velikost textu

Analyses of Monocercomonoides genome sizes, ploidies and karyotypes

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Analyses of Monocercomonoides genome sizes, ploidies and karyotypes
Název v češtině:
Analýzy velikosti genomu, ploidie a karyotypu u kmenů Monocercomonoides
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Martina Frenclová
Vedoucí:
Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.
Oponent:
RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D.
Id práce:
185198
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra parazitologie (31-161)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Protistologie (NPROT)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
22. 2. 2019
Výsledek obhajoby:
Velmi dobře
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
Oxymonády, FISH, ploidie, karyotyp
Klíčová slova v angličtině:
Oxymonads, FISH, ploidy, karyotype
Abstrakt:
Abstrakt Oxymonády jsou skupinou bičíkatých prvoků, žijících v prostředí s nízkou koncentrací kyslíku. Obývají především střeva hmyzu a obratlovců. V této studii se zaměřujeme na analýzu ploidie a karyotypu různých druhů oxymonád pomocí metody fluorescence in situ hybridizace (FISH) s použitím prób proti jednokopiovým genům a telomerickým repeticím. Také jsme se pokusili odhadnout velikost genomu těchto druhů oxymonád pomocí průtokové cytometrie. S použitím specifických FISH prób proti SufDSU genu, který je pravděpodobně přítomenv jedné kopii v genomu, ukázali, že všechny studované kmeny jsou haploidní. Z genomu Monocercomonoides exilis víme, že oxymonády mají původní typ telomerické repetice (TTAGGG). Použitím próby proti těmto telomerickým repeticím jsme se pokusili odhadnout počet chromozomů u sedmi kmenů (pěti druhů) Monocercomonoides. Kromě jedné vyjímky byl průměrný počet signálů pod 20, což naznačuje počet chromozomů v řádu jednotek. V kmenech M. mercovicensis jsme ovšem zaznamenali mnohem vyšší počet signálů naznačujících, že buňky mají mnohem vyšší počty chromozomů. Nakonec jsme stanovili obsah DNA v jádreh těchto kmenů pomocí průtokové cytometrie se standardem M. exilis PA203, jehož velikost genomu je známa (82Mbp). Výsledky ukazují, že většina kmenů má menší velikost genomu podobnou nebo menší, než M. exilis PA203, naproti tomu druh M. mercovicensis má velikost genomu téměř 130 Mbp. Klíčová slova: oxymonády, FISH, ploidie, karyotyp, obsah DNA, Monocercomonoides
Abstract v angličtině:
Abstract Oxymonads are a group of flagellate protists living in low oxygen environments - mainly the guts of insects and vertebrates. In this study, we focus on the analysis of ploidy and karyotype of various species of oxymonads using Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) with probes against single copy genes and telomeric repeats as well as estimating the DNA content in the nuclei of these oxymonads using flow cytometry. Using specific FISH probes against SufDSU gene, which is present in a single copy in the haploid genome, we showed that all studied strains are probably haploid. From the genome of Monocercomonoides exilis strain PA203 we know that oxymonads have the ancestral type of telomeric repeat (TTAGGG). Using a probe against these repeats we tried to label chromosome ends and estimate the number of chromosomes for seven strains (five species) of Monocercomonoides. With a single exception, the average number of signals per nucleus was below 20 indicating number of chromosomes below 10. In the strains of M. mercovicensis, we observed much higher number of signals suggesting that the cells have much higher number of chromosomes. Finally, we established the DNA content for several strains using flow cytometry. We used as a standard M. exilis strain PA203 knowing that the haploid genome size is approximately 82Mbp. Results indicate that most of the strains have genomes smaller or similar to M. exilis except for M. mercovicensis, whose genome size is almost 130Mbp. Key words: Oxymonads, FISH, ploidy, karyotype, DNA content, Monocercomonoides
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Martina Frenclová 3.03 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Martina Frenclová 139 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Martina Frenclová 136 kB
Stáhnout Posudek vedoucího Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. 136 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D. 266 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D. 152 kB