velikost textu

Studium jednonukleotidových polymorfizmů v kandidátních genech pro Crohnovu chorobu

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Studium jednonukleotidových polymorfizmů v kandidátních genech pro Crohnovu chorobu
Název v angličtině:
Study of single nucleotide polymorphisms in candidate genes for Crohn's disease
Typ:
Rigorózní práce
Autor:
RNDr. Petra Dušátková, Ph.D.
Id práce:
111102
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Genetika, molekulární biologie a virologie (NGEMOVI)
Přidělovaný titul:
RNDr.
Datum obhajoby:
9. 8. 2011
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Informace o neveřejnosti:
Příloha práce byla vyloučena ze zveřejnění.
Jazyk práce:
Čeština
Abstrakt:
Mgr. Petra Dušátková, Studium jednonukleotidových polymorfizmů v kandidátních genech pro Crohnovu chorobu Abstrakt Crohnova choroba (CD) patří mezi zánětlivá střevní onemocnění. Její etiologie dosud není zcela objasněna, ale předpokládá se, že na vznik onemocnění mají vliv genetické predispozice. Tato diplomová práce je součástí projektu zabývajícího se studiem kauzality jednonukleotidových polymorfizmů (SNP) v kandidátních genech pro CD v české populaci. U 333 pacientů s CD a 499 zdravých jedinců jsme testovali polymorfizmy: c.3020insC, p.Gly908Arg, p.Arg702Trp v genu CARD15, g.-308G>A v genu TNFA, p.Arg381Gln v genu IL23R a p.Ala197Thr v genu ATG16L1. Určení jednotlivých genotypů jsme prováděli metodou alelické diskriminace ve formátu TaqMan sond (Applied Biosystems, USA). Varianty c.3020insC, p.908Arg v genu CARD15 byly signifikatně asociovány s CD (OR = 4,4; 95%CI 3,0 – 6,4, respektive OR = 2,7; 95%CI 1,4 – 5,0). SNP p.702Trp byl asociován s CD až po adjustaci na zbylé dva polymorfizmy v genu CARD15 (OR = 1,7; 95%CI 1,0 – 2,7). Nalezli jsme ochranný efekt p.381Gln v genu IL23R (OR = 0,6; 95%CI 0,3 – 1,0). Varianta p.197Ala v genu ATG16L1 zvyšuje v české populaci riziko CD (OR = 1,3; 95%CI 1,0 – 1,9). Asociaci g.-308A v genu TNFA s CD jsme nedetekovali. Genotypo-fenotypovou analýzou prováděnou pouze na pacientech s CD jsme zjistili asociaci c.3020insC s časnější dobou diagnózy (p = 0,001), s postižením ilea (p < 0,001) a její protektivní vliv na postižení tlustého střeva (p < 0,001). Varianta p.381Gln má ochranný vliv na postižení horní části gastrointestinálního traktu (p = 0,032). Tato práce přispěla ke znalosti genetického pozadí CD u českých pacientů.
Abstract v angličtině:
Mgr. Petra Dušátková, Studium jednonukleotidových polymorfizmů v kandidátních genech pro Crohnovu chorobu Abstract Crohn‘s disease (CD) is ranked among inflammatory bowel diseases. The etiology of the disease is not completely understood yet. However, it is assumed that genetic predispositions may play important role in the etiology of CD. This work is a part of a project studying causality of single nucleotide polymorhisms within candidate genes for CD in the Czech population. We tested in total 333 patients with CD and 499 healthy subjects for SNPs: c.3020insC, p.Gly908Arg, p.Arg702Trp within the gene CARD15, g.-308G>A within the gene TNFA, p.Arg381Gln within the gene IL23R a p.Ala197Thr within the gene ATG16L1. For determination of the genotypes we used alellic discrimination in TaqMan sonds format. Variants c.3020insC, p.908Arg within the gene CARD15 were significantly associated with CD (OR = 4,4; 95%CI 3,0 – 6,4, OR = 2,7; 95%CI 1,4 – 5,0, respectively). SNP p.702Trp was associated with CD after adjustation for other two polymorphisms within the gene CARD15 (OR = 1,7; 95%CI 1,0 – 2,7). We found the protective effect of the p.381Gln in the gene IL23R (OR = 0,6; 95%CI 0,3 – 1,0). Variant p.197Ala within the gene ATG16L1 increased the risk of CD (OR = 1,3; 95%CI 1,0 – 1,9). We did not detect association between g.-308A in TNFA gene and CD. The genotype-phenotype analysis carried only on the patients detected association of c.3020insC with early onset disease (p = 0,001), with ileal involvement (p < 0,001) and its protective effect on the colon involvement (p < 0,001). Variant p.381Gln has protective effect on the upper gastrointestinal involvement (p = 0,032). This work contributed to the knowledge of the genetic background of CD among Czech patients.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce RNDr. Petra Dušátková, Ph.D. 9.52 MB
Stáhnout Příloha k práci RNDr. Petra Dušátková, Ph.D. 422 kB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce RNDr. Petra Dušátková, Ph.D. 65 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky RNDr. Petra Dušátková, Ph.D. 71 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby prof. RNDr. Stanislav Zadražil, DrSc. 81 kB