velikost textu

Anaerobic ciliates as a model group for studying the biodiversity and symbioses in anoxic environments

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Anaerobic ciliates as a model group for studying the biodiversity and symbioses in anoxic environments
Název v češtině:
Anaerobní nálevníci jako modelová skupina pro studiu biodiverzity a symbióz v anoxických prostředích
Typ:
Disertační práce
Autor:
Bc. Johana Rotterová
Školitel:
doc. RNDr. Ivan Čepička, Ph.D.
Oponenti:
Eleni Gentekaki, Dr.
Jeffrey David Silberman, Dr.
Id práce:
171709
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra zoologie (31-170)
Program studia:
Zoologie (P1502)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
2. 7. 2020
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
anaerobióza, anaerobní nálevníci, fylogenomika, MRO, metabolismus, symbiózy
Klíčová slova v angličtině:
anaerobiosis, anaerobic ciliates, phylogenomics, MROs, metabolism, symbioses
Abstrakt:
ABSTRAKT Nálevníci patří k nejrozsáhlejším a nejrozmanitějším skupinám jednobuněčných eukaryot, avšak jejich anaerobní zástupci byli do značné míry zanedbáváni; částečně kvůli kultivačním obtížím. Přestože všechny hlavní linie nálevníků obsahují anaeroby, jejich diverzita a evoluce anaerobiózy jsou zvláště málo studovány a teprve začínají získávat pozornost. Ve skutečnosti je kmen Ciliophora vynikající modelovou skupinou pro studium adaptací na život v anoxii, protože kromě aerobní většiny zahrnuje volně žijící a endobiotické obligátně anaerobní linie, fakultativní anaeroby, mikroaerofily i mikroaerotolerantní druhy. Diverzita řádu Metopida, volně žijících nálevníků ze striktně anaerobní třídy Armophorea, byla v posledních letech částečně revidována a výrazně rozšířena, včetně četných redeskripcí pomocí moderních metod, jakož i popisu nových čeledí Tropidoatractidae a Apometopidae, několika rodů a druhů. Kyslík hraje klíčovou roli při produkci ATP oxidační fosforylací, která se vyskytuje v mitochondrii ve většině známých eukaryot. Nicméně anaerobní nálevníci, mezi mnoha dalšími eukaryoty, kteří se přizpůsobili nízkým koncentracím kyslíku nebo dokonce jeho nepřítomnosti, modifikovali své mitochondrie a energetický metabolismus tak, aby byli schopní produkovat energii i při anoxii. Objev dvou nových tříd nálevníků v rámci skupiny SAL, Muranotrichea a Parablepharisma, které tvoří APM klád obligátních anaerobů spolu s třídou Armophorea, a komplexní srovnávací analýza jejich genomů poskytly bližší náhled na adaptace eukaryot při přechodu k obligátní anaerobióze. Všichni členové APM kládu jsou hostiteli různých prokaryotických symbiontů, jako jsou endosymbiotičtí metanogeni, kteří představují jediná známá intracelulární archaea. Genomické analýzy symbiotického archaea ukázaly, že ne všichni endosymbionti podstupují významnou redukci genomu, a umožňují lépe poznat povahu a evoluci symbiotických vztahů prokaryot a anaerobních nálevníků. Klíčová slova: anaerobióza, anaerobní nálevníci, fylogenomika, MRO, metabolismus, symbiózy 6
Abstract v angličtině:
ABSTRACT Ciliates are also of the most extensively studied and diverse groups of unicellular eukaryotes, and yet, their anaerobic representatives have been largely neglected; in part due to culturing difficulties. Although all main ciliate lineages contain anaerobes, their diversity and evolution of anaerobiosis are especially poorly understood and just starting to gain attention. In fact, Ciliophora is an excellent model group to study adaptations to life in anoxia, since it, apart from the aerobic majority, includes free-living and endobiotic obligately anaerobic lineages, facultative anaerobes, microaerophiles, and microaerotolerant species. The diversity of Metopida, the free-living order of obligately anaerobic class Armophorea, has been partially revised and significantly broadened during the past years, including numerous redescriptions using modern methods, as well as the description of novel families Tropidoatractidae and Apometopidae, several genera, and multiple species. Oxygen plays a crucial role in ATP production via oxidative phosphorylation that takes place in the mitochondrion in most known eukaryotes. Nevertheless, anaerobic ciliates, among many other eukaryotes that have adapted to low oxygen concentrations or even its absence, have modified their mitochondria and energetic metabolism to be able to produce energy in anoxia. Discovery of two new ciliate classes within SAL group, Muranotrichea and Parablepharismea, which form the APM clade of obligate anaerobes together with Armophorea, has allowed a complex comparative analysis of adaptations and provided insight into the evolution of transition to obligate anaerobiosis in eukaryotes. All members of APM clade host various prokaryotic symbionts, such as endosymbiotic methanogens, which represent the only known intracellular archaea. The genomic analyses of symbiotic archaea have revealed that not all endosymbionts must have undergone a significant reduction, providing an insight into the nature and evolution of symbiotic relationships of prokaryotes and anaerobic ciliates. Keywords: anaerobiosis, anaerobic ciliates, phylogenomics, MROs, metabolism, symbioses
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Bc. Johana Rotterová 95.74 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Bc. Johana Rotterová 300 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Bc. Johana Rotterová 351 kB
Stáhnout Autoreferát / teze disertační práce Bc. Johana Rotterová 601 kB
Stáhnout Posudek oponenta Eleni Gentekaki, Dr. 131 kB
Stáhnout Posudek oponenta Jeffrey David Silberman, Dr. 179 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby RNDr. Lucie Juřičková, Ph.D. 154 kB