Poslední úprava: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (29.04.2022)
Jako vědci chceme klást důležité otázky a hledat na ně správné odpovědi. Jistě mezi ně patří následující: Co určuje
biodiverzitu? Jak se mění v prostoru a čase? Dochází k jejímu poklesu? A pokud ano, je příčinou lidská činnost?
Abychom na tyto otázky mohli odpovědět, musíme být schopní přesně a správně biodiverzitu popsat, změřit a
analyzovat. V tomto kurzu se studenti naučí právě těmto dovednostem.
Jedná se o praktický kurz, který bude zaměřen na práci se skutečnými daty o biodiverzitě. Abychom však poskytli
motivaci k datové práci, uvedeme každé probírané téma krátkou přednáškou, kde se budeme zabývat jeho historií,
souvisejícími teoretickými aspekty a problémy spojenými s analýzou relevantních dat. V praktické části kurzu
(proběhne v blocích) budeme analyzovat skutečná data o biodiverzitě v programu R. Seznámíme se s různými
knihovnami pro analýzu daného typu dat, správnou implementací metod a interpretací výsledků.
Zájemci by za sebou měli mít úvodní kurz ekologie. Užitečné jsou základy práce s programem R, ale není to
nutností (vše potřebné se naučíme během praktik). Pro vyjasnění uvádíme, že tento kurz není ani teoretická
ekologie (analýza matematických modelů) ani ekologická statistika (hledání statistických závislostí mezi
proměnnými), ale jedná se o kvantifikaci důležitých koncepcí ekologického myšlení, která je nezbytná pro jejich
kritické zhodnocení.
Poslední úprava: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (29.04.2022)
As scientists and citizens, we want to ask and answer big questions: What drives biodiversity? How does it
change in space and time? Does it decline? If so, is it due to human activities? However, to answer these
questions, we must be able to measure and analyze biodiversity - precisely and accurately. This course is
designed to teach students to do just that.
It is a practical course in that it will be focused on teaching students how to work with real data on biodiversity.
However, to provide a proper motivation, we introduce each topic with a short lecture in terms of its history, the
theory behind it, and challenges for measurement and analysis. In the practicals (running in blocks), we will
analyze real data in the statistical software R. We will learn about different libraries for the analysis of a given type
of data, proper implementation of methods, and interpretation of results.
Students enrolling in the course should have passed an introductory course of ecology. A basic knowledge of the R
software would be useful, but it is not necessary (we will learn everything needed during practicals). To make
things clear, we note that this is neither a course in theoretical ecology (analysis of mathematical models) nor
ecological statistics (analyzing statistical relationships among variables), but that we will try and quantify important
concepts of ecological thinking, which is necessary for their critical evaluation.
Literatura -
Poslední úprava: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (29.04.2022)
Cadotte, M.W. and Davies, T.J. (2016) Phylogenies in ecology: A guide to concepts and methods. Princeton Univ. Press.
Gardener, M. (2014) Community ecology: Analytical methods using R and Excel. Pelagic Publishing.
Gotelli, N.J. and Ellison, A.M. (2018) A primer of ecological statistics, 2ed. Sinauer Associates.
Gotelli, N.J. and Graves, G.R. (1996) Null models in ecology. Smithsonian Institution Press.
Kéry, M. and Royle, J.A. (2016) Applied hierarchical modeling in ecology, vol. 1. Academic Press.
Magurran, A.E. and McGill, B.J. (2011) Biological diversity: Frontiers in measurement and assessment. Oxford Univ. Press.
Swenson, N.G. (2014) Functional and phylogenetic ecology in R. Springer.
Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (29.04.2022)
Rozbor praktické úlohy v programu R a sepsání reportu formou eseje
Poslední úprava: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (29.04.2022)
Analysis of a dataset in R software and writing up a report
Sylabus -
Poslední úprava: prof. Mgr. Vladimír Remeš, Ph.D. (12.01.2023)
Každý rok bude probráno jen několik vybraných témat z tohoto seznamu. Česká terminologie není v mnoha případech ustálená. Proto se možná raději podívejte na sylabus v anglické verzi předmětu, který je výstižnější.
Hustota a bohatství druhů Prostorová škála, plocha a druhové bohatství (SAR) Druhová rozmanitost a distribuce početnosti druhů (SAD) Zjistitelnost, početnost a rozšíření druhů Prostorové rozmístění a společný výskyt druhů Funkční a fylogenetická rozmanitost Ekologická nika: šířka, překryv a specializace Nulové modely v ekologii
Poslední úprava: prof. Mgr. Vladimír Remeš, Ph.D. (12.01.2023)
Each year only several selected topics from the following list will be covered.
Species density and richness Scaling of species richness, species-area relationships Species diversity and species-abundance distributions Detectability, abundance, and species distributions Spatial dispersion and species co-occurrence Functional and phylogenetic diversity Ecological niches: niche width, overlap, and specialization Null models in ecology
