PředmětyPředměty(verze: 945)
Předmět, akademický rok 2023/2024
   Přihlásit přes CAS
Evoluční analýza - MB162P37
Anglický název: Evolutionary analysis
Český název: Evoluční analýza
Zajišťuje: Katedra ekologie (31-162)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019
Semestr: letní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: letní s.:kombinovaná
Rozsah, examinace: letní s.:5/0, Zk [DS]
Počet míst: 15
Minimální obsazenost: neomezen
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Úroveň: specializační
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: RNDr. Antonín Macháč, Ph.D.
Vyučující: RNDr. Antonín Macháč, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: RNDr. Antonín Macháč, Ph.D. (04.12.2020)


Hlavním cílem kurzu je rozvíjet a zostřovat evoluční uvažování, prostřednictvím řešení koncepčních problémů s
využitím konkrétních metod a příkladů. Příklady a metodika se opírají o statistické přístupy (fylogenetické
komparativní metody, diverzifikační analýzy, ancestrální rekonstrukce, GIS) široce používané ke studiu klíčových
otázek evoluce a ekologie (ekologie společenstev, evoluce životních strategií biogeografie, makroevoluce).
Studenti se tak během kurzu naučí vymezit koncepční evoluční problém, navrhnout vhodnou metodu nebo
kombinaci metod k jeho řešení, a následně jej prostřednictvím navržené metodiky konkrétně vyřešit s využitím
obecně používaného softwaru, především R. Kurz sestává z pěti tematických celků, které se vzájemně doplňují: (1)
Úvod do práce s evolučními daty, (2) Evoluce life-history, (3) Evoluce společenstev, (4) Evoluce v geografickém
kontextu (5) Evoluce druhů a vyšších taxonů.
Kurz nemá žádné pre-rekvizity. Nicméně předpokládá znalosti evoluce a ekologie na bakalářské úrovni. Předběžná
znalost R zvýší přínos kurzu, ale není nutná k jeho úspěšnému absolvování. Kurz je zaměřený tak, aby poskytl co
nejužitečnější praktické základy k řešení konkrétních evolučních problémů, objevujících se příkladně v rámci
diplomových a dizertačních prací.


Literatura -
Poslední úprava: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (26.03.2019)

Bodega Bay workshop in applied phylogenetics (2018) UC Davis & UC Berkeley

http://treethinkers.org

Herron and Freeman (2014) Evolutionary analysis. University of Washington. || Nunn (2011) The comparative approach in evolutionary anthropology and biology. University of Chicago Press.

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (26.03.2019)

Kurz poběží blokově po dobu 5-ti dní. Bude uzavřen zkouškou sestávající z praktické části (zpracování dílčích příkladů probíraných během hodiny) a koncepční části (diskuze nad probranou problematikou).

Sylabus -
Poslední úprava: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (26.03.2019)

1. Úvod do práce s evolučními daty (evoluce v molekulárních, geografických a funkčních datech, přehled databází s relevantními evolučními daty, koncepce a metody k rekonstrukci fylogeneze, sestavování a editace fylogenetických stromů pro další analýzy v R, sestavovaní supertrees and consensus trees, časová kalibrace stromu v R) (MRBAYES, BEAST, FIGTREE, R) Literatura k hodině: Felsenstein 2003, Donoghue and Benton 2007.

2. Evoluce životních strategií, fenotypu a trade-offs (modelování evoluce znaku, ancestrální rekonstrukce, koevoluce znaku, rychlost morfologické a nikové evoluce, fylogeneticky signál, nikový konzervatismus, evoluce v mnohorozměrném prostoru) (APE, GEIGER) Literatura k hodině: Wiens and Donoghue 2004, Felsenstein 1985.

3. Evoluce ekologických společenstev (druhová a fylogenetická diverzita, community phylogenetics, overdisperze a klastrování na fylogenetické a fenotypové rovině společenstva, vymezení species poolů, nulové modely, odhalování kompetice na základě fylogenetické struktury společenstva) (PHYLOCOM, PICANTE) Literatura k hodině: Webb et al. 2000, Cavender-Barres et al. 2004.

4. Evoluce v geografickém kontextu (biogeografie, makroekologie) (historická biogeografie, rekonstrukce disperzní historie, modely kolonizace a geografického šíření, evoluce v ostrovní biogeografii) (BIOGEOBEARS, LAGRANGE, DIVA) Literatura k hodině: Mittelbach et al. 2007, Schluter and Pennell 2017.

5. Evoluce druhů a vyšších taxonů (vznik druhů, diverzifikace) (genetická a ekologická speciace, extinkce, studium a příčiny masového vymírání, odhady diverzifikace na základě molekulárních fylogenezí, ekologie vzniku a zániku druhů, state-dependent modely diverzifikace) (BAMM, REVBAYES, LASER) Literatura k hodině: Benton and Emerson 2007, Rabosky and Glor 2010.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK