Program je uskutečňován s těmito specializacemi:
Algologie a ekologie řas
Bryologie a lichenologie
Cévnaté rostliny
Geobotanika
Mykologie
Specializaci si uchazeč volí při zápisu do 1. ročníku studia.
Počty uchazečů, kteří podali přihlášku ke studiu, zúčastnili se přijímacích zkoušek a byli přijati v předchozích letech jsou uvedeny v podrobných statistikách přijímacího řízení na adrese:
https://www.natur.cuni.cz/fakulta/uredni-deska/uchazec/statistika-prijimaciho-rizeni
Studijní program Botanika zahrnuje všechny aspekty studia ekologie a evoluce cévnatých i bezcévných rostlin či hub. Předmětem zájmu jsou aspekty rostlinné ekologie a evoluce na úrovni jednotlivých organismů a jejich interakcí, na úrovni společenstev a na krajinné úrovni. Organismální část botaniky zahrnuje biosystematiku, molekulární fylogenetiku, morfologii a geometrickou morfometrii jakožto vědu o biologickém tvaru. Interakce organismů zahrnuje studium populační ekologie s využitím fenotypových i molekulárních markerů. Studium rostlinných společenstev je základním přístupem při výzkumu vegetační ekologie. Dynamika rostlinných společenstev na krajinné úrovni je studována v kontextu výzkumu historie krajiny a antropogenních vlivů v krajině.