velikost textu

Studium interakcí nízkomolekulárních látek s DNA-vazebnou doménou forkhead transkripčního faktoru FOXO3

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Studium interakcí nízkomolekulárních látek s DNA-vazebnou doménou forkhead transkripčního faktoru FOXO3
Název v angličtině:
Study of interactions between low-molecular mass compounds and the DNA-binding domain of forkhead transcription factor FOXO3
Typ:
Bakalářská práce
Autor:
Bc. Klára Kohoutová
Vedoucí:
doc. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D.
Oponent:
RNDr. Mgr. Lenka Žáková, Ph.D.
Konzultant:
RNDr. Veronika Obšilová, Ph.D.
Id práce:
193544
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
Program studia:
Chemie (B1407)
Obor studia:
Chemie (BCHEM)
Přidělovaný titul:
Bc.
Datum obhajoby:
4. 6. 2018
Výsledek obhajoby:
Výborně
Informace o neveřejnosti:
Zveřejnění práce bylo odloženo do 04.06.2021
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
trankripční faktor, FOXO3, inhibice
Klíčová slova v angličtině:
transcription factor, FOXO3, inhibition
Abstrakt:
Abstrakt Tato bakalářská práce je součástí projektu, jehož cílem je vývoj a studium nízkomolekulárních látek, schopných inhibovat interakci lidského transkripčního faktoru FOXO3 s DNA, obsahující specifický motiv rozpoznávaný DNA-vazebnou doménou FOXO3. FOXO3 je jedním ze čtyř zástupců FOXO třídy forkhead transkripčních faktorů, evolučně konzervovaných proteinů účastnících se mnoha významných buněčných dějů. Mezi tyto se řadí regulace buněčného cyklu, odpověď na oxidativní stres, kontrola buněčného metabolismu a apoptóza. FOXO3 hraje významnou roli v procesu kancerogeneze, kde může vystupovat jednak jako tumorový supresor, ale zároveň může svou funkcí přispívat ke zvýšení odolnosti některých nádorových buněk vůči chemoterapii. Vzhledem k biologické funkci transkripčního faktoru FOXO3 má studium jeho nízkomolekulárních inhibitorů velký význam. V této práci byla studována sloučenina S9 oxalát jako potenciální inhibitor FOXO3- DNA vazebné interakce. 15N Cílem této bakalářské práce byla (I) příprava jak neznačené, tak značené DNA- vazebné domény (DBD) proteinu FOXO3, (II) studium interakcí mezi FOXO3 DBD a nízkomolekulárním inhibitorem S9 oxalát pomocí NMR a analýzy elektroforetické mobility, EMSA a (III) predikce vazebné konformace a interakcí mezi FOXO3 DBD a nízkomolekulárním inhibitorem pomocí metod molekulového dokování. Výsledky experimentů ukázaly, že sloučenina S9 oxalát přímo interaguje s DNA- vazebnou doménou FOXO3 a je schopna inhibovat její vazbu na DNA obsahující specificky rozpoznávaný motiv. Dále bylo identifikováno vazebné místo pro sloučeninu S9 oxalát a nejpravděpodobnější vazebná konformace.
Abstract v angličtině:
Abstract This bachelor thesis is part of a project focused on studying low-molecular mass compounds able to inhibit the interaction between DNA-binding domain of human forkhead transcription factor FOXO3 and the target DNA. FOXO3 is one of four members of FOXO class transcription factors which belong to forkhead family of transcription factors. Forkhead transcription factors are evolutionary conserved proteins playing important roles in numerous cellular processes. These include cell-cycle regulation, oxidative stress response, control of cellular metabolism and apoptosis. FOXO3 plays an important role in cancer cells where it acts not only as a tumor suppressor but also can enhance their resistance to chemotherapy. Considering its biological functions, the study of small-molecule inhibitors of FOXO3 transcription factor is of particular importance. This bachelor thesis was focused on compound S9 oxalate as a potential inhibitor of FOXO3-DNA interaction. Main goals of this thesis were: (I) preparation of both unlabeled and 15N labeled DNA- binding domain of FOXO3 transcription factor, (II) characterization of interactions between FOXO3 DBD and compound S9 oxalate using NMR and electrophoretic mobility shift analysis (EMSA), and (III) prediction of binding conformation and interactions between FOXO3 DBD and S9 oxalate using molecular docking. Results revealed that S9 oxalate directly interacts with FOXO3 DBD residues responsible for DNA binding and therefore is able to inhibit FOXO3 binding to the target DNA. In addition, molecular docking simulations of S9 oxalate into the identified binding site suggested possible interactions between FOXO3 DBD and the compound.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Klára Kohoutová 3.75 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Klára Kohoutová 397 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Klára Kohoutová 219 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D. 388 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Mgr. Lenka Žáková, Ph.D. 299 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby prof. RNDr. Karel Procházka, DrSc. 152 kB