velikost textu

Analýza volných nukleových kyselin v moči urologických pacientů.

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Analýza volných nukleových kyselin v moči urologických pacientů.
Název v angličtině:
Analysis of cell-free nucleic acids in urine of urological patients.
Typ:
Disertační práce
Autor:
Mgr. Šárka Šantorová, Ph.D.
Školitel:
doc. RNDr. Marie Korabečná, Ph.D.
Oponenti:
prof. MUDr. Radim Brdička, DrSc.
doc. Mgr. Jiří Drábek, Ph.D.
Id práce:
147893
Fakulta:
1. lékařská fakulta (1.LF)
Pracoviště:
Ústav biologie a lékařské genetiky 1.LF UK a VFN v Praze (11-00160)
Program studia:
Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie (P1519)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
19. 9. 2019
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
miRNA, cfDNA, moč, rakovina močového měchýře, neinvazivní marker
Klíčová slova v angličtině:
miRNA, cfDNA, urine, bladder cancer, non-invasive marker
Abstrakt:
Abstrakt Ve dvou studiích zabývajících se volnými nukleovými kyselinami v moči byl hledán biomarker pro odlišení pacientů s rakovinou močového měchýře od kontrolní skupiny. Karcinom močového měchýře tvoří 4 % nově diagnostikovaných onkologických onemocnění v České republice a zatím neexistuje dostatečně přesná neinvazivní metoda k jeho diagnostice. Supernatant moči, omývající sliznici močového měchýře, který neobsahuje buňky a jejich fragmenty, se zdá být vhodným zdrojem biomarkerů pro neinvazivní diagnostiku. V jedné studii byly zkoumány miRNA, jako neinvazivní biomarkery rakoviny močového měchýře. miRNA jsou krátké nekódující RNA, které blokují translaci, vyskytují se ve všech tělních tekutinách a jsou velmi stabilní. K nalezení vhodných markerů mezi miRNA byla provedena studie o třech částech. Ve všech třech částech bylo vyšetřeno celkem 109 jedinců (36 kontrol a 73 pacientů s rakovinou močového měchýře). Analýza miRNA byla založena na RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction). V první fázi bylo vyšetřeno 59 jedinců TaqMan array kartami s 381 miRNA. V druhé fázi byly potvrzovány výsledky první fáze na stejném souboru jedinců jednotlivými assayemi pro 13 vybraných miRNA. Ve třetí fázi byl vyšetřen nový soubor jedinců (23 kontrol a 27 pacientů s rakovinou močového měchýře) opět assayemi pro jednotlivé miRNA. Výsledky všech tří fází byly normalizovány třemi miRNA vybranými algoritmem geNorm v programu qBase+©: miR-191, miR-28-3p a miR-200b. Bylo nalezeno pět miRNA, které měly signifikantně sníženou expresi v supernatantu moči u pacientů s rakovinou močového měchýře oproti kontrolám: miR-125b, miR-30b, miR-204, miR-99a a miR-532-3p. Nejlepších výsledků bylo dosaženo s miR-125b a miR-99a. Tyto výsledky naznačují, že by hladiny miRNA mohly sloužit jako diagnostický marker k neinvazivní detekci rakoviny močového měchýře. V druhé studii byly měřeny hladiny volné DNA (cell-free DNA – cfDNA) v močovém supernatantu jako biomarkeru rakoviny močového měchýře. Bylo vyšetřeno celkem 100 jedinců (34 kontrol a 66 pacientů s rakovinou močového měchýře). U každého jedince byl zaznamenán objem moči a pomocí real-time PCR stanovena koncentrace cfDNA. Z těchto údajů bylo vypočteno celkové množství cfDNA. Bylo zjištěno, že druhá ranní moč je pro stanovení celkového množství cfDNA vhodnější než první ranní moč. Byla navržena metodologie měření cfDNA v moči. Výpočet celkového množství cfDNA v druhé ranní moči dokázal odlišit pacienty s rakovinou močového měchýře od kontrol (p=0,0002). Kvantifikace cfDNA v supernatantu moči má při dodržení metodologických postupů potenciál sloužit jako neinvazivní diagnostický marker rakoviny močového měchýře. Klíčová slova: miRNA, cfDNA, moč, rakovina močového měchýře, neinvazivní marker
Abstract v angličtině:
Abstract The two studies follow free nucleic acids in urine in search for biomarkers to distinguish urinary bladder cancer patients from controls. Bladder cancer forms 4 % of newly diagnosed oncological diseases in the Czech Republic. Nowadays, there is no accredited non-invasive method for its diagnosis, which is sufficiently accurate. Urine supernatant, which is washing the bladder mucosa and which does not contain cell debris, seems to be an appropriate source of biomarkers for non-invasive diagnosis. miRNAs, as a non-invasive biomarker of urinary bladder cancer, were studied in one of the studies. miRNAs are short noncoding RNA, which block the process of translation. miRNAs occur in all body fluids and are relatively stable. A study with three phases was assessed to find a suitable miRNA marker. 109 individuals were examined in total (36 controls and 73 bladder cancer patients). The analysis of miRNAs was based on RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction). In the first phase, the urine of 59 individuals was analyzed on TaqMan array card with 381 miRNAs. In the second phase, the results of the first phase were confirmed on the same cohort by a single miRNA assay. In the third phase, a new cohort was used (23 controls and 27 bladder cancer patients), analyzed by a single miRNA assay again. All the results were normalized to three miRNAs, which were chosen by geNorm algorithm within the qBase+© program: miR-191, miR-28-3p, and miR-200b. Five miRNAs were found to be down-regulated in the urine supernatant of bladder cancer patients: miR-125b, miR-30b, miR-204, miR 99a, and miR-532-3p. The best results were reached with miR-125b and miR 99a. These results show that miRNA levels can be used as a diagnostic marker for non-invasive detection of bladder cancer. Levels of cell-free DNA (cfDNA) as a biomarker for urinary bladder cancer were measured in the second study. Altogether, 100 individuals were examined (34 controls and 66 bladder cancer patients). The volume of each portion of voided urine was recorded, and cfDNA concentration was measured by real-time PCR. This way the total amount of cfDNA was calculated. The second portion of morning urine was assessed as the better one for the calculation of cfDNA total amount than the first morning portion. The methodology for measuring the cfDNA in urine was proposed. Calculation of the total cfDNA amount in the second morning urine is capable of distinguishing bladder cancer patients from controls (p=0.0002). When following correct methodological procedures, quantification of cfDNA in urine supernatant has the potential to serve as a non-invasive diagnostic marker for bladder cancer. Key words: miRNA, cfDNA, urine, bladder cancer, non-invasive marker
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Šárka Šantorová, Ph.D. 3.19 MB
Stáhnout Příloha k práci Mgr. Šárka Šantorová, Ph.D. 522 kB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Šárka Šantorová, Ph.D. 103 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Šárka Šantorová, Ph.D. 79 kB
Stáhnout Autoreferát / teze disertační práce Mgr. Šárka Šantorová, Ph.D. 500 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. Marie Korabečná, Ph.D. 176 kB
Stáhnout Posudek oponenta prof. MUDr. Radim Brdička, DrSc. 2.34 MB
Stáhnout Posudek oponenta doc. Mgr. Jiří Drábek, Ph.D. 357 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. MUDr. Milada Kohoutová, CSc. 1.74 MB