velikost textu

Proteomic Analysis of Trichomonas vaginalis hydrogenosone

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Proteomic Analysis of Trichomonas vaginalis hydrogenosone
Typ:
Disertační práce
Autor:
Neritza Campo Beltran, Ph.D.
Školitel:
prof. RNDr. Jan Tachezy, Ph.D.
Oponenti:
RNDr. Eva Nohýnková, Ph.D.
prof. Nigel Yarlett, Ph.D.
Konzultant:
doc. RNDr. Ivan Hrdý, Ph.D.
Id práce:
113260
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra parazitologie (31-161)
Program studia:
Parazitologie (P1522)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
20. 9. 2016
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
rezistence k metronidazolu, metabolismus železa, mitochondriální organely
Klíčová slova v angličtině:
metronidazole resistence, iron metabolism, organelles of mitochondrial origin
Abstrakt:
ABSTRAKT Trichomonas vaginalis je lidský parazit, který ročně ohrožuje přibližně 258 milionů lidí. U tohoto parazita byla popsána organela mitochondriálního původu nazvaná hydrogenosom, která je schopná vytvářet energii v podobě ATP za anaerobních podmínek. Zkoumání a popisování nových proteinů, vyskytujících se v této organele, může přispět k objevení nových cílů pro antiparazitární léčbu. Zároveň nám tento výzkum pomůže porozumět fungování a evolučnímu původu této odvozené organely. Dostupnost již popsaných protokolů pro izolaci hydrogenosomů společně s kompletně zmapovaným genomem T. vaginalis umožňuje studovat tyto organely pomocí moderních metod hmotnostní spektrometrie a bioinformatických analýz. V rámci našeho výzkumu jsme použili různé přístupy umožňující popsat proteiny v těchto organelách. Jednalo se o transkriptomické a proteomické analýzy zjišťující buněčnou odpověď parazita T. vaginalis na změny koncentrace železa v prostředí. A dále změny v obsahu proteinů hydrogenosomů u T. vaginalis rezistentních na metronidazol. Organely byly v obou případech izolovány pomocí diferenciální centrifugace gradientu OptiPrepu. Takto připravené hydrogenosomy byly analyzovány hmotnostním spektrometrem pomocí nano-RP- HPLC/MALDI-TOF/TOF. Zároveň jsme pomocí Tritonu X-114 oddělili membránové a matrixové proteiny a značením iTRAQ tyto frakce analyzovali. K potvrzení hydrogenosomální lokalizace identifikovaných proteinů jsme použili 5 různých bioinformatických programů jako PSORT II, TargetP, Euk-mPLoc 2.0, Yloc a Hunter. Tato studie přináší důležitý příspěvek k porozumění těchto organel.
Abstract v angličtině:
ABSTRACT Trichomonas vaginalis is a human pathogen that affects annually approximately 258 million people worldwide. This parasite possesses organelles of mitochondrial origin called hydrogenosomes, which generate ATP under anaerobic conditions. The identification of the protein content at the subcellular level may provide new targets for antiparasitic drugs developments as well as it contributes for our understanding of the organelles function and evolution. The availability of protocols for organelles purification and the complete genome sequence allow the study of the organellar proteomes using mass spectrometry and bioinformatics, providing a powerful strategy that combine cell biology and proteomics. In our research, we used several approaches to identify the protein composition in hydrogenosomes and mitosomes. We performed transcriptomic and proteomic analysis to investigate the molecular responses of Trichomonas vaginalis upon iron availability. Furthermore, the changes in the proteome during the development of metronidazole resistance were also studied. The organelles separated by differential and Optiprep-sucrose gradient centrifugation were analyzed with nano- RP-HPLC/MALDI-TOF/TOF. We also used Triton X-114 phase partitioning to separate membrane proteins and iTRAQ technique to label the peptides of the samples used for comparative proteomic analyses. In order to confirm the mitochondrion localization of the proteins, the data was analyzed using 5 different bioinformatic tools such as PSORT II, TargetP, Euk-mPLoc 2.0, Yloc and Hunter. The present study makes a significant contribution to understanding the overall organelles network.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Neritza Campo Beltran, Ph.D. 13.26 MB
Stáhnout Příloha k práci Neritza Campo Beltran, Ph.D. 33 kB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Neritza Campo Beltran, Ph.D. 110 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Neritza Campo Beltran, Ph.D. 85 kB
Stáhnout Autoreferát / teze disertační práce Neritza Campo Beltran, Ph.D. 368 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Eva Nohýnková, Ph.D. 130 kB
Stáhnout Posudek oponenta prof. Nigel Yarlett, Ph.D. 82 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 510 kB