velikost textu

Paralelní detekce virových agens v patogenezi autoimunitních onemocnění

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Paralelní detekce virových agens v patogenezi autoimunitních onemocnění
Název v angličtině:
Highly multiplexed virus detection in research of multifactorial diseases
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Bc. Kateřina Kunteová
Vedoucí:
doc. MUDr. Ondřej Cinek, Ph.D.
Oponent:
RNDr. Martina Saláková, Ph.D.
Konzultant:
Mgr. Lenka Kramná, Ph.D.
Id práce:
181747
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Genetika, molekulární biologie a virologie (NGEMOVI)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
31. 5. 2018
Výsledek obhajoby:
Velmi dobře
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
virus; autoimunita; sekvenování nové generace; multiplex
Klíčová slova v angličtině:
virus; autoimmunity; next generation sequencing; multiplex
Abstrakt:
Abstrakt S celkovým rozvojem metod molekulární genetiky v průběhu let vznikly i nové metody, které lze využít ve virologii. Stále více je využíváno sekvenování nové generace, které umožňuje současně paralelní sekvenaci mnoha vzorků, navíc také umožní rozlišit infekci více virovými typy ve vzorku. Cílem práce bylo vyvinout metodu, kterou by bylo možné genotypizovat všechny známé typy lidských adenovirů, lidských enterovirů, a bakteriofágů, vybraných pro jejich výskyt ve střevě. Metoda využívá sekvenování nové generace. Prvním krokem při vývoji metody byl návrh primerů, které jsou schopny detekovat všechny známé typy zmíněných virů, pokrývající oblast, která je schopná tyto viry mezi sebou odlišit. Tato metoda byla testována na souboru 47 vzorků lidských adenovirů a 30 vzorků lidských enterovirů se známým sérotypem. Vytvořeny byly také vzorky se dvěma sérotypy v různém poměru. Po amplifikaci cílových částí genomu byly vzorky přečištěny a sekvenovány na přístroji MiSeq, Illumina. Metoda byla dále využita při typizování adenovirů, enterovirů a bakteriofágů v pre-diabetických kohortách DIPP, MIDIA a v kohortě diabetiků z afrických a asijských zemí. Výchozím vzorkem byla RNA/ DNA izolovaná ze vzorku stolice. Prokázali jsme, že metoda dokáže zachytit všechny testované typy virů, včetně vzorků směsných infekcí dvěma různými typy a to i v případě, že je kvantita jednoho z genotypů až 1000 krát menší, než kvantita druhého. Typizace adenovirů a enterovirů probíhala na vzorcích z kohorty MIDIA: detekováno bylo celkem 7 různých adenovirových typů, nejčastější byl lidský adenovirus 2, dále jsme nalezli celkem 26 enterovirových typů, z nich byl nejčastější coxsackie virus 2. Dále bylo nalezeno 19 adenovirových infekcí s více než jedním typem a 14 enterovirových infekcí bylo s více než jedním typem. Bakteriofágy byly detekovány a typizovány na vzorcích z kohorty DIPP a kohorty afrických a asijských diabetiků. Nejčastější skupina střevních bakteriofágů v těchto vzorcích byl rod Sk1 virus, následovaným rodem Lambdavirus. Neprokázali jsme výskyt detekovaných rodů bakteriofágů v longitudinálně sbíraných vzorcích. Longitudinálně sledované infekce adenoviry či enteroviry byly většinou krátkodobé a bylo prokázáno střídání sérotypů v rámci jednoho pacienta. Popsaná metoda byla otestována a prokázala schopnost detekce i rozlišení mezi známými typy lidských adenovirů, enterovirů či vybraných bakteriofágů. Klíčová slova: adenovirus, enterovirus, bakteriofágy, sekvenování nové generace, autoimunitní onemocnění
Abstract v angličtině:
Abstract Next generation sequencing, which allows concurrent parallel sequencing of many samples and makes it possible to distinguish the infection from multiple viral types in the sample, is well suited as a detection format for such assays described below. The aim of the thesis was to develop a method that could detect all known types of human adenoviruses, human enteroviruses, and bacteriophages selected for their presence in the intestine. Using the next- generation sequencing. The first step was to design primers capable of detecting all known types of viruses, covering the area that is capable of distinguishing these viruses. This method was tested on a set of 47 human adenovirus samples and 30 human enterovirus samples of known serotype. Samples with two serotypes in different proportions were also created. After amplification of the target genome, the samples were purified and sequenced on MiSeq, Illumina. The method was further used in the typing of adenoviruses, enteroviruses and bacteriophages in pre-diabetic cohorts of DIPP, MIDIA, and a cohort of diabetics from African and Asian countries. The tested sample was RNA / DNA isolated from the stool specimen. We have demonstrated that the method is capable to detect all tested virus types, including infections with two different types, even if the quantity of one of the genotype is up to 1000 times lower than the other. Then was the method tested on MIDIA cohort samples: a total of 7 different adenovirus types were detected, the most common was HAdV2. 26 enterovirus types were found, the most common was CVA2. We also found 19 adenovirus infections of more than one type in a sample and 14 enterovirus infections of more than one type. Bacteriophages were detected and method was tested on samples DIPP cohort and samples of African and Asian diabetics. The most common group of intestinal bacteriophages in these samples was the genus Sk1 virus, followed by the Lambdavirus genus. The described method was tested and show the ability to detect and distinguish between types of human adenoviruses, enteroviruses or selected bacteriophages. Key words: adenovirus, enterovirus, bacteriophage, new generation sequencing, autoimmune disease
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Kateřina Kunteová 5.2 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Kateřina Kunteová 132 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Kateřina Kunteová 206 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. MUDr. Ondřej Cinek, Ph.D. 201 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Martina Saláková, Ph.D. 243 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. RNDr. Jitka Forstová, CSc. 154 kB