velikost textu

Expresní profily vybraných kandidátních genů celiakie

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Expresní profily vybraných kandidátních genů celiakie
Název v angličtině:
Expression profiles of selected celiac disease candidate genes
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Bc. Šárka Okruhlicová
Vedoucí:
RNDr. Pavlína Čejková, Ph.D.
Oponent:
RNDr. Mgr. Peter Novota, Ph.D.
Id práce:
193632
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra antropologie a genetiky člověka (31-110)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Antropologie a genetika člověka (NANTR)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
20. 2. 2018
Výsledek obhajoby:
Dobře
Jazyk práce:
Čeština
Abstrakt:
Abstrakt Úvod: Celiakie je multifaktoriální autoimunitní onemocnění, které je vyvoláno reakcí na gluten a s ním související proteiny u geneticky vnímavých jedinců. Genetické studie prokázaly vysokou asociaci celiakie s geny HLA (lidské leukocytární antigeny) II. třídy. Přibližně 90-95 % pacientů má HLA-DQ2 haplotyp (DQA1*05/DQB1*02), zbývajících 5-10 % je nositeli HLA-DQ8 (DQA1*03/DQB1*03) nebo zdědili pouze jednu alelu haplotypu HLA-DQ2. Přibližně 30 % zdravé populace má tento haplotyp, ale pouze u 1 % se vyvine celiakie. Pokud se u 30 % zdravých jedinců vyskytuje rizikový haplotyp a nevyvine se u nich celiakie, může to být ovlivněno odlišnou mírou exprese u zdravých a nemocných jedinců. Zda se u této skupiny celiakie projeví či nikoliv, může být ovlivněno odlišnou mírou exprese. Cíle: Cílem bylo navrhnout a otestovat systém primerů a sond pro kvantitativní PCR (QPCR), který bude amplifikovat všechny vybrané alely HLA-DQA1 a HLA-DQB1 kandidátních genů rizikových pro celiakii, a tento systém ověřit prostřednictvím kvantifikace relativní exprese rizikových genů u zdravých dárců a pacientů s celiakií. Metody: Do studie bylo zahrnuto 10 pacientů s recentní celiakií a 15 zdravých dárců, kteří byli vybráni z databáze Ústavu lékařské genetiky 3. LF UK na základě jejich genotypu HLA-DQA1 a HLA-DQB1. U pacientů byl nejprve zjištěn jejich genotyp HLA II. třídy pomocí sekvenčně specifických primerů. Z odebrané krve byla u obou skupin vyizolována mRNA, která byla následně transkribována do cDNA. QPCR byla měřena relativní úroveň exprese vybraných rizikových genů HLA-DQ. Závěr: Byl navržen a optimalizován systém primerů a sond pro QPCR, který umožňuje měřit relativní expresi vybraných kandidátních genů celiakie. Systém byl navržen pro alely HLA- DQA1 (DQA1*05, DQA1*02:01, DQA1*03:01) a alely HLA-DQB1 (DQB1*02, DQB1*03:02). Dále byl navržen systém do intronové oblasti HLA-DQA1, který umožňuje zjistit míru kontaminace gDNA ve vzorku. Pro otestování navržených systémů byla změřena exprese zájmových alel u pilotního souboru zdravých dárců a pacientů s celiakií. Cílem práce nebylo ůž vzhledem k počtu jedinců s jednotlivýmí haplotypy z výsledků vyvozovat závěry, nicméně získaná data naznačují, že lze očekávat odlišnou expresi rizikových alel u neléčených celiaků, a že bude zajímavé zaměřit se také na variabilitu exprese v rámci jednotlivých skupin. Klíčová slova: celiakie, HLA II. třídy, HLA-DQA1, HLA-DQB1, polymorfismus, genetická exprese
Abstract v angličtině:
Abstract Introduction: Celiac disease is a multifactorial autoimmune disease that is caused by a response to gluten and related proteins in genetically susceptible individuals. Genetic studies have demonstrated a high association of celiac disease with HLA genes (human leukocyte antigens) II. Class. Approximately 90-95% of the patients have a HLA-DQ2 haplotype (DQA1*05/DQB1*02), the remaining 5-10% are carriers of HLA-DQ8 (DQA1*03/DQB1*03) or inherited only one allele of HLA-DQ2 genotype. Approximately 30% of the healthy population has this haplotype and only 1% develops celiac disease. If 30% of healthy individuals have this haplotype and do not develop celiac disease, this may be affected by a different level of expression in healthy and diseased individuals. Aims: The aim was to design and test a primer and probe system for QPCR that will amplify all selected HLA-DQA1 and HLA-DQB1 candidate genes at risk for celiac disease and use this system to measure the relative level of expression of risk genes in healthy donors and patients with celiac disease. Methods: The study included 10 patients with recent celiac disease and 15 healthy donors who were selected from the database of the Institute of Medical Genetics of the 3.LF UK based on their genotypes HLA-DQA1 and HLA-DQB1. Patients were first detected their HLA II. Class genotype by sequence-specific primers. From the collected blood, mRNA was isolated and subsequently transcribed into the cDNA. Using QPCR, the relative level of expression of selected HLA-DQ risk genes was measured. Conclusion: A primer and probe system for QPCR has been designed and optimized to measure the relative expression of selected candidate celiac genes. The system was designed for HLA- DQA1 alleles (DQA1 * 05, DQA1 * 02: 01, DQA1 * 03: 01) and HLA-DQB1 alleles (DQB1 * 02, DQB1 * 03: 02). Additionally, the system was designed to the HLA-DQA1 intron domain, which makes it possible to determine the degree of contamination of the gDNA in the sample. To test proposed systems, the expression of interest alleles in the pilot set of healthy donors and patients with celiac disease was measured. The aim of the work was not to draw conclusions from the results of the individual haplotypes, but the data obtained suggest that a different expression of the risky alleles in untreated celiac disease can be expected and that it will also be interesting to focus on the variability of expression within the groups. Key words: celiac disease, HLA II. Class, HLA-DQA1, HLA-DQB1, polymorphism, genetic expression
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Šárka Okruhlicová 2.13 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Šárka Okruhlicová 205 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Šárka Okruhlicová 126 kB
Stáhnout Posudek vedoucího RNDr. Pavlína Čejková, Ph.D. 247 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Mgr. Peter Novota, Ph.D. 1.32 MB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby RNDr. Jana Velemínská, Ph.D. 153 kB