velikost textu

Creation and analysis of in-house database of pyrazine derivatives with potential antimicrobial activity

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Creation and analysis of in-house database of pyrazine derivatives with potential antimicrobial activity
Název v češtině:
Vytvoření a analýza in-house databáze derivátů pyrazinu s potenciálně antimikrobními účinky
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Legae Gomolemo Boemo Kebakuile
Vedoucí:
PharmDr. Jan Zitko, Ph.D.
Oponent:
PharmDr. Marta Kučerová, Ph.D.
Id práce:
193832
Fakulta:
Farmaceutická fakulta v Hradci Králové (FaF)
Pracoviště:
Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy (16-16190)
Program studia:
Farmacie (M5206)
Obor studia:
Farmacie (FAR-ENG)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
13. 9. 2018
Výsledek obhajoby:
Výborně
Informace o neveřejnosti:
Zveřejnění přílohy práce bylo odloženo do 9.6.2021
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
antimikrobní; databáze; in-house; pyrazin
Klíčová slova v angličtině:
antimicrobial; database; in-house; pyrazine
Abstrakt:
ABSTAKT V rané fázi návrhu a vývoje léčiv musí vědci překonat řadu výzev spojených s identifikací potenciálních sloučenin s drug-like nebo lead-like vlastnostmi. To vedlo k potřebě vytvoření velkých souborů chemických dat, které pomohou zlepšit identifikaci farmakoforů a účinných sloučenin. Různé vědecké obory, zejména farmakologie, farmaceutická chemie a biochemie, začaly využívat počítačové vědy k vyhledávání potenciálních vůdčích struktur (leads) s větší specifičností, pokud jde o jejich bioaktivitu. Hlavním cílem této práce bylo vytvoření databáze obsahující sbírku derivátů pyrazinu syntetizovaných v minulosti na Farmaceutické fakultě Univerzity Karlovy v Hradci Králové se zaměřením na sloučeniny s potenciální antimykobakteriální (a dále antibakteriální a antifungální) aktivitou, a dále využití této databáze k výpočtu hodnot deskriptorů důležitých pro farmakokinetické vlastnosti a biologickou dostupnost. Tento projekt se snaží ukázat, jak mohou být určité molekulární deskriptory použity jako spolehlivá informace k určení pravděpodobnosti nebo možnosti vývoje lead-like nebo drug-like sloučeniny pomocí počítačového softwaru. Byla vytvořena interní databáze 623 sloučenin uložených ve formátu SMILES, která byla použita k určení kvantitativních vztahů mezi strukturou a aktivitou (QSAR) a k analýze toho, zda byly syntetizovány optimální sloučeniny splňující lead-like nebo drug-like kritéria. Databáze může být použita k návrhu budoucích syntéz s využitím CADD (počítačem podporovaný vývoj léčiv).
Abstract v angličtině:
ABSTRACT In the early phases of drug design and development, scientists must overcome many challenges involved in identifying potential drug-like or lead-like compounds. This has led to the need of creating large sets of chemical data which will aid in improving the identification of pharmacophores and active compounds. Various scientific fields especially pharmacology, medicinal chemistry and biochemistry have begun to employ the use of computer sciences to aid in the screening for potential leads with more specificity with regards to drug-like compounds’ or substances’ bioactivity. The emphasis of this project was to create a database containing a collection of pyrazine compounds synthesized overtime in the Faculty of Pharmacy (Charles University, Hradec Kralove) with the aim of having anti-mycobacterium (and possible antibacterial and antifungal) activity, and further utilize this database to predict certain pharmacokinetic and bioavailability properties. This project seeks to demonstrate how certain molecular descriptors can be used as reliable chemoinformation to determine the likeliness or possibility of developing a lead-like or drug-like compound by utilizing computer software. An in-house database of 623 compounds saved in SMILES format was created and used in demonstrating quantitative structure-activity relationships (QSAR) and in evaluating and analyzing whether optimal lead-like or drug-like compounds are being produced. The database can be used to guide future synthesis with regards to CADD (Computer aided drug design).
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Legae Gomolemo Boemo Kebakuile 2.22 MB
Stáhnout Příloha k práci Legae Gomolemo Boemo Kebakuile 37 kB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Legae Gomolemo Boemo Kebakuile 219 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Legae Gomolemo Boemo Kebakuile 183 kB
Stáhnout Posudek vedoucího PharmDr. Jan Zitko, Ph.D. 268 kB
Stáhnout Posudek oponenta PharmDr. Marta Kučerová, Ph.D. 283 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby PharmDr. Radim Kučera, Ph.D. 155 kB