text size

Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Title:
Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions
Title (in czech):
Studium endogenních retrovirů: Vhled do evoluce retrovirů a jejich interakcí s hostitelem
Type:
Dissertation
Author:
Mgr. Tomáš Hron
Supervisor:
MUDr. Daniel Elleder, Ph.D.
Opponents:
doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.
RNDr. Ivan Hirsch, CSc.
Thesis Id:
145790
Faculty:
Faculty of Science (PřF)
Department:
Department of Genetics and Microbiology (31-140)
Study programm:
Molecular and Cell Biology, Genetics and Virology (P1519)
Study branch:
-
Degree granted:
Ph.D.
Defence date:
22/11/2017
Defence result:
Pass
Language:
English
Keywords (in czech):
endogenní retrovirus, ERV, koevoluce viru a hostitele, restrikční faktory, positivní selekce
Keywords:
endogenous retrovirus, ERV, virus-host coevolution, restrition factors, positive selection
Abstract (in czech):
V rámci mé doktorské práce jsem se věnoval evoluci retrovirů a jejich vztahů s hostitelem. Retroviry jsou skupinou RNA virů schopných infikovat širokou škálu druhů včetně pravděpodobně všech obratlovců. Jejich jedinečnost tkví mimo jiné ve schopnosti účinně tvořit endogenní retroviry (ERVs) - virové kopie, které jsou po integraci do genomu hostitele děděny dalšími generacemi jako součást jejich genofondu. ERVs zastupují velkou část genomu obratlovců a hrají důležitou úlohu v mnoha buněčných procesech a patologiích. Velké množství těchto sekvencí zůstává nicméně stále neprozkoumáno. Výsledky mého hlavního projektu disertační práce odkrývají dávnou evoluční historii retrovirů. K tomu mi dopomohla analýza sekvencí ERVs, které představují jakési “genetické fosílie” virových infekcí, jež probíhaly po celou dobu retrovirové evoluce. Odhalení a následná analýza dávných linií ERVs mi pomohla nahlédnout do hluboké historie retrovirů a prozkoumat, jak virové infekce v minulosti pomáhaly utvářet antivirovou obranu jejich hostitelů. Mimo studium dávné evoluce retrovirů se má práce soustředila také na samotný proces vzniku nových kopií ERVs a jejich fixace v hostitelské populaci. K tomu jsem využil jedinečný model endogenního retroviru, k jehož endogenizaci v současné době dochází u jelence.
Abstract:
In my doctoral project, I studied the evolution of retroviruses and long-term interactions with their hosts. Retroviruses infect a broad range of species including possibly all vertebrates. They are unique in their ability to efficiently create endogenous retroviruses (ERVs) - viral copies integrated into the host genomes and consequently inherited by successive generations as usual genomic locus. ERVs represent a significant portion of vertebrate genomes and play an important role in a variety of cellular processes and pathologies; however, their sequences are still largely unexplored. The results of my work contributed to the uncovering of ancient evolutionary history of retroviruses. In this regard, I employed the ERV sequences, as they represent “genetic fossils” of viral infections that occurred throughout entire retroviral evolution. By discovery and analysis of ancient ERV lineages, I shed light on the deep history of retroviruses and revealed how the past infections shaped the evolution of vertebrate antiviral defense. In addition to the investigation of retroviral evolution, I also studied process of ongoing endogenization and fixation of newly emerged ERVs in a mammalian host population. In this part of my work, I focused on a unique model of ERV that have been recently invading mule deer genome.
Documents
Download Document Author Type File size
Download Text of the thesis Mgr. Tomáš Hron 131.79 MB
Download Abstract in czech Mgr. Tomáš Hron 31 kB
Download Abstract in english Mgr. Tomáš Hron 30 kB
Download Autoreferat / doctoral thesis summary Mgr. Tomáš Hron 539 kB
Download Opponent's review doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc. 179 kB
Download Opponent's review RNDr. Ivan Hirsch, CSc. 396 kB
Download Defence's report 460 kB