velikost textu
Evolution of euglenid plastid proteome
Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Evolution of euglenid plastid proteome
Název v češtině:
Evoluce proteomu plastidu euglenidů
Typ:
Disertační práce
Autor:
Bc. Anna Vanclová
Školitel:
Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.
Oponenti:
Ansgar Gruber, Ph.D.
Konzultant:
RNDr. Róbert Šuťák, Ph.D.
Id práce:
155012
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra parazitologie (31-161)
Program studia:
Parazitologie (P1522)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
13. 12. 2019
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
Euglenida, plastid, transport, genom, transkriptom, hmotnostní spektrometrie
Klíčová slova v angličtině:
Euglenida, plastid, transport, genome, transcriptome, mass spectrometry
Abstrakt:
ABSTRAKT
Vznik plastidů endosymbiózou a jejich horizontální šíření je široce rozšířený evoluční jev
ajedna z významných hnacích sil evoluce eukaryot. Integrace nové organely je doprovázena
změnami v její struktuře, genovém obsahu, biogenezi a importu proteinů a propojením jejích
metabolických drah s drahami hostitele. Studium těchto procesů vrůzných skupinách
sekundárních řas a srovnávání mezi nimi je důležité pro porozumění obecným principům
evoluce plastidů.
Krásnoočka (Euglenophyta) získala své plastidy od zelených řas po poměrně dlouhém období
heterotrofie. Vtéto práci jsem se podílela na analýze nově vygenerovaných sekvenčních
datasetů: transkriptomů Euglena gracilis a Euglena longa a plastidového proteomu E. gracilis
determinovaného pomocí hmotnostní spektrometrie, a to s ohledem na potenciální inovace
související se získáním a integrací plastidu. Ve výsledných publikacích jsme se zaměřili
zvláště na složení a evoluci systému pro targeting a import jaderně kódovaných proteinů
doplastidu a zjistili, že plastidy krásnooček obsahují extrémně redukovaný TIC a zcela
postrádají TOC komplex. Na základě plastidového proteomu jsme identifikovali několik
nových potenciálních translokáz odvozených od proteinů endomembránového systému
apopsali některé dříve nepovšimnuté vlastnosti N-terminálních targetovacích signálů
proteinů importovaných do plastidu. Proteom plastidu E. gracilis vypovídá o komplexním,
vněkterých případech redundantním, metabolismu této organely. Recyklace chlorofylu je
jedním zezdrojů fytolu pro reakce nenapojené na plastidovou MEP/DOXP dráhu. Podíl
plastidu nametabolismu aminokyselin je velmi nízký, pokud vůbec nějaký. Plastidový
proteom jsme rovněž podrobili systematické fylogenetické analýze a zjistili významné
množství proteinů původem z „chromist“ a také několik případů laterálního genového přenosu
zbakterií, včetně druhé SUF dráhy pro syntézu železosirných center.
Tato práce představuje významný příspěvek kplastidové proteomice, zdroj pro základní
iaplikovaný výzkum krásnooček a potenciální základ pro různé typy navazujících studií.
Abstract v angličtině:
ABSTRACT
Endosymbiotic gain and transfer of plastids is a widespread evolutionary phenomenon
andamajor driving force of eukaryotic evolution. The integration of a new organelle is
accompanied by changes in its structure, gene content, molecular mechanisms for biogenesis
and transport, and re-wiring of the host and organelle metabolic pathways. To understand
thecourse and underlying mechanisms of plastid evolution, it is important to study these
processes in variety of secondary algae and notice their differences and similarities.
Euglenophytes gained their plastids from green eukaryotic algae after a long history
ofheterotrophic lifestyle. In my thesis, I participated in analyses of newly generated
sequence datasets: transcriptomes of Euglena gracilis and Euglena longa and mass
spectrometry-determined proteome of E. gracilis plastid with especial regard to the potential
novelties associated with plastid gain and incorporation. In the resulting publications we
particularly focus on plastid protein import machinery and targeting signals and report
extremely reduced TIC and completely absent TOC in euglenophyte plastid. Using
theproteomic dataset, we predict potential novel plastid protein translocases recruited from
ER/Golgi and re-analyze plastid signal domains, characterizing previously overlooked
features. Protein inventory of E. gracilis plastid suggests complex, in some cases redundant
metabolic capacity. Chlorophyll recycling is one of the sources of phytol for reactions not
connected toMEP/DOXP pathway. Plastid contribution to amino acid metabolism is very
low, if any. We screen the proteome for proteins of other than green algal phylogenetic
affiliation andreport substantial contribution from “chromists” as well as several cases of
LGT frombacteria, including an acquisition of additional SUF pathway.
In summary, the work presented in this thesis provides a solid contribution to plastid
proteomics, resource for both basic and applied Euglena research and potential foundation
forvarious follow-up studies.
Dokumenty
Stáhnout | Dokument | Autor | Typ | Velikost |
---|---|---|---|---|
Stáhnout | Text práce | Bc. Anna Vanclová | 10.68 MB | |
Stáhnout | Abstrakt v českém jazyce | Bc. Anna Vanclová | 338 kB | |
Stáhnout | Abstrakt anglicky | Bc. Anna Vanclová | 337 kB | |
Stáhnout | Autoreferát / teze disertační práce | Bc. Anna Vanclová | 1.11 MB | |
Stáhnout | Posudek oponenta | Ansgar Gruber, Ph.D. | 381 kB | |
Stáhnout | Posudek oponenta | prof. Dr. Uwe Maier, Ph.D. | 494 kB | |
Stáhnout | Záznam o průběhu obhajoby | doc. RNDr. Ivan Hrdý, Ph.D. | 154 kB |