velikost textu

Molekulárně-epidemiologická analýza kmenů Mycobacterium tuberculosis izolovaných na území Plzeňského kraje včetně detailní charakterizace kmenů rezistentních na antituberkulotika

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Molekulárně-epidemiologická analýza kmenů Mycobacterium tuberculosis izolovaných na území Plzeňského kraje včetně detailní charakterizace kmenů rezistentních na antituberkulotika
Název v angličtině:
Molecular-epidemiological analysis of Mycobacterium tuberculosis strains isolated in the West-Bohemian Region of the Czech Republic including detailed characterisation of anti-tuberculosis drugs-resistant strains
Typ:
Disertační práce
Autor:
MUDr. Jana Amlerová, Ph.D.
Školitel:
doc.Ing. Jaroslav Hrabák, PhD.
Oponenti:
doc. MUDr. Pavel Čermák, CSc.
doc. MUDr. Filip Růžička, Ph.D.
Id práce:
120430
Fakulta:
Lékařská fakulta v Plzni (LFP)
Pracoviště:
Ústav mikrobiologie (14-510)
Program studia:
Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (P5115)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
25. 9. 2019
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
tuberkulóza – Mycobacterium tuberculosis – genotypizace – WGS – rezistence
Klíčová slova v angličtině:
tuberculosis - Mycobacterium tuberculosis - genotyping - WGS - resistance
Abstrakt:
Molekulárně-epidemiologická analýza kmenů Mycobacterium tuberculosis izolovaných na území Plzeňského kraje včetně detailní charakterizace kmenů rezistentních na antituberkulotika MUDr. Jana Amlerová 2019 Abstrakt Tuberkulóza je kontagiózní infekční onemocnění, které představuje celosvětově velký epidemiologicko-klinický problém. Incidence tuberkulózy se v různých oblastech světa výrazně liší, ale i země s nízkou incidencí se epidemiologii tuberkulózy významně věnují. Ve světovém měřítku je tuberkulóza jednou z priorit WHO, spolupráce probíhá na mezinárodní úrovni. Protože je tuberkulóza tzv. sociální nemocí, patří země s vysokým výskytem tuberkulózy mezi země rozvojové. Především v Africe situaci významně komplikuje koincidence tuberkulózy a HIV. V rámci střední Evropy se incidence tuberkulózy pohybuje na nízké úrovni, Česká republika patří mezi země s nejnižší incidencí vůbec. V posledních letech se u nás pohybuje incidence těsně pod 5 novými případy na 100 000 obyvatel za rok. Tato situace je mimo jiné také výsledkem vysoké úrovně surveillance tuberkulózy a aplikací účinných epidemiologických opatření s oporou v legislativě. Předkládaná dizertační práce se věnuje několika oblastem problematiky tuberkulózy s hlavním zaměřením na moderní možnosti laboratorní diagnostiky a především na moderní metody molekulárně-epidemiologické analýzy. Obsahuje rešerši recentní odborné literatury týkající se molekulárně-genetické diagnostiky a tyto poznatky aplikuje na výběr nejvhodnější dostupné metody pro genotypizaci izolátů Mycobacterium tuberculosis, která by byla vhodná pro zavedení do praxe. Závěrem výzkumu je definování celogenomové sekvenace (WGS) jako metody volby pro molekulárně-epidemiologické analýzy výskytu a šíření tuberkulózy. Součástí práce je uvedení přehledu známých genotypů M. tuberculosis včetně jejich geografického rozšíření a popsání principu stanovení těchto genotypů a jejich detekce. Ve výsledcích výzkumu souboru kmenů izolovaných od pacientů s tuberkulózou na území ČR je popsána podrobná metodika použité metody WGS, vyhodnocení získaných údajů a přehled genotypů M. tuberculosis, které byly u těchto nemocných zachyceny. Tento postup je možné v budoucnu ve spolupráci s dalšími laboratořemi aplikovat na všechny izoláty získané na území ČR v určitém období. Tyto informace pak mohou vést ke znalosti způsobu šíření tuberkulózy mezi lidmi, ke znalosti okolností importu tohoto onemocnění ze zahraničí a také po příslušném vyhodnocení k zavedení účinných epidemiologických opatření. Téma laboratorní diagnostiky tuberkulózy je v dizertační práci zaměřeno na identifikaci metodou hmotnostní spektrometrie, která v současné době patří mezi nejmodernější identifikační postupy v celé mikrobiologii a kterou lze s výhodou aplikovat i na identifikaci mykobakterií. Výsledky se opírají o vlastní výzkum a také o výsledky mezinárodního výzkumu, kterého se FN Plzeň a Biomedicínské centrum LF UK Plzeň účastnily. Diagnostika latentní tuberkulózy nabývá v posledních letech na významu z několika důvodů. Jednak epidemiologických ve smyslu vyhledávání onemocnění u kontaktů s aktivní formou tuberkulózy, dále u pacientů s oslabením buněčné imunity, tedy především pacientů před nebo na biologické léčbě preparáty typu blokátorů TNF alfa, a v neposlední řadě například u pacientů s primárním plicním onemocněním (nádory, cystická fibróza, intersticiální plicní procesy atd.). Diagnostika této formy tuberkulózy je v práci prezentována zaměřením na metody IGRA. Tyto metody jsou v současnosti nejspolehlivějším způsobem detekce latentní tuberkulózy. V práci jsou porovnány dvě dostupné metody – Quantiferon TB Gold Plus a T-SPOT.TB. Výsledky jsou vyhodnoceny porovnáním obou metod a je navržen vhodný postup, jak a kdy každou z těchto metod volit v rutinní diagnostice. Diagnostika a zejména epidemiologické analýzy tuberkulózy prodělávají v posledních letech podobně jako celá mikrobiologie rychlý vývoj. Přesto ale stále jde o metody, které celé diagnostické spektrum doplňují, ale nenahrazují. Standardními postupy v diagnostice tuberkulózy zůstávají klasické metody přímého průkazu jako mikroskopie a kultivace. Je žádoucí moderní postupy plně využít, ale je nutné mít neustále na paměti, že hodnocení a interpretace výsledků jakýchkoliv mikrobiologických laboratorních metod jsou plně závislé na okolnostech onemocnění každého individuálního pacienta, jeho stavu a kontextu s dalšími nálezy.
Abstract v angličtině:
Molecular-epidemiological analysis of Mycobacterium tuberculosis strains isolated in the West-Bohemian Region of the Czech Republic including detailed characterisation of anti-tuberculosis drugs – resistant strains MUDr. Jana Amlerová Abstract Tuberculosis is contagious infectious disease that embodies significant epidemiological and clinical problem worldwide. Tuberculosis incidence differs considerably in various regions of the world but even the countries with low incidence engage strongly in epidemiology of tuberculosis. Tuberculosis belongs to one of the priorities of WHO, cooperation in this matter takes place on a global scale. Tuberculosis is a social illness; accordingly, the countries with high occurrence of tuberculosis are classified as developing countries. Mainly in Africa, there is the situation being complicated by coexistence of HIV. Generally, Europe represents a region with low incidence of tuberculosis. The Czech Republic is a country with the lowest incidence in the world with less than five new cases per 100 000 inhabitants every year. This situation is among others result of high-level tuberculosis surveillance and effective application of epidemiological arrangements based in legislation. This dissertation thesis examines several fields of tuberculosis, mainly focused on modern opportunities of laboratory diagnosis and most importantly modern methods of molecular- epidemiological analysis. It consists of review of recent literature related to molecular- epidemiological diagnostics and application of gained knowledge on selection of the most suitable available methods for genotyping of isolates Mycobacterium tuberculosis, which would be fitting for putting into practice. Outcome of the thesis defines whole genome sequencing (WGS) as methods of choice for molecular epidemiological analysis of incidence and spreading of tuberculosis. Part of this thesis also represents overview of familiar genotypes M. tuberculosis including their geographical distribution and description of principle of designation of these genotypes and their detection. In the results section, research of strains group isolated from patients with tuberculosis isolated in the Czech Republic are described using WGS, appraisal of gained data and summary of M. tuberculosis genotypes that were present by infected patients. This method will be available to apply to all isolates obtained in the Czech Republic during given time period, assuming other laboratories cooperate in the future. This information can lead to discover a way of how tuberculosis spreads among people and how it can be imported from abroad, which could lead to implementing effective epidemiologic arrangements. In this thesis, the topic of laboratory diagnostics of tuberculosis is focused on identification through mass spectrometry that belongs to the current modernist ways of identifications in microbiology and that can be applied on identification of mycobacteria. The results derive from separate research and international research, that FN Plzeň and Biomedical Center LF UK Plzeň took part in. In recent times, the importance of latent tuberculosis diagnosis is raising. The first reason is epidemiological searching for patients with active form of tuberculosis. There are also patients with weakened cell-mediated immunity, who are mostly patients before or during immunotherapy, which uses treatment on base of TNF alfa inhibitors and so on. Last but not least, patients with primary pulmonary disease such as tumors, cystic fibrosis, interstitial pulmonary process etc. Diagnosis of this form of tuberculosis is in the paper presented by focus on IGRA methods. These methods are currently the most reliable way to detect latent tuberculosis. The thesis compares two available methods – Quantiferon TB Gold Plus and T- SPOT.TB. Results are built as comparison of both methods and there is described how, when and which one to use for routine diagnosis. Similarly, to other fields of microbiology, diagnosis and epidemiological analysis of tuberculosis in particular develop lately very quickly. However, these methods are still only additional to the complete diagnostic spectrum they do not replace it. Standard methods in diagnosis of tuberculosis remain classic methods like microscopy and cultivation. It is appropriate to fully utilized modern methods; nonetheless, the evaluation and interpretation of result of any microbiological laboratory method are dependent on circumstances of disease of individual patient, his condition and context with other findings.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce MUDr. Jana Amlerová, Ph.D. 3.41 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce MUDr. Jana Amlerová, Ph.D. 185 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky MUDr. Jana Amlerová, Ph.D. 182 kB
Stáhnout Autoreferát / teze disertační práce MUDr. Jana Amlerová, Ph.D. 478 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc.Ing. Jaroslav Hrabák, PhD. 1.07 MB
Stáhnout Posudek oponenta doc. MUDr. Pavel Čermák, CSc. 1.75 MB
Stáhnout Posudek oponenta doc. MUDr. Filip Růžička, Ph.D. 387 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby prof. MUDr. Petr Pazdiora, CSc. 152 kB