velikost textu

The importance and role of reverse transcriptases in gene expression analysis

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
The importance and role of reverse transcriptases in gene expression analysis
Název v češtině:
Význam a rola reverzných transkriptáz pri analýze génovej expresie
Typ:
Bakalářská práce
Autor:
Bc. Daniel Žucha
Vedoucí:
Ing. Lukáš Valihrach, Ph.D.
Oponent:
RNDr. Hana Španielová, Ph.D.
Id práce:
193309
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
Program studia:
Speciální chemicko-biologické obory (B3912)
Obor studia:
Molekulární biologie a biochemie organismů (BMOBIBO)
Přidělovaný titul:
Bc.
Datum obhajoby:
5. 6. 2018
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
reverzná transkripcia, génová expresia, reverzná transkripcia−kvantitatívna PCR, RNA sekvenovanie, oligonukleotid
Klíčová slova v angličtině:
reverse transcription, gene expression, reverse transcription−quantitative PCR, RNA-Sequencing, oligonucleotide
Abstrakt:
Abstrakt Neustále napredovanie v oblasti analýzy génovej expresie umožňuje zaznamenať aj tie najmenšie zmeny, ktoré sa odohrávajú v transkriptóme bunky. Pre zaistenie správnosti pozorovanej biologickej odlišnosti, je dôležité byť si vedomý možných chýb, ktoré sú dôsledkom spracovania vzoriek. Vo výskume génovej expresie sú často metódy reverznej transkripcie−kvantitatívnej PCR (RT−qPCR) a RNA sekvenovania (RNA-Seq) prvotnou voľbou, najmä z dôvodu ich vysokej presnosti a reprodukovateľnosti. Nakoľko obe tieto metódy potrebujú DNA ako templát, často im predchádza krok reverznej transkripcie (RT), reakcie syntetizujúcej DNA komplementárnu k RNA vláknu. Je známe, že RT sa do určitej miery vyznačuje chybovosťou, čo je práve podnetom na jej podrobné preskúmanie. Zdrojom artefaktov môže byť samotná reverzná transkriptáza (RTase), ale bolo preukázané, že enzým nie je jediným zdrojom týchto chýb. Výber stratégie primingu alebo RNA templát samotný môžu ovplyvniť výsledok reakcie ešte vo väčšej miere. Najmä v spojitosti so súčasným pokrokom v proteínovom inžinierstve, produkujúcom vysoko efektívne reverzné transkriptázy, sa variácia spôsobená ostatnými komponentmi reakcie ešte viac dostáva do popredia. Táto práca sa zameriava na charakteristiku reverznej transkriptázy a faktorov ovplyvňujúcich reverznú transkripciu. Kľúčové slová: reverzná transkripcia, génová expresia, reverzná transkripcia−kvantitatívna PCR, RNA sekvenovanie, oligonukleotid
Abstract v angličtině:
Abstract The continuously advancing field of gene expression analysis enables the evaluation of even the slightest changes that occur in the cell transcriptome. In order to ensure accuracy of the observed biological variances, it is fundamentally important to be aware of the possible biases introduced during sample processing. In gene expression research, the methods of reverse transcription−quantitative PCR (RT−qPCR) and RNA- Sequencing (RNA-Seq) are often the primary choice, mostly because of their high precision and reproducibility. Since these both methods require DNA template, they are coupled with the same initial step - reverse transcription (RT), a reaction producing DNA complementary to its RNA template. It is well known that RT introduces bias. As a result, it is therefore of importance to thoroughly evaluate the effects of these biases. One such annotated source of artifacts is the reverse transcriptase (RTase) itself. However, it has been shown that the enzyme does not account for most of the variance alone. Surprisingly, choice of primers or RNA template may influence the reaction outcome even more than the bias introduced from the enzyme. This is especially the case with recent advances in protein engineering. Production of highly efficient RTases may pronounce the variation originating from other reaction components. This thesis is focused on the RTase characteristics and factors influencing RT reaction. Keywords: reverse transcription, gene expression, reverse transcription−quantitative PCR, RNA-Sequencing, oligonucleotide
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Daniel Žucha 2.15 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Daniel Žucha 55 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Daniel Žucha 71 kB
Stáhnout Posudek vedoucího Ing. Lukáš Valihrach, Ph.D. 221 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Hana Španielová, Ph.D. 271 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby RNDr. Marie Kočová, CSc. 153 kB