velikost textu

Proximity proteome of intramembrane serine protease RHBDL4

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Proximity proteome of intramembrane serine protease RHBDL4
Název v češtině:
Proximitní proteom intramembránové serinové proteázy RHBDL4
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Bc. Šárka Boháčová
Vedoucí:
Mgr. Kvido Stříšovský, Ph.D.
Oponent:
doc. RNDr. Jan Brábek, Ph.D.
Id práce:
197872
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra buněčné biologie (31-151)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Imunologie (NIMUN)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
28. 5. 2019
Výsledek obhajoby:
Výborně
Informace o neveřejnosti:
Zveřejnění práce bylo odloženo do 28.05.2022
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
intramembránová proteolýza, rhomboidní proteáza, RHBDL4, endoplasmatické retikulum, proximitní proteomika, APEX2
Klíčová slova v angličtině:
intramembrane proteolysis, rhomboid protease, RHBDL4, endoplasmic reticulum, proximity proteomics, APEX2
Abstrakt:
Abstrakt Intramembránová proteolýza je součástí celé řady buněčných drah a procesů. Je katalyzována specializovanými enzymy – intramembránovými proteázami (IMPR), které svůj substrát štěpí v rámci jeho transmembránové domény pod povrchem membrány. Rhomboidní proteázy jsou serinové IMPR. Vyskytují se napříč celým spektrem živých organismů a co do transmembránové topologie a sekvenčních motivů jsou evolučně konzervovány. Avšak navzdory dlouhodobé snaze, fyziologickou úlohu většiny rhomboidních proteáz doposud neznáme. RHBDL4 je savčí rhomboidní proteáza nacházející se v endoplasmatickém retikulu. Podílí se na vzniku kolorektálního karcinomu, což podtrhuje význam jejího studia. Fyziologická úloha RHBDL4 je však převážně neobjasněna. Za účelem jejího hlubšího prozkoumání jsem zavedla a následně aplikovala metodu proximitní proteomiky označovanou APEX2. Je založena na značení proteinů v blízkosti vybraného cíle biotinem, a to ve fyziologickém prostředí živých neporušených buněk. Značené proteiny jsou následně izolovány a detekovány pomocí hmotnostní spektrometrie. Analýzou proximitního proteomu proteázy RHBDL4 je možné odhalit její interakční partnery, substráty či lépe definovat konkrétní podoblast ER, kde se vyskytuje. V rámci tří nezávislých experimentů v buněčné linii HCT116 se tři proteiny opakovaně nacházely v blízkosti RHBDL4: ANXA7, ITGB1 a PLIN3, což naznačuje potenciální úlohu RHBDL4 v buněčném transportu a metabolismu lipidů. Klíčová slova: intramembránová proteolýza, rhomboidní proteáza, RHBDL4, endoplasmatické retikulum, proximitní proteomika, APEX2
Abstract v angličtině:
Abstract Regulated intramembrane proteolysis is an interesting process involved in a multitude of cellular pathways. Enzymes which catalyse this are termed intramembrane proteases (IMPRs), cleaving proteins passing through the membrane within their transmembrane domain. Rhomboid proteases are serine IMPRs. They are widely distributed among organisms and evolutionarily conserved, but despite many efforts, their physiological roles are largely unexplored. RHBDL4 is a mammalian rhomboid protease localised to the endoplasmic reticulum. It is involved in the development of colorectal cancer, which makes it an important focus of research, but its physiological function is not well understood. In order to explore it, I established and employed a proximity proteomics approach, termed APEX2. It is based on biotinylation of proteins in the spatial proximity of the target in the physiological environment of intact living cells. Labelled proteins are subsequently purified, identified and quantified by mass spectrometry. Exploring the physiological vicinity of RHBDL4, its interaction partners and substrates can be revealed and the detailed subcellular compartment, where RHBDL4 resides, can thus be inferred. During three independent experiments in HCT116 cell line, three proteins emerged repeatedly in the RHBDL4 proximity proteome: ANXA7, ITGB1 and PLIN3, indicating that RHBDL4 may be involved in intracellular trafficking and lipid metabolism. Key words: intramembrane proteolysis, rhomboid protease, RHBDL4, endoplasmic reticulum, proximity proteomics, APEX2
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Šárka Boháčová 8.35 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Šárka Boháčová 43 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Šárka Boháčová 38 kB
Stáhnout Posudek vedoucího Mgr. Kvido Stříšovský, Ph.D. 1011 kB
Stáhnout Posudek oponenta doc. RNDr. Jan Brábek, Ph.D. 103 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. RNDr. Jan Černý, Ph.D. 152 kB