velikost textu

The effect of 6S-like RNAs on physiological differentiation of Streptomyces coelicolor

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
The effect of 6S-like RNAs on physiological differentiation of Streptomyces coelicolor
Název v češtině:
Vliv 6S-like RNA molekul na fyziologickou diferenciaci Streptomyces coelicolor
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Bc. Barbora Burýšková
Vedoucí:
RNDr. Jan Bobek, Ph.D.
Oponent:
RNDr. Pavel Branny, CSc.
Konzultant:
ing. Jiří Vohradský, Ph.D.
Id práce:
173010
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra buněčné biologie (31-151)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Buněčná a vývojová biologie (NBUNVYB)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
14. 2. 2018
Výsledek obhajoby:
Velmi dobře
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
6S RNA, sigma faktor, Streptomyces, antibiotika, fyziologická diferenciace, genová exprese
Klíčová slova v angličtině:
6S RNA, sigma factor, Streptomyces, antibiotics, physiological differentiation, gene expression
Abstrakt:
Abstrakt: Rozmanitost bakterií a jejich genomů může zapříčinit konzervaci funkčních molekulárních motivů na úrovni strukturní místo konzervace na úrovni sekvencí. V případě regulační 6S RNA byly nalezeny sekvenční homology u více než sta bakteriálních druhů. U bakterií rodu Strepomyces však nebyl nalezen žádný. Jedinečný genom těchto bakterií, důležitých pro svou schopnost produkce antibiotik, má vysoký obsah G-C párů bází a je představitelem unikátních genomů fylogeneticky staré větve Aktinobakterií. Funkce nekódující 6S RNA je dána její sekundární strukturou. 6S RNA svou strukturou napodobují cílové promotorové sekvence a vychytávají tak sigma faktory, které jsou součástí transkripčního aparátu. Tímto napomáhají přepínání souborů exprimovaných genů během vývojových přechodů. Pomocí porovnání in silico predikovaných sekundárních struktur známých 6S RNA byl vytvořen počítačový model, který predikoval 6S-like RNA u Streptomycet. Cílem této práce bylo ověřit expresi těchto 6S-like RNA predikovaných u Streptomyces coelicolor pomocí RT-PCR a RNA koimunoprecipitace (RNA CoIP). Výsledkem této práce je detekce šesti nových ncRNA transkriptů, které by mohly být homology 6S RNA u Streptomycet. Tato zjištění rovněz potvrdila in silico predikční metodu, kterou byly nalezeny nekóducíjí bakteriální RNA na základě strukturní homologie. Aby mohla být určena funkce těchto nalezených RNA, je třeba pokračovat ve výzkumu. Klíčová slova: 6S RNA, sigma faktor, Streptomyces, antibiotika, fyziologická diferenciace, genová exprese
Abstract v angličtině:
Abstract: The variety of bacteria and their genomes sometimes causes conservation of homologue molecules to be displayed not in sequence but in secondary and tertiary structures. In the case of the regulatory 6S RNA, sequence homologues have been found in over 100 bacterial species so far. However, none were found in the genus Streptomyces. The unique genome of these soil- dwelling bacteria, known for their capacity to produce antibiotics, has a high G/C content and diverges substantially from distantly related bacteria. Yet in the non-coding 6S RNA it is the secondary structure that is crucial for its function. The 6S RNAs trap sigma factors by mimicking target promoter sequences in order to help with switching sets of expressed genes during developmental transitions. 6S-like RNA genes in Streptomyces coelicolor have been computationally predicted by comparison of in silico modelled secondary structures of known 6S RNAs. The aim of this thesis was the verification of these 6S-like RNA predictions. The experimental approach was based on RNA co-immunoprecipitation (RNA CoIP), as well as RT- PCR from RNA samples. The outcomes of this project are the detection of six novel ncRNA transcripts with possible 6S-like RNA functions, which also served as the wet-lab verification of the in silico prediction technique used to identify bacterial ncRNAs on the basis of structure conservation. More research needs to be conducted to resolve the role of the putative 6S-like RNA genes. Keywords: 6S RNA, sigma factor, Streptomyces, antibiotics, physiological differentiation, gene expression
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Barbora Burýšková 4.36 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Barbora Burýšková 396 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Barbora Burýšková 459 kB
Stáhnout Posudek vedoucího RNDr. Jan Bobek, Ph.D. 278 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Pavel Branny, CSc. 88 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. RNDr. František Půta, CSc. 154 kB