Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (22.01.2018)
Předmětem tohoto kurzu je Internet a služby, které jsou důležité pro chemiky a především biochemiky. Úvodem budou studenti seznámeni se základními pojmy a problematikou internetu, prohližečů a bezpečnosti webového prostředí. Dále budou předvedeny a procvičeny vyhledávače a chemické servery (např. nomenklatura sloučenin, vlastnosti sloučenin). Následující výuka bude zaměřena na databáze literárních odkazů, zejména Medline a WOS, a bude probrán způsob vyhledání potřebných literárních zdrojů v knihovnách a v on-line časopisech nabízejících plné texty. Studentům budou představeny proteinové databáze a předvedeno vyhledávání např. proteinových sekvencí, příbuzností proteinů, sekvenčních alignmentů a řada predikčních služeb. Kurz bude dále směrován na databáze 3D struktur makromolekul a 3D prohlížeče. Speciální pozornost bude věnována prohlížeči Swiss PDB Viewer a PyMol, které budou detailně procvičeny.
Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (22.01.2018)
The aim of the course is to make students familiar with Internet and its services useful for chemists and especially for biochemists. First, students are taught how to use Web-browsers and deal with Internet threat. Then, the strategy of Web-search is shown and several chemical servers introduced. The course is focused to search in reference databases, Medlines and WOS, in connection with library journal sources and online journal full-texts. In addition, proteomic databases are shown and the search for protein sequence, protein relationship, sequence alignment, and prediction services are trained. At the end, 3D macromolecule databases and 3D viewers are reviewed and exercised with a special attention to Swiss PDB Viewer and PyMol. During the practical exams, students should prove their abilities to use programs and web servers and services to solve specific tasks.
Lectures - in Czech -
Cíl předmětu -
Poslední úprava: HPTEST/NATUR.CUNI.CZ (23.11.2009)
Cílem kurzu je představit Internet jako databázi a především ukázat způsob, jak a odkud získat relevantní a věrohodné informace.
Poslední úprava: HPTEST/NATUR.CUNI.CZ (23.11.2009)
The course is aimed to help students to be well oriented in Internet databases and to show where and how to mine reliable and relevant information.
Literatura -
Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (27.09.2019)
Doporučenou literaturou jsou operační manuály jednotlivých programů a nápovědy on-line služeb. Zkouška bude praktická, při níž studenti prokáží schopnost použít osvojené skušenosti pro řešení zadaných problémů. Podklady k jednotlivým přednáškám nejsou v elektronické formě k dispozici.
Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (14.02.2024)
Software manuals and on-line help are recommended study sources for the course. Handouts for lectures are not provided.
Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (27.09.2019)
Zkouška probíhá praktickou formou na počítači, kdy student řeší zadané problémy. Ke zkoušce jsou povoleny zdroje odkazů.
Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (27.09.2019)
As their exams, students are going to solve practical tasks using computers. Their list of links is allowed to be used.
Sylabus -
Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (24.06.2019)
