velikost textu

Simulation of processes in cellular membranes

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Simulation of processes in cellular membranes
Název v češtině:
Simulace procesů v buněčných membránách
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Mgr. Štěpán Timr
Vedoucí:
doc. RNDr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.
Oponent:
Mgr. Jiří Pittner, Dr.
Id práce:
113685
Fakulta:
Matematicko-fyzikální fakulta (MFF)
Pracoviště:
Katedra chemické fyziky a optiky (32-KCHFO)
Program studia:
Fyzika (N1701)
Obor studia:
Biofyzika a chemická fyzika (FBCHF)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
28. 5. 2013
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
orientace fluorescenčních sond, lineární dichroismus, dipólový moment přechodu, molekulární dynamika
Klíčová slova v angličtině:
orientation of fluorescent probes, linear dichroism, transition dipole moment, molecular dynamics
Abstrakt:
Zkoumáním orientace fluorescenčních molekul ukotvených v buněčných membránách lze získat významné informace o struktuře membrán a procesech probíhajících v živých buňkách. V této diplomové práci nejprve popisujeme měření jedno- a dvoufotonového lineárního dichroismu fluorescenční sondy ve fosfolipidové membráně s přesně definovaným složením. Na základě experimentálních dat určujeme distribuci úhlu mezi dipólovým momentem jednofotonového přechodu a normálou membrány. Zároveň provádíme molekulární dynamiku fluorescenční sondy a kvantové výpočty jejích jedno- a dvoufotonových absorpčních vlastností. Srovnáním distribuce úhlů získané z experimentů s rozdělením předpovězeným simulacemi ověřujeme možnost určování orientace fluorescenční molekuly v lipidové membráně pomocí měření lineárního dichroismu. Rovněž prověřujeme možnost použití molekulárních simulací jako základu pro interpretaci experimentálních dat.
Abstract v angličtině:
Probing orientations of fluorescent molecules embedded in or attached to cell membranes has a great potential to reveal information on membrane structure and processes occurring in living cells. In this thesis, we first describe one- and two-photon linear dichroism measurements on a fluorescent probe embedded in a phospholipid membrane with a well- defined lipid composition. On the basis of experimental data, we determine the distribution of the angle between the one-photon transition dipole moment of the probe and the membrane normal. At the same time, we perform molecular dynamics simulations of the fluorescent probe and quantum calculations of its one-photon and two-photon absorption properties. By comparing the orientational distribution gained from experiments with that predicted by simulations, we test the ability of linear dichroism measurements to report on the orientation of a fluorescent molecule in a lipid membrane. We also examine the applicability of molecular simulations as a basis for the interpretation of experimental data.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Štěpán Timr 4.49 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Štěpán Timr 78 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Štěpán Timr 4 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. 208 kB
Stáhnout Posudek oponenta Mgr. Jiří Pittner, Dr. 103 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 105 kB