velikost textu

Analysis of circulating markers in patients with solid tumors

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Analysis of circulating markers in patients with solid tumors
Název v češtině:
Analýza cirkulujících markerů u pacientů se solidními nádory
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Mgr. Katarína Buranovská
Vedoucí:
RNDr. Pavel Souček, CSc.
Oponent:
Mgr. Vlasta Němcová
Id práce:
181215
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Genetika, molekulární biologie a virologie (NGEMOVI)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
11. 9. 2019
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
marker, cirkulace, nádor, prognóza, terapie, predikce
Klíčová slova v angličtině:
marker, circulation, tumor, prognosis, therapy, prediction
Abstrakt:
Abstrakt: Cirkulujúca cell-free DNA (cfDNA) a jej frakcia, cirkulujúca tumorová DNA, pochádzajúca z nádoru, sú považované za inovatívny prognostický a prediktívny biomarker vo svete onkologickej diagnostiky. Mnohé štúdie preukázali pozmenené hladiny koncentrácie cfDNA a integrity - indikátora množstva ctDNA v rámci cfDNA, v telových tekutinách u pacientov s nádorovými ochoreniami v porovnaní so zdravými jedincami, čo poukazuje na ich potenciál ako efektívneho biomarkeru na monitorovanie dynamiky týchto ochorení. Táto práca sa sústredí na optimalizáciu a validáciu kvantifikačných metód, ktoré sú následne použité na analýzu spomínaných parametrov cfDNA u vzoriek štyroch rôznych nádorov. Najskôr boli otestované dva rôzne komerčné kity na izoláciu cfDNA u vzoriek plazmy a séra. Metódy na kvantifikáciu, kvantitatívna real-time polymerázová reakcia (qPCR) a PicoGreen dsDNA assay, boli optimalizované na efektívne kvantifikovanie nízkych koncentrácií cfDNA, a následne porovnané medzi sebou a ku droplet digital PCR, ktorá bola použitá na vybraný počet vzoriek. Zároveň bola stanová koncentrácia a integrita cfDNA vzoriek karcinómu prsu, vaječníkov, kolorekta a pankreasu. Väčší výťažok cfDNA bol získaný pomocou kitu QIAamp Circulating Nucleic Acid isolation kit (Qiagen) v porovnaní s kitom Plasma/Serum Cell-Free Circulating DNA Purification Mini Kit (Norgen). Koncentrácia cfDNA všetkých menovaných ochorení bola zvýšená v porovnaní so zdravými kontrolami. Hodnoty cfDNA integrity sa na druhej strane správali odlišne. Zatiaľ čo sa cfDNA integrita u karcinómu prsníka a pankreasu nelíšila od zdravých kontrol, u pacientov s karcinómom kolorekta a vaječníkov bola v porovnaní so zdravými jedincami znížená. Tieto výsledky podporujú hypotézu, že cfDNA pochádzajúca z nádoru je viac fragmentovaná ako cfDNA zo zdravých buniek a dokazujú, že cfDNA je vhodným kandidátom pre detailnejšie štúdium zaoberajúce sa ich dynamikou u pacientov s nádorovými ochoreniami. Kľúčové slová: cirkulujúce biomarkery, cell-free DNA, DNA integrita, DNA kvantifikačné metódy, optimalizácia
Abstract v angličtině:
Abstract: Circulating cell-free DNA (cfDNA) and its tumour-derived circulating tumour DNA (ctDNA) fraction are considered an innovative prognostic and predictive biomarker in oncological diagnostics. Many studies have demonstrated higher levels of cfDNA concentration and integrity, as an indicator of the amount of ctDNA in cfDNA, in body fluids from patients with cancer diseases in comparison with healthy individuals, which suggest its potential as an effective biomarker for monitoring of the tumour dynamics. This study focused on optimisation and validation of measurement methods later used for analysis of cfDNA concentration and integrity in blood samples from patients with four different solid cancers. Two different commercial isolation kits have been tested in plasma and serum samples. Quantitative real-time polymerase reaction (qPCR) and PicoGreen dsDNA assay were optimized to effectively quantify low concentrations of cfDNA, subsequently compared to each other and to droplet digital PCR assay tested on selected samples. The concentration and integrity of cfDNA from plasma samples of breast, ovarian, colorectal and pancreatic cancer patients were evaluated. Higher amounts of cfDNA were obtained by the QIAamp Circulating Nucleic Acid isolation kit (Qiagen) in comparison to Plasma/Serum Cell-Free Circulating DNA Purification Mini Kit (Norgen). The cfDNA levels in plasma samples from patients with mentioned diseases were higher compared to plasma samples obtained from healthy individuals. On the other hand, cfDNA integrity behaved differently. While cfDNA integrity in plasma samples of breast and pancreatic carcinoma patients did not differ from controls, the same parameter was lower in patients with colorectal and ovarian carcinoma in comparison to healthy individuals. These results support the hypothesis, that cfDNA which originates in tumour may be more fragmented compared to cfDNA from healthy cells and prove that cfDNA is a good candidate for detailed study of its dynamics in patients with solid tumours. Key words: circulating biomarkers, cell-free DNA, DNA integrity, DNA quantification, optimisation
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Katarína Buranovská 4.2 MB
Stáhnout Příloha k práci Mgr. Katarína Buranovská 1.14 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Katarína Buranovská 205 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Katarína Buranovská 124 kB
Stáhnout Posudek vedoucího RNDr. Pavel Souček, CSc. 33 kB
Stáhnout Posudek oponenta Mgr. Vlasta Němcová 188 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby RNDr. Martin Pospíšek, Ph.D. 154 kB
Stáhnout Errata Mgr. Katarína Buranovská 4.44 MB