velikost textu

Noncovalent Interactions in the Gas Phase and Aqueous Solution: Theoretical Study

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Noncovalent Interactions in the Gas Phase and Aqueous Solution: Theoretical Study
Název v češtině:
Nekovalentní interakce v plynné fázi a vodném roztoku: Teoretické studium
Typ:
Disertační práce
Autor:
Ing. Lucie Zendlová, Ph.D.
Školitel:
prof. Ing. Pavel Hobza, DrSc.
Oponenti:
prof. RNDr. Ing. Jaroslav Burda, DrSc.
RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
doc. RNDr. Petr Jurečka, Ph.D.
Id práce:
112570
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
Program studia:
Makromolekulární chemie (P1405)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
24. 6. 2008
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Angličtina
Abstrakt:
5 Zál,ěr \/ části ia) prezentované práce jsme porovnali stabilitu a molekulovou interakci mezi adeninem...tyminem, guaninem...cýosinem a jejími metylovanými 11alogy s malým počtem molekul vody a organických rožpouŠtědel.(CH3óH, DMSO a CHCI3). Pozorovali jsme odlišnéinterakce mezibázemi a studovanými solventy. Zatimco voda a CH3OH stabilizují S struktury párit bazi vetšímpočtem vodíkových vazeb než je moŽno v HB strukturacň, čHct: molekula nemá tuto v|astnost a jsou preferovány HB struktury s molekulami rozpouštědla nad pod a rovinou bází. DMSo molekula je jedinečná svou velikostí ve srovnání s ostatními rozpouštědly a mezi páry bazí s DMSo rozpouštědlem jsou nejvíce zastoupené jsou T struktury. . V části ib) prezentované práce jsme dospěli k několika závěrum za|oženýmna MD, SCC-DFTB-D a CoSMo výpočtech: i) nahrazení nukleové báze modifikovanou nukleobází X vede převážně ke strukturálním změnám centrálního páru (patrové uspořádání centrálního modifikovaného páru). Pouze s nejmenšími modifikovanými nukleobázemi P' centrá,lni pár bazí (A-P' P-T a P-P) zustane planární. V případě B-T' A-B nebo D- D ve specifické orientaci je jedna z modifikovaných bazi X výIačena ven z DNA duplexu. ii) Se stoupajícíaromaticitou modifikovaných nukleobazí X roste stabilita patrového uspořádání iii) Nejvyšší selektivita mezi všemi studovanými analogy bazí by|a na|ezena pro modifikovanou nukleobázi D Ve druhé části prezentované práce jsme pouŽili pro výpočty redukčních potenciálů derivátů nukleobází spojených skomplexy pricnodny,ch-kovů (Ru2*, os2n) DFT a CoSMo metody u jsme náše vi,steaty s experimentálními hodnotami' Pozorovali jsme, v '.óunáti Ru2* kompiexů vypooitané redukční případě potenciály souhlasí s experimentálními hodnotami, zatímóó v připadě os2* komplexů nesouhlasí. Toto můŽe být vysvět|eno zanedbáním spin-oibiiální vazby v našich výpočtech, která v Os,* komplexech hraje více podstatnou roli než ., Ru'í' Interpretace vypočtených redukčníchpotenciáiů byla více komplikovaná, ale obecně lze Ííci,že vypočítaná data byla v oblasti experimentálních hodnot. VT:.h'š:'1 originálních prací, které kompletují tuto dizertačnípráce je přiloŽeno v Přílohách v dizertačnípráci.
Abstract v angličtině:
EAPUr rr|lclltal \ alLlť5' 5 Conclusions In the ia) part of present :, , . work we c on b etween u d"',il il:'::: :íJT j.:lÍ' lI jl.#.ffiJ,lil intera cti ". . . thy;';; small number or*u.",7nJ organió itt8:"é'siia solvent ňr"."i", (CH3.H, solvents yů[T"i^f. completely different interactions between the bases and the b"''" p.'"{ ;' il#} il-t ÍT:!fl ,-. i: : " Y" .'h:.-S,t.* tu,", ot tt," o:] moleóule Iuórc "idilnn u property, and the'. .'l,'..,ťff,.'*lt'Lť':.lill:ilF.S'T!,l; 'u'r' situated above or belolthe !Á; ;;i. ;';;lě'"o ri," olašó ň"l"-.\,," ,, unique y"J::fiffii:x::. ."n'o*ison with otr,!. .otu"nt,, uň.'r,"í'ř;;.". are the In the ib) part_of present work based on the MD, SCC_DDFTB_D and ;"",'.Y|Tť'.#1.:."ffi i"T."lrJ'".r""u.'".XincorporateJ."-oŇTduplexwe i) Replacing nucleic acid base by modified nucleobase X leads .*:'] ,o Structural changes of the centrď -uuš"-pui. arrangement of central modified Gtu.t base pairs). ónli with ttre sma'lest modified nucleobase p T) stay planar. In the case Á.iJ.;;*;;.í' (A-P, P- 'r'" Á-il.;';6 'of.B-T, orientation, one of the modified in specific from DNA duplex. nuú"JÁ""x"*íto.""a out ii) Incre, or modified nucleobase .,""olr'iT"i1iTi1fi" X increases rhe iii) The highest s.ďectivity among- all base ana|ogue studied was found for modified nu"l"obus" O In the secono pu* of present work, we reduction potentiars of derivativJs;i;"J;;;;res used for the calculation of (Ru,*, os2*) rinked with transition merals complexes the-.DFT cóiůďiethods wtth experimental values. We "'a and compared our results observed,li'áir" tr,..u,".or-ňJíili,ir"*",.r," calculated reduction potentials *iá"ii""..-'. va ues, whereas in tná .u." oio.) J"á.o'.-"':'i:.'ll':". "r J;]L Tl:';:n:il"lT.] l observed. This can be explained uyri'" our ca'cu'ations and playi in tt'. o.'; 'p. "."út coupling, which was neglected in complexes. The interpretation "ň;i;;;;",. significant role, thň in Ru2. of .ur.urut"í reduction potentials was more complicated, but in general, the calculated data were in the range of expcrimental values. The six original research papers that complement the thesis are enclosed in the Appendices.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Ing. Lucie Zendlová, Ph.D. 3.33 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Ing. Lucie Zendlová, Ph.D. 486 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Ing. Lucie Zendlová, Ph.D. 530 kB
Stáhnout Posudek oponenta prof. RNDr. Ing. Jaroslav Burda, DrSc. 1.17 MB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Jiří Vondrášek, CSc. 727 kB
Stáhnout Posudek oponenta doc. RNDr. Petr Jurečka, Ph.D. 74 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 598 kB