velikost textu

Characterization of protein structures using chemical cross-linking and mass spectrometry.

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Characterization of protein structures using chemical cross-linking and mass spectrometry.
Název v češtině:
Charakterizace struktury proteinů pomocí chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie.
Typ:
Disertační práce
Autor:
Mgr. Zdeněk Kukačka
Školitel:
RNDr. Petr Novák, Ph.D.
Oponenti:
Mgr. Daniel Rozbeský, Ph.D.
doc. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D.
Konzultant:
doc. RNDr. Helena Ryšlavá, CSc.
Id práce:
115908
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra biochemie (31-250)
Program studia:
Biochemie (P1406)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
29. 6. 2015
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
struktura bílkovin, chemické zesítění, H/D výměna, hmotnostní spektrometrie
Klíčová slova v angličtině:
protein structure, chemical cross-linking, H/D exchange, mass spectrometry
Abstrakt:
Abstrakt Některé bílkoviny k plnění své funkce vyžadují přítomnost specifického ligandu, kofaktoru nebo prostetické skupiny. Vazba této specifické molekuly může v molekulách bílkovin způsobit konformační změny. V některých případech může charakterizace takovýchto konformačních změn představovat velmi náročný úkol. V předkládané práci je popsán nový přístup sloužící ke sledování těchto změn pomocí kombinace chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením. Na modelovém systému, kterým byl zvolen protein kalmodulin, je ukázáno, že analýza pomocí izotopově značených síťovacích činidel umožnuje získat přehled o změnách struktury způsobených přítomností nebo nepřítomností ligandu. Byly rovněž popsány potenciální nedostatky metody, které tkví především v nedostatečné proteolýze proteinu. Tato nová metoda, která zároveň umožňuje kvantifikaci strukturních změn proteinů, byla použita spolu s dalšími technikami k charakterizaci neutrální trehalasy Nth1 v komplexu s proteinem Bmh1 (kvasinková forma proteinu 14-3-3). Výsledky odhalily, že vazba proteinu Bmh1 vyvolává přeskupení molekuly Nth1 se změnami především v tzv. “EF-hand“ podobném motivu, který je nezbytný pro aktivační proces.
Abstract v angličtině:
Abstract Some proteins require presence of their specific ligand, cofactor or prosthetic group for their activity. Binding of this specific molecule can cause conformational changes which permit to perform their function. In some occasions the identification of conformational changes could be really challenging task. In this thesis we describe the novel approach for monitoring structural changes in proteins using chemical cross-linking and high resolution mass spectrometry and its application on model calmodulin system. It is demonstrated that analysis using isotope-labelled cross-linking agents enabled us to get insight into the structural rearrangement caused by presence or absence of the protein ligand. However, it is shown that the method has potential drawback due to limited enzymatic proteolysis. The novel approach that also makes it possible to quantify the changes in protein structure was used together with other methods for characterization of the neutral trehalase Nth1 in complex with Bmh1 protein (yeast isoform of protein 14-3-3). The results revealed that Bmh1 induce structural rearrangement of Nth1 molecule with changes within the EF- hand like motif which is essential for the activation process.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Zdeněk Kukačka 8.79 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Zdeněk Kukačka 83 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Zdeněk Kukačka 20 kB
Stáhnout Autoreferát / teze disertační práce Mgr. Zdeněk Kukačka 1.25 MB
Stáhnout Posudek oponenta Mgr. Daniel Rozbeský, Ph.D. 142 kB
Stáhnout Posudek oponenta doc. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. 507 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 1020 kB