velikost textu

Termodynamika tvorby DNA vlásenek

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Termodynamika tvorby DNA vlásenek
Název v angličtině:
The thermodynamics of DNA-hairpin formation
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Bc. Ráchel Sgallová
Vedoucí:
Mgr. Václav Římal
Oponent:
RNDr. Václav Profant
Konzultanti:
prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc.
prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
Id práce:
196987
Fakulta:
Matematicko-fyzikální fakulta (MFF)
Pracoviště:
Katedra fyziky nízkých teplot (32-KFNT)
Program studia:
Fyzika (N1701)
Obor studia:
Biofyzika a chemická fyzika (FBCHF)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
19. 6. 2019
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
NMR, DNA, vlásenka, CArG box
Klíčová slova v angličtině:
NMR, DNA, hairpin, CArG box
Abstrakt:
Serum response factor (SRF) je transkripèní faktor vá¾ící se na vysoce konzer- vovanou sekvenci DNA, tzv. CArG box. Vzhledem k sekvenci nukleotidù CArG boxu by mohlo docházet k tvorbì vlásenek, resp. kruciformy. V rámci této di- plomové práce byla pomocí jaderné magnetické rezonance studována struktura CArG boxu v lidském genu c-fos. Byla zmìøena 1H spektra v teplotním rozsahu 274{356 K a dvourozmìrná spektra 1H{1H NOESY a 1H{13C HMBC sekvencí DNA o délce 12, 14 a 16 nukleotidù. Z namìøených teplotních závislostí byly zís- kány termodynamické parametry tvorby sekundárních struktur ve zkoumaných vzorcích. Na základì spekter NOESY a nezávislosti teploty tání na koncentraci byla potvrzena tvorba vlásenek ve zkoumaných vzorcích. Odli¹nost sekundární struktury od B{DNA by mohla být vysvìtlením vysoké anity SRF k CArG boxu. 1
Abstract v angličtině:
Serum response factor (SRF) is a transcription factor which binds to a highly conserved DNA sequence called the CArG box. According to the nucleotide sequence of CArG box it could form a hairpin structure or a cruciform. In this master thesis, the structure of the CArG box in a human gene c-fos was studied by nuclear magnetic resonance. 1H spectra at temperatures 274{356 K, two-dimensional 1H{1H NOESY spectra, and two-dimensional 1H{13C HMBC spectra for DNA sequences with lengths of 12, 14 and 16 nucleoti- des were acquired. The thermodynamic parameters of formation of the secondary structure in the samples were determined from the measured temperature depen- dencies. The hairpin formation in the samples was conrmed based on the NOESY spectra and the lack of dependency of the melting temperature on concentration. The observed dierence of the secondary structure from B-DNA could serve as a possible explanation of the high anity of SRF to CArG box. 1
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Ráchel Sgallová 3.43 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Ráchel Sgallová 38 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Ráchel Sgallová 31 kB
Stáhnout Posudek vedoucího Mgr. Václav Římal 77 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Václav Profant 235 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby prof. RNDr. Jan Hála, DrSc. 152 kB