Absolvent doktorského studijního programu Farmakologie a toxikologie je odborníkem v oblasti teoretické, experimentální i aplikované farmakologie a toxikologie a vykazuje schopnost samostatné tvůrčí práce a myšlení v dané oblasti. Výuka definovaná individuálním studijním plánem umožňuje studium od oblastí zabývajících se molekulární a buněčnou úrovní, přes úroveň účinků látek na izolovaných orgánech či na celém organismu. Jsou pokryty i oblasti veterinární farmakologie a radiofarmacie. Z uvedeného plyne, že výstupní speciální znalosti a odborné zkušenosti se u absolventů budou lišit v závislosti na jejich specializaci během doktorského studia.
Absolvent si osvojil nové poznatky a metodické přístupy ve vztahu k vědeckým zásadám vývoje nového léku, k hodnocení vlastností a užití léčiv v souladu s principy racionální a individuální terapie a medicínou založenou na důkazech. Umí kriticky vyhodnocovat nejnovější poznatky v biomedicínském oboru a reagovat na nové technologie a trendy. Je schopen nezávisle prezentovat výsledky vědecké práce na mezinárodních konferencích a v odborných časopisech. Je schopen komunikovat s odborníky v biomedicínských disciplínách.
Absolventi mohou najít uplatnění v laboratořích farmaceutického průmyslu (např. preklinický/klinický výzkum a vývoj), v nemocnicích (např. laboratoře molekulární genetiky), v oblastech veterinární a nukleární medicíny, v akademickém/univerzitním prostředí i ve výzkumných ústavech.
Obhajobou disertační práce absolvent dokládá, že je schopen samostatně vědecky myslet a pracovat. Absolventi obdrží titul Ph.D. a splňují předpoklady pro další kariérní růst v oborech, které se zabývají léčivy a jejich terapeutickými i toxickými účinky.