Program je uskutečňován bez specializace.
Obor botanika zahrnuje botanické disciplíny včetně disciplín mykologických. V rámci oboru se studenti zpravidla zaměřují na (i) bezcévné rostliny včetně hub a houbových organismů (algologie, mykologie, lichenologie, bryologie) z hlediska taxonomického, fytogeografického i ekologického, (ii) na biosystematiku/experimentální taxonomii, fylogenetiku a fytogeografii cévnatých rostlin, a (iii) na ekologii rostlin, geobotaniku a krajinnou ekologii včetně paleoekologie. Při studiu se klade důraz na zvládnutí moderních metodických postupů, na schopnost analýzy a syntézy dat a na účast na vědeckém životě disciplíny včetně schopnosti presentace vlastních výsledků. Jádrem studia je práce na doktorské práci. Bližší informace o studiu jsou na www stránkách doktorského studia botaniky (
http://botany.natur.cuni.cz/cz/pgs/index.php).