and to establish any potential interaction preferences between both NACβ paralogues and five NACα paralogues. To deepen the understanding about molecular mechanisms behind the nacβ1 nacβ2 phenotype, flower bud transcriptome of the nacβ1 nacβ2 double homozygous mutants was analysed resulting in 1965 differential expressed genes (DEG) when compared to Columbia-0 (Col-0) wild type flower bud transcriptome. Two notable groups of genes emerged from the obtained DEGs list. The first one was represented by genes connected to stress response, consisting of upregulated heat shock proteins and downregulated drought responsive genes. The second group consisted of downregulated genes connected to male germ-line development, namely sperm cell differentiation and pollen tube growth and regulation.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Božena Klodová 22.03 MB
Stáhnout Příloha k práci Bc. Božena Klodová 209 kB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Božena Klodová 54 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Božena Klodová 48 kB
Stáhnout Posudek vedoucího RNDr. Jan Fíla, Ph.D. 108 kB
Stáhnout Posudek oponenta Helene Robert Boisivon, Ph.D. 1.82 MB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby prof. RNDr. Jana Albrechtová, Ph.D. 153 kB