velikost textu

Analýza miRNA u nádorů asociovaných s lidskými papilomaviry

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Analýza miRNA u nádorů asociovaných s lidskými papilomaviry
Název v angličtině:
Analysis of miRNAs in HPV-associated carcinomas
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Lucie Dvořáková
Vedoucí:
RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D.
Oponent:
Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D.
Konzultant:
RNDr. Jana Šmahelová
Id práce:
197303
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Genetika, molekulární biologie a virologie (NGEMOVI)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
11. 2. 2020
Výsledek obhajoby:
Velmi dobře
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
miRNA, papilomavirus, nádory hlavy a krku, nádory anogenitální oblasti, genová exprese, HPV-core miRNA
Klíčová slova v angličtině:
miRNA, papillomavirus, head and neck tumors, tumors of anogenital region, gene expression, HPV-core miRNA
Abstrakt:
Abstrakt Papilomaviry jsou malé DNA viry, které jsou spojovány s indukcí epiteliálních nádorů. HPV je známý jako infekční agens způsobující téměř 100 % nádorů cervixu, ale může být též původcem karcinomů v dalších místech anogenitálního traktu či nádorů hlavy a krku mužů i žen. Aktivní infekce HPV navozuje změny exprese miRNA, které mohou dále přispívat ke vzniku a progresi nádorů. Je již známo, že papilomaviry nekódují své vlastní virové miRNA, ale mohou ovlivňovat expresi buněčných miRNA. V této diplomové práci jsem u vybraných typů epiteliálních nádorů (vulvy, cervixu, anu a tonsil) určila jejich etiologii. Výskyt miRNA v tkáních jsem otestovala pomocí sekvenování nové generace. Ze získaných dat jsem určila expresní profily deregulovaných miRNA ve vztahu ke zdravé tkáni příslušné lokalizace. Ačkoli byl analyzován dostatečný počet vzorků, z důvodu nepřítomnosti statisticky relevantních diferenciálně exprimovaných miRNA ve vulvárních nádorech pozitivních na HPV, nebylo možné prokazatelně určit HPV-core miRNA společné pro všechny testované nádory vyvolané HPV. Mezi nádory ostatních lokalizací jsem nalezla překryv ve třech miRNA. Jedna z těchto miRNA (miR-139-5p) a dále miR-9-5p, které jsem určila na základě studia ostatních publikovaných dat, byly následně vybrané pro funkční testování in vitro. U HPV pozitivních i negativních buněčných linií odvozených z nádorů hlavy a krku jsem provedla transfekci mimikující a/nebo inhibující miRNA a vliv transfekce jsem ověřila RT-qPCR. Transfekované buněčné linie budou sloužit k ověření potenciálních cílových genů těchto miRNA. Klíčová slova: miRNA, papilomavirus, nádory hlavy a krku, nádory anogenitální oblasti, genová exprese, HPV-core miRNA
Abstract v angličtině:
Abstract Papillomaviruses are small DNA viruses that are associated with the induction of epithelial tumors. HPV is an important infectious agent causing almost 100 % of cervical tumors but it can also cause tumors in other anogenital and head and neck locations in both men and women. Active HPV infection induces changes in miRNA expression that contribute to the tumor formation and progression. It is already known that papillomaviruses do not encode their own viral miRNAs but they affect the expression of cellular miRNAs. In my thesis I have in selected epithelial tumors (vulva, cervix, anus and tonsils) determined their etiology and analyzed the presence of miRNAs in tissues by next generation sequencing. From these data I determined the expression profiles of deregulated miRNAs in tumors relation to healthy tissues of corresponding location. Even though, sufficient number of samples was analyzed, it was not possible to detect HPV-core miRNA common to all analyzed HPV-induced tumors due to the absence of statistically relevant differentially expressed miRNAs in HPV positive vulvar tumors. Among the tumors of the other sites I found an overlap in three miRNAs. One of these miRNAs (miR-139-5p) and another one (miR-9-5p) which I have selected based on the study of other published data, were used for functional in vitro testing. In HPV positive and negative cell lines derived from head and neck tumors I performed the transfection of mimicking and / or inhibiting miRNA and confirmed the effect of transfection by RT-qPCR. Transfected cell lines will serve for further testing of the potential target genes of these miRNAs. Key words: miRNA, papillomavirus, head and neck tumors, tumors of anogenital region, gene expression, HPV-core miRNA
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Lucie Dvořáková 4.59 MB
Stáhnout Příloha k práci Lucie Dvořáková 2 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Lucie Dvořáková 108 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Lucie Dvořáková 104 kB
Stáhnout Posudek vedoucího RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D. 158 kB
Stáhnout Posudek oponenta Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D. 95 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. RNDr. Jitka Forstová, CSc. 153 kB