velikost textu

Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions
Název v češtině:
Studium endogenních retrovirů: Vhled do evoluce retrovirů a jejich interakcí s hostitelem
Typ:
Disertační práce
Autor:
Mgr. Tomáš Hron
Školitel:
MUDr. Daniel Elleder, Ph.D.
Oponenti:
doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.
RNDr. Ivan Hirsch, CSc.
Id práce:
145790
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
Program studia:
Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie (P1519)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
22. 11. 2017
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
endogenní retrovirus, ERV, koevoluce viru a hostitele, restrikční faktory, positivní selekce
Klíčová slova v angličtině:
endogenous retrovirus, ERV, virus-host coevolution, restrition factors, positive selection
Abstrakt:
V rámci mé doktorské práce jsem se věnoval evoluci retrovirů a jejich vztahů s hostitelem. Retroviry jsou skupinou RNA virů schopných infikovat širokou škálu druhů včetně pravděpodobně všech obratlovců. Jejich jedinečnost tkví mimo jiné ve schopnosti účinně tvořit endogenní retroviry (ERVs) - virové kopie, které jsou po integraci do genomu hostitele děděny dalšími generacemi jako součást jejich genofondu. ERVs zastupují velkou část genomu obratlovců a hrají důležitou úlohu v mnoha buněčných procesech a patologiích. Velké množství těchto sekvencí zůstává nicméně stále neprozkoumáno. Výsledky mého hlavního projektu disertační práce odkrývají dávnou evoluční historii retrovirů. K tomu mi dopomohla analýza sekvencí ERVs, které představují jakési “genetické fosílie” virových infekcí, jež probíhaly po celou dobu retrovirové evoluce. Odhalení a následná analýza dávných linií ERVs mi pomohla nahlédnout do hluboké historie retrovirů a prozkoumat, jak virové infekce v minulosti pomáhaly utvářet antivirovou obranu jejich hostitelů. Mimo studium dávné evoluce retrovirů se má práce soustředila také na samotný proces vzniku nových kopií ERVs a jejich fixace v hostitelské populaci. K tomu jsem využil jedinečný model endogenního retroviru, k jehož endogenizaci v současné době dochází u jelence.
Abstract v angličtině:
In my doctoral project, I studied the evolution of retroviruses and long-term interactions with their hosts. Retroviruses infect a broad range of species including possibly all vertebrates. They are unique in their ability to efficiently create endogenous retroviruses (ERVs) - viral copies integrated into the host genomes and consequently inherited by successive generations as usual genomic locus. ERVs represent a significant portion of vertebrate genomes and play an important role in a variety of cellular processes and pathologies; however, their sequences are still largely unexplored. The results of my work contributed to the uncovering of ancient evolutionary history of retroviruses. In this regard, I employed the ERV sequences, as they represent “genetic fossils” of viral infections that occurred throughout entire retroviral evolution. By discovery and analysis of ancient ERV lineages, I shed light on the deep history of retroviruses and revealed how the past infections shaped the evolution of vertebrate antiviral defense. In addition to the investigation of retroviral evolution, I also studied process of ongoing endogenization and fixation of newly emerged ERVs in a mammalian host population. In this part of my work, I focused on a unique model of ERV that have been recently invading mule deer genome.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Tomáš Hron 131.79 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Tomáš Hron 31 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Tomáš Hron 30 kB
Stáhnout Autoreferát / teze disertační práce Mgr. Tomáš Hron 539 kB
Stáhnout Posudek oponenta doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc. 179 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Ivan Hirsch, CSc. 396 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 460 kB