velikost textu

Structural and functional study of viral RNA polymerases

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Structural and functional study of viral RNA polymerases
Název v češtině:
Strukturní a funkční studie virových RNA polymeráz
Typ:
Disertační práce
Autor:
Bc. Anna Dubánková
Školitel:
Mgr. et Mgr. Evžen Bouřa, Ph.D.
Oponenti:
RNDr. Cyril Bařinka, Ph.D.
Mgr. Pavel Plevka, Ph.D.
Id práce:
182382
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
Program studia:
Fyzikální chemie (P1404)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
9. 12. 2019
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
picornaviry, flaviviry, RNA dependentní RNA polymeráza, replikace, krystalografie
Klíčová slova v angličtině:
picornaviruses, flaviviruses, RNA dependent RNA polymerase, replication, crystallography
Abstrakt:
Abstrakt Virové RNA dependentní RNA polymerázy (RdRp) jsou enzymy nezbytné pro množení RNA virů. Obecná funkce RdRp je pro všechny RNA viry stejná: RdRp rozpozná virovou RNA, nasedne na ni a syntetizuje komplementární řetězec RNA. Série těchto kroků je pro virovou infekci naprosto nepostradatelná. Je důležité si uvědomit, že neinfikovaná buňka RNA nereplikuje. Hostitelská buňka přirozeně neexprimuje žádné RdRp. Pro můj výzkum jsem si vybrala RdRp, protože jsou nezbytné pro virovou replicakci a tudíž excelentní cíl pro virovou terapii. V této studii jsou do hloubky charakterizovány polymerázy z rodiny picornavirů a flavivirů. Picornavirová replikace je lokalizovaná ve viry indukovaných, membránových strukturách, které nazýváme replikační organely (RO). V těchto RO je virová polymeráza lokalizovaná na membráně. Nalezli jsme podmínky, ve kterých se polymeráza váže na membránu. Následně byla studována aktivace picornavirových polymeráz, která je indukována inzercí první aminokyseliny do středu proteinu. V této studii jsou rovněž diskutovány RdRp z rodiny flavivirů, konkrétně z viru žluté zimnice (YFV) a Zika viru (ZIKV). Studie prezentuje první strukturu polymerázy z YFV (v plné délce) a model ZIKV polymerázy v komplexu s RNA. Model ZIKV poskytuje strukturní informaci o aktivním místě potřebnou k “dockingu” ligandů.
Abstract v angličtině:
Abstract Viral RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) are enzymes essential for viral multiplication. The general function of RdRp is universal for all RNA viruses: to recognise viral RNA, bind it and synthesize the complementary RNA strand. This series of steps is absolutely crucial for viral infection. It is important to mention that the non-infected cell is incapable of replicating any RNA. The host cell thus does not naturally express any RdRps. I chose RdRps for my research because these enzymes are key to viral replication and thus an excellent target for antivirals. This study characterises polymerases from P ​ icornaviridae and Flaviviridae families, in depth. Picornaviral replication takes place in viral-induced membrane structures called Replication Organelles (ROs), where the polymerase is localised to the membrane. In this study, we investigated the recruitment of picornaviral polymerase membrane. Subsequently, we focused on the activation of picornaviral RdRp induced by the insertion of the very first residue into the protein core. Next, we focused on the flaviviral RdRps specifically from yellow fever virus (YFV) and Zika virus (ZIKV). This study reports the first structure of a full length YFV polymerase and a model of ZIKV polymerase in complex with RNA. The model of ZIKV RdRp in complex with RNA provides the information needed for ligand docking.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Anna Dubánková 27.81 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Anna Dubánková 30 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Anna Dubánková 119 kB
Stáhnout Autoreferát / teze disertační práce Bc. Anna Dubánková 17.77 MB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Cyril Bařinka, Ph.D. 161 kB
Stáhnout Posudek oponenta Mgr. Pavel Plevka, Ph.D. 77 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D. 153 kB