Výsledky projektů za rok 2023

Rukopis článku byl zaslán do recenzního řízení. V potvrzení o podání k recenznímu řízení chybí z důvodů požadované anonymizace jméno autorky a autora.

Článek srovnávající dvě chirurgické metody u dětských pacientů podstupujících ileocékální resekci. V článku je i hodnocena biologická léčba ve vztahu k pooperačním komplikacím a citována možnost dalšího hodnocení na základě tkáňových hladin biologik. Článek vyšel s příslušnou dedikací a afiliací.

Článek byl odevzdán, recenzován a schválen editory časopisu. Vytištěn bude v nejbližších týdnech. Přikládám PDF textu článku a potvrzení o přijetí k tisku od editorů. POZNÁMKA: v první verzi jsem opomněl dát afiliaci za Univerzitu Karlovu, což jsem si před několika dny uvědomil a napsal do redakce, kde mi slíbili, že ve finální verzi s DOI již bude afiliace správně.

Zde mohu uložit pouze text po recenzním řízení, ještě před zapracováním recenzí. PS: V rámci doplnění Závěrečné zprávy jsem již měl k dispozici potvrzení o přijetí textu do tisku, které zde tedy nyní nahrávám.

Text této studie v tuto chvíli ještě není zcela dopracovaný (cca z 80 %) a záměr poslat ho do časopisu Archaeological and Anthropological Sciences je v tuto chvíli pouze záměr, neboť ještě nemohlo dojít k recenzím. Do přílohy posílám současnou verzi textu, která je dvoujazyčná, neboť geologové píší již rovnou anglicky.

Dostupné open access:
https://doi.org/10.1186/s12904-022-01044-w

Dostupné online:
https://online.pubhtml5.com/hufh/siyz/#p=1

Rukopis je zaměřen na definování hraniční dávky LO pro transplantaci do jater potkana. Diabetickým potkanům byly transplantovány štěpy LO o různé velikosti, které byly následně monitorovány – především pomocí měření lačných i postprandiálních glykémií a pomocí IVGTT.

This is an INDEXED CONFERENCE ABSTRACT.

This is an INDEXED CONFERENCE ABSTRACT.

Studie obsahuje edici urbáře městečka Brandýs nad Labem z roku 1553, který byl zapsán do jeho městské knihy. Pramen je zasazen do širokého kontextu hospodářského, sociálního a správního vývoje lokality. Článek ukazuje na možnosti využití urbáře pro historický výzkum a je ukázkou zájmu o využití urbáře i v prostředí samosprávného městečka. Časopis, kde článek vyšel, je recenzovaný, článek prošel recenzním řízením.

Toto číslo je momentálně v tisku. Na webu časopisu je ovšem již zveřejněn obsah: https://htf.cuni.cz/HTF-540.html#55

Dostupné na http://ksv.upol.cz/civilia/texts/Civilia%2012-2.pdf.

Rukopis byl přijat k tisku dne 24.3. 2023 (viz příloha). Aktuálně probíhají formální úpravy.

Souborný referát zabývající se problematikou řešeného projektu.

Článek se stal nejčtenějším daného čísla.

Publikace a výzkum získal 2. místo v Národní psychiatrické ceně profesora Vladimíra Vondráčka.

DOI: 10.5507/epd.2022.011

doi: 10.48095/cccsnn2022382

Tento článek se zabývá využitím difuzní reflexní spektroskopie při detekci poškození zubních tkání.
- soubor dat zahrnuje 343 měření ve vlnových délek od 400 do 1700 nm pomocí difuzní reflexní spektroskopie
- zpracování signálu je založeno na rozdílu mezi spektry odrazivosti zdravých a kazem poškozených zubů v infračervené a viditelné oblasti
- klasifikace pomocí strojového učení
- přesnost klasifikačního procesu dosáhla 95,4 %

Článek se zabývá analýzou dat získaných pomocí difuzní reflexní spektroskopie a hledá optimální způsob jejich analýzy

Článek se zaměřuje na právní úpravu nelegální práce a pobytu cizinců na území Slovenské republiky a komparaci s českou právní úpravou.

Abstract

Dual nerve transfer of the spinal accessory nerve to the suprascapular nerve (SAN-SSN) and the radial nerve to the axillary nerve is considered to be the most feasible method of restoration of shoulder abduction in brachial plexus injuries. Supraspinatus muscle plays an important role in the initiation of abduction and its functional restoration is crucial for shoulder movements. There are two possible approaches for the SAN-SSN transfer: the more conventional anterior approach and the posterior approach in the area of scapular spine, which allows more distal neurotization. Although the dual nerve transfer is a widely used method, it is unclear which approach for the SAN-SSN transfer results in better outcomes. We conducted a search of English literature from January 2001 to December 2021 using the PRISMA guidelines. Twelve studies with a total 142 patients met our inclusion criteria. Patients were divided into two groups depending on the approach used: Group A included patients who underwent the anterior approach, and Group B included patients who underwent the posterior approach. Abduction strength using the Medical Research Scale (MRC) and range of motion (ROM) were assessed. The average MRC grade was 3.57 ± 1.08 in Group A and 4.0 ± 0.65 (p = 0.65) in Group B. The average ROM was 114.6 ± 36.7 degrees in Group A and 103.4 ± 37.2 degrees in Group B (p = 0.247). In conclusion, we did not find statistically significant differences between SAN-SSN transfers performed from the anterior or posterior approach in patients undergoing dual neurotization technique for restoration of shoulder abduction.

Published online: November 29, 2023
Accepted: November 26, 2023
Received: May 5, 2023

Abstract: Radial nerve palsy after humeral shaft fractures is often associated with formation of a neuroma in continuity. The current standard of treatment is neuroma resection and nerve grafting with contentious results. Anterior transposition of the radial nerve may reduce the length of its path, allowing reconstruction by primary suture. The aim of this study was to determine the maximum length of radial nerve defect that can be treated by the anterior transposition to allow primary suture to be performed.

K odloženému datu hodocení GAUK se mi podařilo s mezinárodním týmem publikovat přehledový článek v relativně kvalitním časopise. Jsem vděčný za podporu GAUK, bez které by se mi tento dlouhodobý projekt nepodařilo dokončit. Přehled současně tvoří jádro mé disertační práce, i proto je pro mě jeho publikování radostnou zprávou. Mohu se o výstupy svého výzkumu podělit s dalšími odborníky a je to i stvrzení relevance mého bádání.

Článek popisuje metodiku harmonizovaného výpočtu indexu listové plochy zájmových zemědělských plodin z dat Sentinel-2 a Landsat a předkládá důkazy o robustnosti metody, spočívající a) ve validaci LAI vrstev odvozených z jednotlivých typů dat vůči referenčním in-situ datům, b) ve vzájemné evaluaci výsledků z dat Sentinel-2 a Landsat, pořízených ve stejný den.

Článek je přijat a připravován pro následující vydání.

Článek je přijat k vydání, připravován pro následující číslo časopisu.

Charakteristika české kohorty pacientů s familiární dysbetalipoproteinemií, evaluace využití diagnostických kriterií v klinické praxi, stanovení vhodného diagnostického algoritmu u pacientů s možnou familiární dysbetalipoproteinemií

Článek se zabývá interakcí mezi EDA a Shh signální dráhou s využitím Ectodysplasin deficientních myší jako modelu odontogeneze se zaměřením na řezákovou oblast. Eda deficientní myši mají hypoplastické a hypomineralizované řezáky a navíc se u nich vyskytuje změna počtu zubů v molárové oblasti, případně variabilita v počtu molárových hrbolků. V našem článku jsme prokázali, že Eda protein ovlivňuje vznik a velikost Shh signálního centra v pEK budoucího řezáku. U eda deficientních myších embryí bylo toto centrum prostorově zmenšeno, což má pravděpodobně podíl na vzniku výše zmíněných patologií. Deficience Eda proteinu však neměla vliv na rané signální centrum v přední oblasti mandibuly, které má u řezáku iniciační funkci.

Monografie řasníků čeledi Xenidae

Deskripce dvou druhů čeledi Xenidae a metodika deskripce

- Odkaz na článek online: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/jbi.14531
- Od června 2022 jsem Adamcová, Kosová je mé rodné jméno a jméno použité na začátku projektu.

Článek bude v lednu 2023 odeslán k publikaci, musí projít recenzním řízením. Požadované údaje tak není zatím možné uvést. Vyplněné údaje jsou proto pouze ilustrativní – konkrétně údaje: "Svazek (volume)", "Počáteční stránka", "Poslední stránka", "Rok vydání"). Přikládám rukopis článku.

Článek se zabývá narůstajícím fenoménem nekonsensuální pornografie (NCP), a to jednak pohledem specializovaných skutkových podstat kriminalizujících v různých podobách uvedené jednání v zahraničí, jednak pohledem rozhodovací praxe soudů. Vzhledem k roztříštěné právní úpravě a užívanému pojmosloví nejdříve v článku řešitelka nastiňuje základní pojmy vztahující se k NCP, s nimiž se v zahraniční odborné literatuře a zákonných ustanoveních lze běžně setkat, včetně ne zcela vhodného užití mediálně vžitého pojmu „revenge porn“. V další části textu je čtenáři nastíněna rozšířenost NCP prostřednictvím statistických dat a výzkumů, a to vč. výskytu tzv. sextingu jakožto dnes již běžné formy komunikace. Článek dále přibližuje některé klady a zápory již existujících specializovaných právních úprav NCP v Anglii, Walesu a USA, včetně problematiky případného rozporu úpravy s prvním dodatkem americké ústavy zaručujícím právo na svobodu projevu. Prostor je věnován též rozboru judikatury českých soudů ve vztahu k dané problematice.

Recenze knihy Gender, Generations, and Communism in Central and Eastern Europe and Beyond (ed. Anna Artwińska, Agnieszka Mrozik).

Přijatý manuscript, DOI: 10.1093/mmy/myad042

Článek vyšel jako Open Access: https://doi.org/10.1002/sce.21785

Zkoumané druhy patří mezi biotechnologicky a klinicky významné mikroskopické houby, především A. niger, který je využíván pro produkci kyseliny citronové i dalších kyselin a různých enzymů využívaných v průmyslu. V taxonomii této skupiny dochází k častým změnám a v poslední době zejména k popisu nových kryptických druhů. Tato studie je obsáhlou taxonomickou revizí této skupiny druhů založená na multilokusové analýze 276 kmenů a analýze genomů 31 kmenů. Tyto datasety byly analyzovány řadou metod pro delimitaci druhů a jednoznačným závěrem byla nutnost redukovat počet akceptovaných druhů ze 14 na 6 druhů.

Článek byl přijatý k publikaci 23.11.2022.

Článek poskytuje rámcový přehled vývoje českého tvůrčího psaní v prvních dvou porevolučních dekádách a dokumentuje průběh výzkumného projektu České tvůrčí psaní pohledem jeho zakladatelů. Za pomoci využití orálněhistorické metody se podařilo zachovat vyprávění dvou desítek narátorů z řad zakladatelů oboru. Čtyři nejvýraznější přístupy k výuce přibližuje formou případové studie.

Tento článek je v současné době v recenzním řízení.

Parallel evolution is common in nature and provides one of the most compelling examples of rapid environmental adaptation. In contrast to the recent burst of studies addressing genomic basis of parallel evolution, integrative studies linking genomic and phenotypic parallelism are scarce. Edaphic islands of toxic serpentine soils provide ideal systems for studying rapid parallel adap- tation in plants, imposing strong, spatially replicated selection on recently diverged populations. We leveraged threefold indepen- dent serpentine adaptation of Arabidopsis arenosa and combined reciprocal transplants, ion uptake phenotyping, and available genome-wide polymorphisms to test if parallelism is manifested to a similar extent at both genomic and phenotypic levels. We found pervasive phenotypic parallelism in functional traits yet with varying magnitude of fitness differences that was congruent with neutral genetic differentiation between populations. Limited costs of serpentine adaptation suggest absence of soil-driven trade-offs. On the other hand, the genomic parallelism at the gene level was significant, although relatively minor. Therefore, the similarly modified phenotypes, for example, of ion uptake arose possibly by selection on different loci in similar functional pathways. In summary, we bring evidence for the important role of genetic redundancy in rapid adaptation involving traits with polygenic architecture.

DOI: https://doi.org/10.2174/2666082218666220210143230

Předběžný report k první terénní sezóně výzkumu

Článek se věnuje identifikaci fotochemicky generovaných těkavých specií osmia a wolframu pomocí metody GC-MS.

Článek popisuje optimalizaci podmínek fotochemického generování těkavých specií iridia a následnou aplikaci této metody na autentické vzorky.

Přehledový článek o problematice předmětu zájmu projektu- jod v těhotenství. Článek s dedikací GA UK a afiliací UK a 1. LF

Článek popisující výsledky studie, která byla součástí mezinárodního průzkumu v Evropě (THESIS), zabývající se volbou léčebné strategie u léčby hypotyreozy napříč specialisty v oboru endokrinologie. V České republice proběhl průzkum u členů České endokrinologické společnosti formou webového dotazníku a zahrnuje mimo jiné zajímavé závěry ohledně četnosti léčby neplodných žen s pozitivními protilátkami proti štítné žláze. Článek s dedikací projektu GA UK a afiliací UK a 1.LF

Avizovaný článek z výsledků projektu byl publikován v časopise Virus Research.

Kazuistický článek s názvem Prolaktinom rezistentní na léčbu dopaminergními agonisty byl publikován v endokrinologické příloze časopisu Kazuistiky v diabetologii. Jedná se o téma související s hlavním řešeným projektem se zaměřením na vyšetření hypotalamo-hypofyzárně-gonadální osy a poruch menstruace. Obsahuje afiliaci LF HK.

Článek není výstupem projektu, hlavní řešitelka a další řešitelé jsou spoluautoři, MUDr. Petržalka je hlavním autorem.

Článek se zaměřuje na formy, kterými učitelé získávají inspiraci pro své experimentální aktivity v hodinách fyziky. Součástí je také porovnání těchto forem inspirace v závislosti na věku, pedagogických zkušenostech, pohlaví i typu školy, na které respondenti učí.

Prezentace výsledků na Kongrese České oftalmologické společnosti 2022. Abstrakt z kongresu přidán do přílohy.
Publikace spoluautorského článku věnujícího se klinické aplikaci kryopreservovaných rohovkových lentikul "Corneal stromal lenticule transplantation for the treatment of corneal ulcers", v časopise Biomedical papers.
Sepsání výsledků provedených analýz do článku „The new future perspective in corneal tissue utilisation – methods of preparation and preservation“ v časopise BMC Ophthalmology. Článek submitován v únoru 2023. Publikovaný článek z června 2023 přidán do přílohy doplňující zprávy.

Tento článek objektivě hodnotí nárůst intrabdominálního tlaku (IAT) v jednotlivých posturálních pozicí, které vycházejí z metody Dynamické Neuromuskulární Stabilizace (DNS-metoda je využita v experimentální části tohoto projektu). Probandi prvně provedli pozici bez instrukcí fyzioterapeuta, následně proběhla slovní i manuální korekce podle DNS principů.

Výsledky nám ukazují, k jakému nárůstu IAT dochází v jednotlivých pozicích a tedy i to jaké pozice lze využít v terapii pacientů s gastroesphageálním refluxem.

Spoluatorský článek, který byl sepsán formou systematického review, zkoumá efekt dechové fyzioterapie u pacientů s gastroesophageálním refluxem (GERD). Spolu se systematickým review jsme objektivně hodnotili nálezy z manometrie u pacientů, kteří mají diagnostikovaný GERD. Během manometrického vyšetření probíhala fyzioterapie formou Dynamické Neuromuskulární stabilizace (DNS) a zapojení bránice, bylo tedy možné v reálném čase sledovat aktivaci a reakci krurální části bránice, tedy ovlivnění dolního jícnového svěrače. Toto je pro náš výzkum stěžejní a data jsou využívány v experimentální části projektu.

Our paper is currently published online, and is accesible on the Traffic journal website under https://doi.org/10.1111/tra.12884
However, the numbers of the pages are preliminary, as the paper is in the "Early View" mode, which is an online version of record before inclusion in an issue. The paper will be included in the May issue.
I would also like to note that we were asked to provide a cover photo for this issue, which we did.

Významným trendem posledních let v oblasti kosmických aktivit je rostoucí počet národních kosmických agentur, který je patrný zejména v posledním desetiletí. Přestože jedním z nejčastěji zmiňovaných pojmů v současných kosmických aktivitách je tzv. New Space, tedy trend kladoucí důraz na nové technologie, transformaci strategického plánování a komerční sféru, tak stále přetrvávajícím nepostradatelným prvkem pro realizaci kosmických aktivit jsou původní struktury spojené se státními subjekty, národními kosmickými agenturami či jinými vládními subjekty zaměřenými na vesmír. Evropské případy představené ve studii - Lucembursko, Portugalsko a Řecko - ukazují význam národních agentur v oblastech realizace národní kosmické strategie, podpory kosmického sektoru a zastupování národních a mezinárodních zájmů. Případy Lucemburska a Portugalska zdůrazňují využití potenciálu transformace New Space k upřednostnění ekonomické sféry doplněné diplomatickými, vědeckými a technologickými snahami. Jejich přístup je založen na nalezení a využití mezer (niches) na kosmickém trhu. Naopak ve stejné skupině případů lze pozorovat neúspěšné národní kosmické agentury, jejichž příkladem je Řecko. Porovnáním rozdílů mezi úspěšnými a neúspěšnými národními kosmickými agenturami jsou identifikovány a diskutovány klíčové poznatky o efektivitě těchto agentur.

-źurnálový článek "A universal approach for multi‐model schema inference" popisuje všechny detaily odvozování schématu multi-modelových dat. Součástí článku je (1) motivace, proč potřebujeme přístup pro odvození multi-modelového schématu, (2) detailní popis populárních datových modelů spolu s příklady, (3) příklad a vlastnosti vyplývající z propojení různých datových modelů, tj. multi-modelových dat, (4) detailní rozbor related work (a to včetně současných prací), (5) návrh unifikace jednotlivých datových modelů, přestože mají často protichůdné vlastnosti, (6) návrhy jednotných datových struktur dále využívaných během odvozování schématu, (7) návrhy třech algoritmů pro odvození schématu nebo těžbu integritních omezení a redundance v datech, (8) experimentální porovnání jednotlivých algoritmů, (9) popis architektury nástroje MM-infer a (10) závěr spolu s nastíněním future work. Článek byl podán a prakticky okamžitě přijat ve velmi prestižním žurnálu Journal of Big Data (Q1, 2Y-IF: 10.835, CiteScore: 14.57, SJR: 2.592).

Článek vyšel online v open access přístupu.
Zde je DOI:
https://doi.org/10.3390/children10020293

Článek je publikovaný online.
Zde je jeho DOI:
https://doi.org/10.1080/14659891.2023.2173089

For now published online, with open access granted by the University of Augsburg. The printed version is expected within few weeks.

The access link: https://doi.org/10.1007/s10986-023-09590-3

článek přímo pojednává o problematice výzkumného projektu

V autorském článku hlavní řešitelky projektu je opakovaně poukazováno na problematiku diagnostických markerů vývojové dysfázie v souvislosti s pregramotnostními a gramotnostními dovednostmi a intervencí v této oblasti.

MARUSHKA J., BROKEŠOVÁ J., OGADAH C.U., KAZEMI A., TEBBENS J.D., ŠKLUBALOVÁ Z.: Milling of pharmaceutical powder carrier excipients: Application of central composite design. Advanced Powder Technology, 2022, 33(12), 103881. doi:10.1016/j.apt.2022.103881, ISSN: 0921-8831, IF2021 4.969, QAIS 2

Článek byl přijat k publikaci: 28.června 2022
Článek publikován v online verzi časopisu: 11.července 2022
Článek publikován v tištěné formě:
Issue: 3, April 2023
Volume: 43

doi: https://doi.org/10.1007/s10571-022-01252-1

https://doi.org/10.31219/osf.io/8frq7 Článek obsahuje dedikaci projektu GAUK.

Během celé doby řešení projektu jsem současně pracovala na klinickém projektu, jež je klinickou aplikací mého projektu, popisující cirkulujících onogenní mikroRNA z plazmy a CSF, jako časné biomarkery postižení CNS a relapsu CNS agresivních buněčných lymfomů (DLBCL, MCL, BL). Tyto onkogenní mikroRNA (miR-19a, -20a,-92, z klastru miR-19-72) a miR-155 jsou přímo regulovány studovaným transkripčním faktorem PU.1 (také jeho cílem Egr2) v závislosti na jeho koncentracích a tento projekt je klinickou aplikací našeho studia vlivu hladin PU.1 na cílové geny. Koncentrace PU.1 jsou u lymfomů deregulovány – sníženy a úměrně tomu jsou overexprimovány mikroRNA miR-17-92 klastru a miR-155. PU.1 tyto mikroRNA reprimuje, což bylo popsáno v předešlé publikaci naší laboratoře (Pospisil at al, 2011, Vargová at al 2010). Obdobně jsou tyto mikroRNA reprimovány během mnou popisované diferenciace myeloidních progenitorů.

Z tohoto projektu byly financovány veškeré předběžné experimenty. Výstupem je publikace v magazínu Cancers v r. 2022.

A paper affiliated to the GAUK project has been accepted and published in a Cells journal. The acceptance came shortly after the deadline for the submission of the final report.

Epub ahead of print.

Clanek byl prijaty, zatim nevysel.

Publikace založená na hlavních výsledcích grantového projektu.
Dostupné online:
https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abq2536

This journal uses article numbers instead of page numbers. It does not have ISSN, only EISSN.

Manuscript - to be submitted

Přestože u článku je uveden rok vydání 2019 a tento byl publikován v časopise Psychologie pro praxi 2/2019, fakticky článek vyšel až v roce 2021, kdy současně vyšlo předmětné číslo časopisu. Toto lze kromě jiného ověřit na webových stránkách časopisu: https://karolinum.cz/casopis/psychologie-pro-praxi/rocnik-54/cislo-2 případně z copyright přímo v online verzi, kde je copyright uveden pro rok 2021.

Konferenční příspěvek na konferenci MEDIACE 2022 byl tvořen prezentací hlavního řešitele a následnou rozpravou. Vzhledem k "nestandardnímu" průběhu konference z důvodu epidemických opatření nebyla výstupem společná publikace, nýbrž pouze shrnující článek v advokátním deníku (zde: https://advokatnidenik.cz/2022/02/16/konference-mediace-nabidla-pohled-na-reseni-sporu-z-nekolika-uhlu-pohledu/ ). O příspěvku hlavního řešitele si tak lze učinit představu především z anotace prezentovaných příspěvků (zde: https://www.pf.upol.cz/fileadmin/userdata/PF/PODWEBY/MEDIACE/2022_02_Anotace_na_web_2022.pdf ) uveřejněné na webových stránkách konference (zde: https://www.pf.upol.cz/mediace/#c59421 ).

The study is focused on several aspects present in Ambrose’s treatise De paenitentia, namely his ecclesiology with respect to the theology and practice of penance. The primary purpose of De paenitentia was the confrontation with the heresy of Ambrose’s time when so-called Novatians denied the possibility of penance and absolution for the Christians who committed a serious crime after baptism. Ambrose’s reaction is not only the targeted polemic with this rigorism, but in his treatise, he further develops the structured theology of penance. After a brief historical summary of the roots of Novatian heresy as a reaction to the problem with the lapsi who denied the faith during Decius’ persecution, this paper focuses on Ambrose’s arguments in favour of Church as a welcoming place even for sinners. Ambrose uses several biblical images, such as the Good Samaritan, Peter the Apostle, Lazarus, and female figures from the Gospels, to show the value and importance of penance and the role of the Church, who got from Christ the power to ‘bind and loose’. Despite the different practice of penance in the early church, Ambrose’s exegesis and image of the Church as the inn where everybody can be welcomed and cured, no matter in which condition he or she is coming, can serve as an inspiration also for today’s discussion about the character of the Church.

The article describes the application of CBD oil-in-water emulsion developed by the colleagues at the University of Chemistry and Technology in the treatment of rheumatoid arthritis using a rat model. Precise measurement of CBD lymphatic transport in rats, which has been conducted and reported for the first time, is an important part of the article. We attach the article submission, pdf is not yet available.

Článek byl přijat k publikaci (dopis o přijetí v příloze), ale dosud nevyšel v tisku. Není tedy možné vyplnit svazek, počáteční a poslední stránku článku.

https://doi.org/10.1021/acs.joc.2c02478

Interplay between motion of nuclei and excitations has an important role in molecular photophysics of natural and artificial structures. Here we provide a detailed analysis of coupling between quantized librational modes (librons) and charged excited states (trions) on single phthalocyanine dyes adsorbed on a surface. By means of tip-induced electroluminescence performed with a scanning probe microscope, we identify libronic signatures in spectra of chirally adsorbed phthalocyanines and find that these signatures are absent from spectra of symmetrically adsorbed species. We create a model of the libronic coupling based on the Franck-Condon principle to simulate the spectral features. Experimentally measured librational spectra match very well the theoretically calculated librational eigenenergies and peak intensities (Franck-Condon factors). Moreover, the comparison reveals an unexpected depopulation channel for the zero libron of the excited state that can be effectively controlled by tuning the size of the nanocavity. Our results showcase the possibility of characterizing the dynamics of molecules by their low-energy molecular modes using µeV-resolved tip-enhanced spectroscopy.

Celý článek dostupný zde:
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fneur.2022.874121/full

Systematic review poukazuje na nestabilitu zjištění v oblastech vztahů mezi motorickým a kognitivním vývojem u dětí předškolního věku. Velmi zajímavá zjištění vyplývají z hodnocené metodologické kvality studií. Tento článek vnímáme jako velmi kvalitní základ pro argumentace i vymezní specifických výzkumných problémů řešených v rámci našeho projektu

The article is in press and will be published in May. The In Press, Corrected Proof version is available online now.

Publikace přínášející nové poznatky o možnostech využití multispektrálních snímků při odhadu hloubek supraglaciáních jezer. V rámci studie byl stanoven současný limit hloubky zjistitelné při výskytu využití fyzikálního modelu z optických dat. Výsledky empirických a fyzikálně založených modelů stanovily maximální zjistitelnou hodnotu na 3 metry při výskytu suspendovaných částic.

https://doi.org/10.3390/rs14235988

Publikace přináší původní data v dané oblasti na téma modelování protržení hráze, potenciální povodně a s ní spojenými riziky. Bylo vytvořeno několik možných scénářů protržení hráze, s čímž souvisí také velikost samotné povodně. Dále navazuje hodnocení rizik pro celé údolí pod komplexem Gurudongmar, pro které byla vytvořena zcela nová metodika. Výsledky přinášejí jedinečné výsledky pro jednotlivé osady, vesnice a městečka ležící pod daným komplexem a mohou velmi výrazně zlepšit strategii a management pro ochranu obydlí i obyvatel v případě povodně.

The same article as in a previous result, only accepted.

We do not know the first and last page number.

Natural configuration is one of standard concepts to address elasto-plasticity in continuum physics, especially in models based on conservation laws. This manuscript compares it with the GENERIC framework (which is used in our GAUK project). Martin Sýkora performed numerical computations showing elasto-plastic-like behaviour of the GENERIC model.

Bol publikovaný článok "Evaluation of the potency of anti-HIV and anti-HCV drugs to inhibit P-glycoprotein mediated efflux of digoxin in Caco-2 cell line and human precision-cut intestinal slices" v časopise Pharmaceuticals (IF = 5,22; AIS = 1,01 ) s dedikáciou projektu GAUK.

DOI: https://doi.org/10.3390/sports11030060

Očovská Z, Maříková M, Kočí J, Vlček J. Drug-Related Hospital Admissions via the Department of Emergency Medicine: A Cross-Sectional Study From the Czech Republic. Front Pharmacol. 2022;13:899151. doi:10.3389/fphar.2022.899151

The original article contains author affiliation to Chales University, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové and the dedication to project GAUK.

Očovská Z, Maříková M, Vlček J. Potentially clinically significant drug-drug interactions in older patients admitted to the hospital: A cross-sectional study. Front Pharmacol. 2023;14:1088900. doi: 10.3389/fphar.2023.1088900

The original article contains author affiliation to Chales University, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové and the dedication to project GAUK.

Tento článek byl vytvořen v rámci naší vědecké skupiny Prague Brain Tumor Research Group. Jedná se o komplexní analýzu dětských míšních gliomů nízkého stupně malignity (LGG), která ukazuje na přítomnost biogických terapeutických cílů. Je zde uvedena dedikace tohoto projektu GAUK.

Entenmann CJ, Bubeníková A, Blažková J Jr, Zápotocký M, Kruseová J, Sumerauer D, Trková K, Sochová V, Koblížek M, Kynčl M, Malinová B, Bradáč O, Beneš V 3rd. Evaluation of the growth rates and related prognostic factors in radiation-induced meningiomas. J Neurooncol. 2023 Jan;161(1):155-163. doi: 10.1007/s11060-022-04209-y. Epub 2022 Dec 24. PMID: 36565363.

The paper was published in Journal for Deradicalization, listed in the SCOPUS database, Q2.

Pilotní data k prediktoru hmotnosti a jejich využití pro českého pacienta.

Esej uvozuje výbor nazvaný Severní Katalánsko, věnovaný severokatalánské literární a výtvarné tvorbě 20. století, a představuje téma výboru v kulturních a historických souvislostech. Zvláštní pozornost esej věnuje okcitánsko-katalánským vztahům a vysvětluje zásadní roli, kterou v této vzájemnosti po druhé světové válce hráli Bernard Lesfargues a Robert Lafont.

Výbor lze v českém kontextu pokládat za unikátní, a to jak s ohledem na téma samé, tak na zajištění podkladů a práv přímo od umělců či jejich dědiců, přičemž část z publikovaných materiálů byla veřejnosti představena vůbec poprvé.

Výbor vzbudil v severním Katalánsku a Okcitánii ohlas, níže uvádím jeden rozhovor pro rozhlas v katalánštině a jeden článek v katalánštině.

POKORNÝ, Vít a Laura BERTRAN. Una revista txeca dedica tot un reportatge a Catalunya Nord i els seus poetes: Vit Pokorny, redactor dels articles i traductor dels poemes. Ràdio Arrels [online]. 5 de setembre de 2022 [cit. 2023-01-06]. Dostupné z: https://www.radioarrels.cat/noticia/2235/una-revista-txeca-dedica-tot-un-reportatge-a-catalunya-nord-i-els-seus-poetes

SUNYER, Joan-Pere. Bratrství. OC. Setembre de 2022, (142), 56–63.

DOI: 10.1038/s41467-022-32577-6

Plný text a přílohy dostupné online: https://www.nature.com/articles/s41467-022-32577-6

Aktualita na webu PřF UK: https://www.natur.cuni.cz/fakulta/aktuality/archiv-2022/od-atomu-k-nk-bunce-pribeh-necekane-proteinove-struktury

Aktualita na webu Instruct-ERIC: https://instruct-eric.org/scientifichighlights/understanding-the-structure-and-significance-of-natural-killer-cell-receptor-ligand-complexes-an-ins/

Aktualita na webu BIOCEV: https://www.biocev.eu/cs/o-nas/aktuality/funkcni-retezeni-povrchovych-receptoru-na-lidskych-imunitnich-bunkach.338

Studie zkoumající variaci zdvojeného ramus superficialis nervi radialis a musculus brachioradialis, její prevalenci a klinický význam.
Toho času publikována online, do svazku bude doplněna.

Manuskript "Supervised nonparametric classification in the context of replicated point patterns", který shrnuje možnosti využití neparametrické jádrové regrese pro klasifikaci bodových vzorků, byl po úspěšném recenzním řízení přijat k publikaci v časopisu Image Analysis and Stereology.

https://doi.org/10.1007/s11634-022-00504-8

DOI: https://doi.org/10.1111/raju.12364

článek prošel recenzním řízením a byl přijat do tisku, rozvržení stran dosud nebylo provedeno, připojuji rukopis

Článek se věnuje studiu genomů 4 kmenů kvasinek izolvaných z trávicícho traktu kůrovce Ips typographus. Byla provedena jejich sekvenace a funknční anotace.

For severe unconjugated hyperbilirubinemia the gold standard treatment is
phototherapy with blue-green light, producing more polar photo-oxidation
products, believed to be non-toxic. The aim of the present study was to compare
the effects of bilirubin (BR) and lumirubin (LR), the major BR photo-oxidation product,
on metabolic and oxidative stress markers. The biological activities of these pigments
were investigated on several human and murine cell lines, with the focus on
mitochondrial respiration, substrate metabolism, reactive oxygen species
production, and the overall effects on cell viability. Compared to BR, LR was found
to be much less toxic, while still maintaining a similar antioxidant capacity in the serum
as well as suppressing activity leading to mitochondrial superoxide production.
Nevertheless, due to its lower lipophilicity, LR was less efficient in preventing
lipoperoxidation. The cytotoxicity of BR was affected by the cellular glycolytic
reserve, most compromised in human hepatoblastoma HepG2 cells. The observed
effects were correlated with changes in the production of tricarboxylic acid cycle
metabolites. Both BR and LR modulated expression of PPARα downstream effectors
involved in lipid and glucose metabolism. Proinflammatory effects of BR, evidenced by
increased expression of TNFα upon exposure to bacterial lipopolysaccharide, were
observed in murine macrophage-like RAW 264.7 cells. Collectively, these data point to
the biological effects of BR and its photo-oxidation products, which might have clinical
relevance in phototherapy-treated hyperbilirubinemic neonates and adult patients.

The human population is regularly exposed to bisphenols. The first compound of this class, bisphenol A, is
burdened by numerous reports of its potential toxicity and has been hence replaced by its analogues, so-called
next generation bisphenols. Their widespread use has made them pervasive throughout the environment.
These endocrine disrupting chemicals can affect the cardiovascular system, and hence the aim of this study was
to test 14 bisphenols (A, AF, AP, B, BP, C, E, F, G, M, P, PH, S and Z), and compare their effects in vitro (human
and rat cell lines), ex vivo (isolated rat aorta) and in vivo (Wistar Han rats, acutely or chronically exposed to low
environmental and high toxic doses). The majority of the tested bisphenols relaxed rat aorta, but their potency
varied markedly. The most potent compound, bisphenol AF, had an EC50 of 57 μM. The mechanism of action was
likely based on the inhibition of calcium influx via L-type calcium channels. The cytotoxicity of bisphenols to-
wards 4 human and rat cell lines (H9c2, A-10, MCF7/S0.5 and MCF7/182R-6) showed variable potencies ranging
from units of micromolar to millimolar concentrations. Based on these data, an effect on arterial blood pressure
and possible cardiotoxicity was expected. Contrarily, the in vivo acute effects of three doses (0.005, 0.05 and 2.5
mg/kg) of bisphenol AF and 3 other analogues (A, S and F) on the cardiovascular system were rather biologically
negligible. The most potent bisphenol, AF, was also administered chronically at a dose of 2.5 mg/kg for 4 weeks.

Přehledový článek s tématem projektu, který byl přijat k publikaci až po uzávěrce výroční zprávy za rok 2022.

In this paper, we focus on use of the relativistic Sturmian basis set. We propose a numerically stable algorithm for the evaluation of one- and two-electron matrix elements. Thus we defeat the major impediment of a wider use of this basis set in precise atomic structure calculations. The use of the proposed method and its significance is illustrated on a series of calculations. For instance, we evaluate the so-called parity non-conserving amplitude for cesium; this is a second-order property and thus greatly depends on the accuracy of the used wave functions.

This study investigates temporal development of phonetic drift (i.e., when L1 pronunciation is affected by acquiring an L2 language) in the L1 speech of four Czech university students (two female and two male) who went to study in Toulouse as part of the Erasmus programme. Having started studying L2 French at the age of twelve to sixteen, they are considered the so-called Czech-French late bilinguals. The subjects were recorded reading out a Czech text and producing semi-spontaneous speech in three sessions – immediately after their arrival, and then at the end of the first and the third month of their stay in France. Based on acoustic analyses, we statistically evaluated the formant frequencies of vowels, the spectral moments of the fricatives /ɦ/ and /x/, and the production frequency of schwa in the word-final position, which is a distinctive pronunciation feature for Toulouse French. Even though speech and its development are highly individual, we were able to witness certain pronunciation shifts regarding all the examined phones. However, the majority of statistically significant shifts were linked to the formant values of vowels.

Publikovaný článek jež byl podpořen GAUK 820120 a jehož prvním autorem je hlavní řešitel projektu.

Publikace potvrzující tvorbu infekčních stádií savčích trypanosom T.theileri v komárech rodu Aedes. Pomocí pitev komárů odchycených v terénu a infekčních experimentů s izoláty T.theileri byla potvrzena přítomnost infekčních stádií ve střevě Aedes komárů, včetně moči při prediurezi. Přenos na hostitele probíhá pravděpodobně pozřením infikovaného komára či při prediurezi. Dále publikace zahrnuje fylogenetickou analýzu získaných sekvencí T. theileri trypanosom.

Článek publikovaný 26. 4. 2022 v open-access periodiku Frontiers of Environmental Science. Hlavní řešitelka za supervize svého školitele provedla většinu práce v terénu, zpracování dat a za přispění spoluautorů také statistické analýzy, interpretaci výsledků a sepsala vlastní rukopis.

Článek je v současné době Early View a bude zařazen do speciálního vydání věnovaného využití dat z dálkového snímaní země v ekologii živočichů.

https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1365-2656.13848

Výstup projektu - článek v recenzovaném periodiku Historical Studies on Central Europe.
Odkaz na dotyčné číslo na webových stránkách časopisu: https://ojs.elte.hu/hsce/issue/view/324

Publikace Palatal surface development from 6 years of age to early adulthood: data modelling using 3D geometric morphometrics (přijato k publikaci v Clinical Oral Investigations). doi: 10.1007/s00784-023-04857-y. Online ahead of print.

Přehledový článek zabývající se hemovými senzorovými proteiny AfGcHK a YddV publikovaný v časopise Biological Chemistry (doi: 10.1515/hsz-2022-0185).

Původní publikace zabývající se kinetickou studií HRI v přítomnosti různých nukleotid trifosfátů a inhibicí kinasové aktivity HRI hemem za těchto podmínek. Uveřejněno v časopise Catalysts (doi: 10.3390/catal13020281).

Původní publikace zabývající se charakterizací interakce proteinu p53 s hemem a modulacemi vlastností p53 prostřednictvím molekuly hemu. Uveřejněno v časopise Journal of Inorganic Biochemistry (doi: 10.1016/j.jinorgbio.2023.112180).

Hlavní řešitel GAUKu JN zde měřil pravděpodobnost otevření kanálu a vodivost kanálu pro divoký typ a mutovaný typ receptoru.

Poznánka: Časopis nemá ISSN. Je zde uvedené EISSN.

Throughout the 2nd year of my GAUK project, I also partially worked on the development of methodology useful both for the laboratory and this project.
The chips for fluorescent microscopy described in the article enable resolving single molecules and simultaneous usage of lower volumes for the assays compared to the current setup of in-vitro experiments. Due to their consistent shape and size, partial automation at the microscope is available with these chips.

For acknowledgment, GAUK no. 276321 (found in the GAUK webb apps) was used.

https://doi.org/10.1111/tbed.14660

https://doi.org/10.1186/s13071-022-05417-1

This article aims to explore the connection between freedom and language in T.W. Adorno's Notes to Literature, presenting freedom as a liberation of our way of thinking that has the potential to arrive at an unrestrained interpretation of art and representation of the intellectual experience. I also attempt to show some of Adorno's insights into language and freedom in The Essay as a Form and their role in his essays about Valéry and Proust. Namely I focus on the problematics of the suspension of the subject of the artist within the production of the work of art. Through showing the connection between Adorno's insights into problematics of language, freedom and suspension of subject I hope to contribute to the explication of one of the constructive steps of Adorno's philosophy.

Recenzenti z Applied Geography (Q1 v Geografii) požadovali 'major revisions,' které byly v průběhu roku 2023 úspěšně zvládnuty a článek byl publikován.

V této studii jsme zkoumali reakci růstu kmenové (letokruhy) a listové biomasy (NDVI) na klima a jejich vzájemný vztah pro borovici lesní a smrk ztepilý v topograficky složitých krajinách. Naše výsledky ukazují, že reakce letokruhů stromů na klima se výrazně liší od reakcí zjištěných u NDVI, přičemž silnější klimatický signál byl pozorován u letokruhů stromů. Topografie měla odlišný a druhově specifický efekt: u borovice lesní byly růstové trendy a klimatické reakce letokruhů silně topograficky ovlivněny, zatímco NDVI bylo relativně necitlivé na topografickou variabilitu. Naopak pro smrk ztepilý vzorkovaný blízko svého klimatického optima byl vztah mezi biomasou kmene a listů slabý a jejich korelace s klimatem byly často opačné, bez významného vlivu topografie. Rozdílné klimatické signály z NDVI a letokruhů stromů naznačují, že reakce růstu koruny a kmene na změnu klimatu může být oddělená. Naše výsledky navíc naznačují rozdílné ukládání biomasy u stromů ve stresových podmínkách, které by mohly dlouhodobě měnit alometrické vztahy mezi jednotlivými částmi biomasy stromů.

This journal article was published in the ACM TOG journal (impact factor 7.403), and it was also presented at the ACM SIGGRAPH Asia 2022 conference in South Korea in December 2022.
DOI: https://dl.acm.org/doi/10.1145/3550454.3555499

Studie přináší data ukazující upregulaci proteinů souvisejících s hypoxií ve fibrotické tkáni kontrahované mediální strany pes equinovarus. Součástí jsou výsledky imunohistochemických analýz porovnání clubfoot tkání z M- a L-side: vizualizace a kvantifikace výskytu lysyl oxidázy a jejího homologu, fibronektinu, tenascinu-C, hladkosvalového aktinu a transformujícího růstového faktoru beta v tkáních (imunohistochemické barvení, obrazová analýza), které byly získány v rámci projektu GA UK.
Tyto výsledky tvoří podklad pro další zkoumání rozdílů v produkci a kvalitě mezibuněčné hmoty, produkované buňkami izolovanými z obou typů tkání. Článek byl přijat k publikaci 15. 3. 2022. Článek nese dedikaci GA UK, afiliaci 2. LF UK. Hlavní řešitelka projektu je zde spoluautorem a korespondenčním autorem.

Kala P, Gawrys O, Miklovič M, Vaňourková Z, Škaroupková P, Jíchová Š, Sadowski J, Kompanowska-Jezierska E, Walkowska A, Veselka J, Táborský M, Maxová H, Vaněčková I, Červenka L. Endothelin type A receptor blockade attenuates aorto-caval fistula-induced heart failure in rats with angiotensin II-dependent hypertension. J Hypertens. 2022 Oct 5. doi: 10.1097/HJH.0000000000003307. Epub ahead of print. PMID: 36204993.

Avizovaná publikace v závěrečné zprávě z roku 2022.

V doplněné závěrečné zprávě přikládám hlavní výstup z grantového projektu, tedy anglickojazyčnou studii, kterou jsem nemohla doložit k závěrečné zprávě před rokem, neboť se právě nacházela v recenzním řízení.

A review article written for the special issue The Quantum & The Gravity

A review article written for Special Issue on GeomGrav2021: Geometric Foundations of Gravity

Doi: https://doi.org/10.54937/ssf.2022.21.4.35-40

Příloha 1. - Souhrnná práce na systému telurátových skel TeO2-ZnO-BaO.

DOI: https://doi.org/10.1029/2022JE007221

Publikácia s dedikáciou k projektu GAUK

Článek se primárně věnuje překladatelským metodám obou překladatelů Cento Probae ve vztahu k překladatelskému kontextu renesanční Francie a jejich motivacím pro překlad právě této básně. Zvláštní pozornost je věnována způsobům převodu antických reálií a dalších odkazů na antický (pohanský) původ originálního textu. Článek se tak dotýká jednoho z témat, které bude dále rozpracováno v úvodních studiích doprovázejících edici obou textů, která je plánovaným výstupem celého projektu.

První část výstupů z výzkumu zaměřená na obce s rozšířenou působností.

Druhá část výstupů z výzkumu zaměřená na obce bez rozšířené působnosti.

Serotonin, norepinephrine and dopamine are primary monoamines which play a crucial role in the placenta-fetal brain axis. Placenta is well equipped with transport mechanisms, similar to those in the brain, which actively take up these monoamines into trophoblast cells. Although it is already known that these transporters play an important role in the differentiated syncytiotrophoblast layer, their function in the undifferentiated, progenitor cytotrophoblast cells are not very well understood. Therefore, in this publication, we have observed the cellular handling and regulation of monoamine transporters during cytotrophoblast differentiation.

This study was supported by the Grant Agency of Charles University (GAUK 358821/C/2021).

První článek věnující se 1. Použití techniky FPOP pro studium protein-DNA komplexů a rozhrání protein-DNA.
2. Zavedení přístupu Top-down pro studium oxidovaných proteinů.

This is a review article that has been proposed as one of the main outputs of this projects in the project application.

Na projektu jsem se podílel díky své účasti na expedici do Francouzské Guyany v roce 2020 a 2022. Dále jsem zde vypomohl svým zaměřením na analýzu termitích terpenů a proto dostal dedikaci tohoto projektu.

DOI:10.1016/j.msea.2022.143481

MT review
In this review article we summarize current knowledge on the role of microtubules in cancer invasion plasticity. We utilized the extensive literature search we have conducted during fulfillment of the project.

The article was co-dedicated to GAUK.

Článek pojednává o pooperační změně v sebeposouzení instrumentálních aktivit denního života (IADL, tj. aktivit denního se silnou kognitivní složkou) u pacientů s Parkinsonovou nemocí (PN) léčených hlubokou mozkovou stimulací (DBS) subthalamického jádra (STN). Prvním autorem studie je vedoucí řešitele projektu (Ondřej Bezdíček), druhým autorem s rovným podílem ("equal contribution") je řešitel projektu (Josef Mana).

The paper is published as Working paper by UNU-WIDER, after their review. I have presented the paper in 4 different conferences.
The paper (attached) can also be found at doi:10.35188/UNU-WIDER/2022/164-8

Published online

Published online

In this article i contributed to study with support in animal experiments as well as in vitro work. Work done in the article was done with support of my GAUK funding, acknowledged in the funding section.

In this review article i summarized knowledge obtained during my PhD studies in the field of cancer metabolism. I contributed with preparation and revision of the manuscript. In the article my GAUK funding is acknowledged in the Funding section.

I was second author in the article where i contributed with expertise in in vitro bioenergetics assays. I contributed with conception analysis and performing experiments as well as with financial funding from GAUK acknowledged in the funding section.

Abstract: Currently, non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) progressing into chronic non-alcoholic steatohepatitis (NASH), liver cirrhosis, and eventually hepatocellular cancer has emerged as an epidemiological concern due to lack of proven treatment. Our review briefly comprises of the mechanism of pathogenesis and inflammation corresponding to the disease, and all the offered insights of mechanistic pathways that could be targeted in the progression of NASH. The review principally focuses on mTOR (mammalian target of rapamycin) as a promising target highlighting its immense role in lipogenesis and alleviating inflammation and fibrosis. A detailed description of signaling pathways of mTORC1 and mTORC2 that are inhibited by rapamycin and other mTOR inhibitor analogues is accentuated. The exploration of mTOR inhibitors clearly explains the exigent molecular aspects of mTOR in regulating adipocyte and lipogenic marker genes (e.g. those encoding PPARγ, SREBP1c). The literature on available mTOR inhibitors and their classification so far could be extremely useful in highlighting mTOR as a favorable drug target in the indication of NASH in the near future.
Keywords: NAFLD; NASH; mTOR; Lipogenesis; mTOR inhibitors

Aim. Currently available medicines have little to offer in terms of supporting the regeneration of injured hepatic cells. Previous experimental studies have shown that resveratrol and metformin, less specific activators of AMP-activated protein kinase (AMPK) and sirtuin 1 (SIRT1), can effectively attenuate acute liver injury. The aim of this experimental study was to elucidate whether modulation of AMPK and SIRT1 activity can modify drug/paracetamol (APAP)-induced hepatocyte damage in vitro.

Methods. Primary rat hepatocytes were pretreated with mutual combinations of specific synthetic activators and inhibitors of SIRT1 and AMPK and followed by a toxic dose of APAP. At the end of cultivation, medium samples were
collected for biochemical analysis of alanine-aminotransferase and nitrite levels. Hepatocyte viability, thiobarbituric reactive substances, SIRT1 and AMPK activity and protein expression were also assessed.

Results. The harmful effect of APAP was associated with decreased AMPK and SIRT1 activity and protein expression alongside enhanced oxidative stress in hepatocytes. The addition of AMPK activator (AICAR) or SIRT1 activator (CAY10591) significantly attenuated the deleterious effects of AMPK inhibitor (Compound C) on the hepatotoxicity of APAP. Furthermore, CAY10591 but not AICAR markedly decreased the deleterious effect of APAP in combination with SIRT1 inhibitor (EX-527).

Conclusion. Our findings demonstrate that decreased AMPK activity is associated with the hepatotoxic effect of APAP which can be significantly attenuated by the administration of a SIRT1 activator. These findings suggest that differentiated modulation of AMPK and SIRT1 activity could therefore provide an interesting and novel therapeutic opportunity in the future to combat hepatocyte injury.

Statins are widely accepted hypolipidemics that work by inhibiting hydroxymethylglutaryl coenzyme A reductase and thereby inhibiting
cholesterol synthesis. They significantly reduce cardiovascular risk. Their use could be associated with side effects, which are serious only in rare cases. However, an unhealthy lifestyle, obesity, and elevation of blood lipids do not only damage the cardiovascular system. The current topic not only in hepatology is non-alcoholic fatty liver disease – NAFLD. The aim of this article is, among others, to draw attention to the pleiotropic effects of statins, which could be used in the treatment of this disease in the future. Recent studies have suggested that the administration of statins to patients with NAFLD is beneficial.

Talazoparib (Talzenna) is a novel medication approved for the therapy of breast cancer. In addition, it has been investigated as a potential treatment for non-small cell lung cancer (NSCLC). In this study, we explored the possible inhibitory interactions of talazoparib with ABC drug efflux transporters and described its role in multi-drug resistance (MDR). In vitro accumulation studies showed that talazoparib inhibits ABCG2 and ABCC1 efflux transporters, which was confirmed by molecular docking. In in vitro drug combination experiments, talazoparib synergistically reversed mitoxantrone and daunorubicin resistance in cells with ABCG2 and ABCC1 expression, respectively. In ex vivo studies, primary cultures have been established from NSCLC biopsies excised by the pathologist after lobectomy. In the western blotting studies, differential expressions ABCG2 and ABCC1 have been detected. Subsequently, in accumulation and drug combination assays, we found an association between ABCG2/ABCC1 levels and outcomes of these experiments. In addition, talazoparib had no significant effects on the mRNA-level expressions of MDR-related ABC transporters in the MCF-7 cellular model. In summary, our study presents a comprehensive overview on the pharmacokinetic drug–drug interactions (DDI) profile of talazoparib. Moreover, we introduced talazoparib as an efficient MDR antagonist.

Sonidegib (LDE-225) is a Hedgehog pathway inhibitor used for the therapy of basal cell carcinoma. Moreover, the drug is intended for the use in the treatment of non-small cell lung cancer (NSCLC). In this study, we explored its pharmacokinetic interactions and described its chemosensitizing effects. First, we found that transport functions of ABCB1 and ABCG2 were effectively inhibited by sonidegib in accumulation studies. In drug combination assays, sonidegib synergistically enhanced the cytotoxicity of daunorubicin and mitoxantrone in ABCB1- and ABCG2-overexpressing cells, respectively. Notably, similar phenomena were also observed in explant tumor cultures derived from NSCLC-suffering patients. In addition, the anticancer effects of sonidegib were not hampered by the expression of the ABC transporters associated with MDR. Last, sonidegib had no significant influence on the activity of CYP3A4 isoform in vitro. In summary, our work suggests that sonidegib can be considered a potential perpetrator of clinical DDIs on ABCB1 and ABCG2. After in vivo evaluation, its chemosensitizing properties might be projected into efficient and safe treatment regimen for the clinical management of NSCLC patients with high ABCB1/ABCG2 expression.

In the year 2022, an article titled "Renewable sorbent dispersive solid phase extraction automated by Lab-In-Syringe using magnetite-functionalized hydrophilic-lipophilic balanced sorbent coupled online to HPLC for determination of surface water contaminants" was published in the Analytica Chimica Acta journal.

In 2023, the work titled "Solvent-assisted dispersive micro-solid phase extraction of bisphenols using iron (III) thenoyltrifluoroacetonate complex (Fe(TTA)3) as a new nanostructured sorbent: A proof of concept" was published in the journal of Analytical Methods.

This is my honor to share and publish my first author work to the society in the journal of Polymer Chemistry, RSC.
I have learnt and improved a lot in writing skills, sorting of data into a proper visual table and figures, using scientific software (OriginLab, EndNote, AffinityPhoto, ChemDraw and so on...).

Completion of the 2nd aim resulted in the presented publication. Here we found that novel lncRNA is expressed in several splicing forms one of which is oocyte-specific. Oocyte-specific form of Rose lncRNA is important for oocyte cytokinesis and during embryo cleavage after ZGA in a 2-cell embryo. Therefore, we have shown that previously unannotated lncRNAs expressed in the mammalian oocyte might play important roles in its and future embryo development.

During 2022 we prepared and published a review dedicated to the role of polo-like kinase 1 (PLK1) in mitosis and meiosis with the focus on mammalian oocyte.
Kalous J & Aleshkina D. Multiple Roles of PLK1 in Mitosis and Meiosis. Cells, 2022. IF 4.3. The paper was published with dedication to the project.

The successful completion of the first aim resulted in a publication in the RNA Biology journal. Here we unraveled the action of ncRNA BC1 in the mammalian oocyte and its effect on the rate and molecular mechanisms of regulation of the translation.

This study shows that the monolithic collapse of non-rotating post-Big-Bang gas cloud forms galaxies with short star formation timescales (SFTs) as observed for the ETGs. This is a natural result if the gravity used is MOND. I was the first author of this work. The list of all the authors: Robin Eappen, Pavel Kroupa, Nils Wittenburg, Moritz Haslbauer, Benoit Famaey

Ad 2021 (na žádost zpravodaje)
K řešení problematiky prezentované v publikaci “Fluorinated Ferrocene Moieties as a Platform for Redox-Responsive Polymer 19F MRI Theranostics” přispíval Ondřej Groborz již v rámci řešení ukončeného projektu GAUK č. 766119. Hlavní řešitel tohoto projektu (David Dunlop) byl přizván ke zpracování kvantově-chemické studie ferrocenových fragmentů, která přesahovala rozsah a záměr projektu GAUK č. 766119, avšak přispěla k interpretaci elektrochemické studie a porozumění paramagneticky indukovaného chemického posunu („redoxní MRI kontrast“), který byl původně chybně interpretován coby důsledek změny vazebných poměrů ferrocenových fragmentů po jejich oxidaci.

DOI: https://doi.org/10.1029/2022TC007626

V článku Novel thiazolidinedione analog reduces a negative impact on bone and mesenchymal stem cell properties in obese mice compared to classical thiazolidinediones autori pojednávajú o efekte thiazolidinediónov (TZD, antidiabetických liečiv) a ich nového analógu MSDC-0602K na kosti a primárne kmeňové bunky kostnej drene (mBM-MSC)u obéznych myší. Z experimentov ny myšiach vyplýva, že MSDC-0602K nepreukázalo tak závažné negatívne účinky na kostný fenotyp ako tomu je u klasických TZD. Myšie experimenty boli navyše rozšírene o štúdiu na ľudských hBM-MSC bunkách a kmeňových bunkách periférneho tukového tkaniva (3T3-L1), kde bol preukázaný odlišný vplyv liečiv, v zmysle preferenčného využívania metabolitov a mitochondriálny metabolizmu, čo naznačuje odlišný mechanizmus účinku týchto liečiv v periférnom tuku a v kostnej dreni. Tieto expreimenty boli spolufinancované a spadajú pod cieľe riešenia tohto grantu.

Tento odborně-popularizační článek vkládám přesto, že nebylo vhodné, respektive možné uvést u něj dedikaci a afiliaci. I přesto jsem však chtěla výsledky bádání a osobnost filmaře Ladislava Rychmana přiblížit dalšímu okruhu čtenářů, neboť popularizaci mimo akademickou sféru považuji za důležitou a potřebnou. Těšilo mě, že je o tento typ textu v Cinepuru zájem a napsala jsem ho i bez nároku na uznání coby výstup z projektu.

This paper investigates systemic risk and contagion processes in an interbank network using network science methods. The interbank network is studied to understand the contagion process within a network considering differences in the network structure and the characteristics of components. Simulations support the claim that heterogeneous networks are more resilient to contagious shocks, while these shocks are more problematic in homogeneous networks. This paper also shows that more interconnections among banks could accelerate or block the contagion process, depending on the structure of the network and the seniority of debts in the interbank network.

https://doi.org/10.1016/j.envpol.2022.120477
počet stránek: 8

This article pertains to progress on Project II (as outlined in the original proposal) regarding recursion relations for the planar integrand of the NLSM at 1-loop order.
We show that a unique 1-loop integrand exists satisfying all constraints from generalised unitarity and the Adler Zero, and provide a recursive (BCFW-like) procedure to compute the integrand for any number of external particles. The generalisation of recursion relations beyond tree-level presented here for the NLSM 1-loop integrand is the first of its kind outside the realm of supersymmetric theories like N=4 super Yang-Mills.

The article emphasizes the importance of reverse-phased liquid chromatography (RPLC) in typically used LC-MS proteomic analyses, where the chromatographic part frequently remains in the shadow of MS detection. Spread over 47 pages and 28 figures is a wealth of practical information on key aspects and the fundamentals of peptide separation using RPLC for bottom-up proteomic applications. Recommendations in the tutorial are based on the recent experimental proteomic data and evidence-based and experimentally proved parameters of RPLC aiming at the highest possible proteomic performance of the whole LC-MS method.

The authors' ambition was to highlight the importance of RPLC in LC-MS-based proteomics and to stimulate the interest of practitioners focused on proteomics in the fundamentals of chromatography to boost the performance of their RPLC methods and help them troubleshoot issues often encountered during the bottom-up analysis.

Some experimental results obtained during the project were published in this tutorial paper with support from the GA UK acknowledged.

Low cycling stability is one of the most crucial issues in rechargeable batteries. Herein, we study the effects of a simple ultrasound treatment of graphite for the reversible (de)intercalation of a ClO4- anion from a 2.4 M Al(ClO4)3 aqueous solution. We demonstrate that the ultrasound-treated
graphite offers the improved reversibility of the ClO4- anion (de)intercalation compared with the untreated samples. The ex situ and in situ Raman spectroelectrochemistry and X-ray diffraction analysis of the ultrasound-treated materials shows no change in the interlayer spacing, a mild increase
in the stacking order, and a large increase in the amount of defects in the lattice accompanied by
a decrease in the lateral crystallite size. The smaller flakes of the ultrasonicated natural graphite
facilitate the improved reversibility of the ClO4
���� anion electrochemical (de)intercalation and a more
stable electrochemical performance with a cycle life of over 300 cycles

Knowledge of physical and mechanical properties of geomaterials is fundamental to
characterise their response to external forcings (mechanical, climatic) at various scales. This is true,
for instance, in slope stability assessments, civil engineering works, and agriculture. The direct
evaluation of these properties in situ can be difficult, especially in inaccessible or vast areas, and so
can be the sampling and subsequent testing in the laboratory—where ensuring the
representativeness of the acquired data at the scale of analysis poses an additional challenge. Thus,
empirical correlations with more readily determinable quantities remain a powerful and practical
tool. Recently, several sensors, able to inform on various geomaterial properties, have been
developed. However, applications have typically targeted rocks, while studies on uncemented
geomaterials (soils, geotechnically speaking) are lacking. Here, we propose a simple method to
evaluate the porosity and critical state friction angle of soils via infrared thermography, consisting
of periodic acquisitions of images in infrared wavelengths. To demonstrate the method’s capability,
we analysed the cooling behaviour of samples of bentonite, kaolin, and sand (for which an extensive
characterisation exists in the literature), after compaction to different porosities and pre-heating in
an oven. We interpreted the results by seeking the optimal time interval for which a cooling rate
index (CRI) could be defined, which is best linked with the target property. We found that the CRI
correlates very well with the critical state friction angle (R2 > 0.85) and that different materials show
unique and strong (R2 = 0.86–0.99) relationships between their porosity and the CRI, which also
varies in a material-specific fashion according to the explored time interval.

To understand the factors that make certain areas especially prone to landslides, statistical
approaches are typically used. The interpretation of statistical results in areas characterised by complex
geological and geomorphological patterns can be challenging, and this makes the understanding
of the causes of landslides more difficult. In some cases, landslide inventories report information on
the state of activity of landslides, adding a temporal dimension that can be beneficial in the analysis.
Here, we used an inventory covering a portion of Northwestern Turkey to demonstrate that active
and relict landslides (that is, landslides that occurred in the past and are now stabilised) could be
related to different triggers. To do so, we built two landslide susceptibility models and observed that
the spatial patterns of susceptibility were completely distinct. We found that these patterns were
correlated with specific controlling factors, suggesting that active landslides are regulated by current
rainfalls while relict landslides may represent a signature of past earthquakes on the landscape. The
importance of this result resides in that we obtained it with a purely data-driven approach, and this
was possible because the active/relict landslide classification in the inventory was accurate.

Landslide susceptibility corresponds to the probability of landslide occurrence across a given geographic space.
This probability is usually estimated by using a binary classifier which is informed of landslide presence/absence
data and associated landscape characteristics. Here, we consider the Italian national landslide inventory to
prepare slope-unit based landslide susceptibility maps. These maps are prepared for the eight types of mass
movements existing in the inventory, (Complex, Deep Seated Gravitational Slope Deformation, Diffused Fall,
Fall, Rapid Flow, Shallow, Slow Flow, Translational) and we build one susceptibility map for each type. The
analysis – carried out by using a Bayesian version of a Generalized Additive Model with a multiple intercept for
each Italian region – revealed that the inventory may have been compiled with different levels of detail. This
would be consistent with the dataset being assembled from twenty sub–inventories, each prepared by different
administrations of the Italian regions. As a result, this spatial heterogeneity may lead to biased national–scale
susceptibility maps. On the basis of these considerations, we further analyzed the national database to confirm or
reject the varying quality hypothesis on the basis of the model equipped with multiple regional intercepts. For
each landslide type, we then tried to build unbiased susceptibility models by removing regions with a poor
landslide inventory from the calibration stage, and used them only as a prediction target of a simulation routine.
We analyzed the resulting eight maps finding out a congruent dominant pattern in the Alpine and Apennine
sectors.

Jsme si vědomi toho, že jde o souhrnný článek, který neprezentuje primární data získaná při řešení projektu GAUK. Jde nicméně o tematické review (s dedikací GAUK), které vychází z literární rešerše, již jsme pro pro projekt dělali, a zároveň demonstruje aktuálnost řešeného tématu.

The published journal article that was an extension of our previous work "Moment-based Constrained Spectral Uplifting" [Todova et al. 2021] presented at EGSR 2021.

Nonlinear optical response of materials exposed to strong nonresonant light fields leads to production of high energy photons whose spectra contain fingerprints of the coherent electron dynamics in the material. In this paper we investigate how the high harmonic spectra generated in crystalline silicon are linked to specific properties of its band structure. By comparing the polarization anisotropy of high harmonic spectra for two distinct frequencies of the driving pulses we show that the anisotropy has two sources. When driven by midinfrared light, the signal at specific photon energies is enhanced by the presence of Van Hove singularities in the joint density of states of silicon. With near-infrared driving pulses, in contrast, the high harmonic yield is mainly influenced by the anisotropy of the reduced mass of electron-hole pair, which is related to the nonresonant excitation probability. The experimental results are compared with numerical calculations using time-dependent density functional theory

PI, Monika Kłodawska, co-authored a recent manuscript titled 'Developmental changes of opsin gene expression in ray-finned fishes'. The paper explores how fish change their habitat and trophic preferences during development, and how this affects their sensory systems, including vision. Although loosely related to the grant's main topic, this publication showcases advancing our knowledge of visual systems in fishes.

Abstract publication of selected highlight-poster from ECCN 2021 conference (EMEAC Digital Day, see 'Other results' below). doi: 10.1016/j.clinph.2021.11.019 Not a full journal article.

Encorafenib (LGX818, trade name Braftovi), a novel BRAF inhibitor, has been approved for the treatment of melanoma and colorectal cancer. Next to its primary indication, the drug is a promising candidate for NSCLC therapy. In the paper, we evaluated encorafenib’s possible antagonistic effect on pharmacokinetic mechanisms of multidrug resistance (MDR) as well as its perpetrator role in drug interactions. Firstly, encorafenib potently inhibited the efflux function of ABCC1 transporter in drug accumulation assays, while moderate and null interaction levels were recorded for ABCB1 and ABCG2, respectively. In contrast, the mRNA expression levels of all the tested transporters were not altered by encorafenib. In the drug combination studies, we found that daunorubicin and topotecan resistances were synergistically attenuated by the encorafenib-mediated interaction in A431-ABCC1 cells. Noteworthy, further experiments in ex vivo patients-derived explants confirmed the MDR-modulating ability of encorafenib. Advantageously, overexpression of tested drug efflux transporters failed to hinder the antiproliferative activity of encorafenib. In addition, no significant modulation of CYP3A4 enzyme’s activity by encorafenib was observed. In conclusion, our work indicated that encorafenib can act as an effective chemosensitizer targeting the ABCC1-induced MDR. Our in vitro and ex vivo data might provide a valuable information for designing the novel effective scheme applicable in the clinical pharmacotherapy of BRAF-mutated/ABCC1-expressing tumors. This GAUK project covered the ex vivo part of the paper.

Autorem je řešitel projektu v letech 2020 a 2021 (MUDr. Richard Pálek, Ph.D.), spoluautorkou současná řešitelka projektu (Lucie Kepková).

Práce úzce související s tématem projektu. Spoluautorem je postgraduální studentka - členka týmu (MVDr. Lenka Červenková) a řešitel projektu v letech 2020 a 2021 (MUDr. Richard Pálek, Ph.D.)

ID záznamu v OBD: 619551

ID záznamu v OBD 625938

Článek je publikován.

Místo počáteční a poslední stránky je uvedeno číslo článku

Místo počáteční a poslední stránky je uvedeno číslo článku

https://doi.org/10.1016/j.est.2022.104467

https://doi.org/10.1016/j.est.2022.105066

https://doi.org/10.1016/j.jclepro.2022.134138

https://doi.org/10.1016/j.renene.2022.09.001

https://doi.org/10.1016/j.seta.2021.101660

https://doi.org/10.1016/j.renene.2022.06.121

https://doi.org/10.1080/08982112.2022.2069505

Článek shrnuje studium numerických metod pro řešení problémů s fázovou změnou. Obsahuje formulaci a řešení semi-analytické benchmarkové úlohy, která slouží ke kvantitativní analýze a srovnání několika metod a jejich různých implementací. Metody byly testovány na konduktivní úloze, závěry jsou však přenositelné i do problémů s v geofyzice mnohem rozšířenějším konvektivním režimem přenosu tepla.

Článek byl přijat k publikaci 29.10.2022.

https://bmcpsychiatry.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12888-022-04349-5

This article presents our results in the preparation of 3D printed electrodes useful for a broad spectrum of chemical analysis. It shows that they may be used for the determination of conductivity and permittivity of liquids. The knowledge is helpful in further analysis of various electrolytes and real matrices.

Siahaan, V., Tan, R., Humhalova, T. et al. Microtubule lattice spacing governs cohesive envelope formation of tau family proteins. Nat Chem Biol 18, 1224–1235 (2022). https://doi.org/10.1038/s41589-022-01096-2

Článek pojednává o vlivu telemedicínského systému Diani na kompenzaci onemocnění diabetes mellitus , zahrnuje hodnocení pacientů, telemedicínského systéu a glykovaného hemoglobinu jakožto základního ukazatele stavu kompenazce diabetu. doi: 10.2196/35064

https://doi.org/10.3390/ijms23158615

DOI: 10.1080/17511321.2022.2045345

Do knihy se ještě bude sázet věcný a jmenný rejstřík. Bez něj je počet stran 316, číslo 320 je pouze odhadem.

Kniha je teprve v sazbě, proto není možné určit přesný počet stran (celkem asi přes 400 normostran).

Je přiloženo potvrzení o přijetí knihy do tisku a nakladatelské smlouvy.

Kniha přijata do tisku - v okamžiku vyhotovení závěrečné zprávy jsou do textu zapracovány lektorské posudky a prvotní korektura vydavatele, nyní probíhá jazyková korektura textu. Přiložen rukopis a potvrzení o přijetí do tisku. Počet uvedený počet stran odpovídá počtu normostran (text obsahuje přes 641 tisíc znaků).

Rukopis knihy, který je připraven pro tisk.Hlavní výstup bude publikován ve formátu e-knihy na webu publi.cz v rámci UK. Přesný link bude ke sdělení až po nahrání publikace.

Tisk obsahuje 26 ilustrací z Českých a Rakouských institucí. Práva se vztahují na použití obrázků v elektronické a tištěné podobě.

Pozn.: Kniha má jediného autora, kterým je hlavní řešitel. Tato informace bude součástí tiráže v sazbě.

Publikace poskytuje vhled do italského lyžařského práva s důrazem na bezpečnost lyžařských areálů a provozování zimních sportů na sněhu, zejména v jejich rekreační formě. Monografie přehledně mapuje vývoj právní úpravy bezpečnosti zimních sportů s důrazem na lyžařský sport od 60. let minulého století až po současnost. Součástí je i popis vzniku Pravidel FIS, jakožto celosvětově uznávaného kodexu chování lyžaře, jenž byl vytvořen právě v Itálii. Mimořádná pozornost je věnována aktuální právní úpravě po její rozsáhlé novelizaci (D. Lgs. 40/2021), účinné od 1. 1. 2022, která přináší významné změny, proto je podrobně analyzována a komentována. V další části se autor věnuje rozhodovací praxi italských soudů, přičemž uvádí nejvýznamnější judikaturu, týkající se především odpovědnosti za škodu vzniklou při provozování zimních sportů. Studie rovněž uvádí současné doktrinální náhledy a možnosti harmonizace lyžařského práva v zemích EU. Publikaci uzavírá téma lyžařské odpovědnosti, systematicky členěné na odpovědnost lyžaře (veřejnost), odpovědnost provozovatele lyžařského areálu, odpovědnost pořadatele lyžařských závodů a tréninků a odpovědnost profesní (instruktor lyžování, lyžařská škola). Kniha je určena jak zástupcům justičních profesí, od advokátů přes soudce až po soudní znalce, tak i provozovatelům lyžařských areálů a příslušných infrastruktur, lyžařským školám a oddílům, jakož i široké lyžařské veřejnosti, sportovním a profesním institucím a zástupcům horských povolání. Kniha si jistě zaslouží pozornost také našich zákonodárců, kteří by se měli bezpečností horského prostředí a nastavení nezbytných pravidel zabývat, a to v souladu s veřejným zájmem a celospolečenskou potřebou.

http://hdl.handle.net/20.500.11956/178954

https://editorialverbum.es/producto/teoria-de-la-traduccion-del-estructuralismo-checo/

Řešitelský tým v současné době nedokáže z výše uvedených důvodů předložit ucelený výstup. Žádáme o prodloužení projektu o jeden nefinancovaný rok.

Kniha je momentálně v tisku, měla by vyjít ještě v 1. pol. 2023. Součástí knihy není seznam autorů a dedikací. V příloze se proto nachází titulní strana knihy, obsah a vlastní článek, jehož součástí je i dedikace.

Obsah uvedené kapitoly zahrnuje výsledky výzkumu, který byl kofinancován projektem GA UK.

Kapitola popisující tradiční metody monitoringu skalního svahu. Přijato do tisku, předpokládaná publikace březen 2023.
https://www.barnesandnoble.com/w/landslides-p-thambidurai/1142728908

Kapitola popisující moderní metody monitoringu skalního svahu. Přijato do tisku, předpokládané vydání březen 2023. https://www.barnesandnoble.com/w/landslides-p-thambidurai/1142728908

Verze, se kterou nyní pracujeme.
Kapitoly, které v textu chybí, jsou rozpracovány/ přepracovávány.

The chapter titled "The clergy child sexual abuse and its cover-up in media: An explorative study of the official Vatican media and American Catholic media in 2013–2020" was published in the book "Child Sexual Abuse and the Media" to focus on this phenomenon in the context of Catholic (resp. Vatican) media.

Chapter "Spatial Analysis of Nucleotide Metabolism: From CRISPR Knockout Cancer Cells to MALDI Imaging of Tumors" from a book titled "Methods in Molecular Biology - Metabolic Reprogramming - Methods and Protocols" was prepared and revised with my contribution with focus on genetic manipulation and metabolomic analysis of cancer cells. In the chapter which is accepted and to be published i have affiliation from Faculty of Science of Charles University as well as funding aknowledgment from GAUK.

Kapitola je součástí kolektivní monografie Karel Bonaventura Buquoy a jeho doba, kterou jsem připravila společně s doc. Pavlem Markem na základě stejnojmenné konference uskutečněné v listopadu roku 2021.

The paper is accepted but the book is not published yet. Thus, some details are not known yet.

The paper is accepted but the book is not published yet. Thus, some details are not known yet.