PředmětyPředměty(verze: 964)
Předmět, akademický rok 2024/2025
   Přihlásit přes CAS
Chemická informatika - MC270P10
Anglický název: Chemical Informatics
Zajišťuje: Katedra organické chemie (31-270)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2024
Semestr: letní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:1/1, Z [HT]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: http://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=1413
Poznámka: povolen pro zápis po webu
při zápisu přednost, je-li ve stud. plánu
Garant: doc. RNDr. Jindřich Jindřich, CSc.
Vyučující: doc. RNDr. Jindřich Jindřich, CSc.
Neslučitelnost : MC200P01, MC230P22
Je neslučitelnost pro: MC270P10M, MC200P01, MC230P22
Je záměnnost pro: MC270P10M
Anotace -
Formou praktických cvičení v e-learningovém prostředí Moodle se studenti seznámí se základy datových formátů používaných (nejen) v chemii, (txt, html, jpg, gif, mol, smiles, ...), o toku informací ve vědeckém světě, s obecnými i specializovanými zdroji informací (internet, CAS, Reaxys, Web of Science, patentové databáze, ...) a o tom, jak tyto zdroje a (i chemický) software efektivně využívat při vypracování vědeckých pojednání (bakalářských prací).
Poslední úprava: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (08.05.2012)
Literatura -

Veškeré studijní materiály potřebné ke zvládnutí předmětu jsou dostupné na http://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=1413 pro studenty zapsané do kurzu.

Poslední úprava: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (08.09.2014)
Požadavky ke zkoušce -

Pro udělení zápočtu je nutné splnit následující:

- příhlásit se do kurzu na dl2.cuni.cz, kde probíhá online komunikace mezi vyučujícím a studenty
- každý týden vyřešit úspěšně a včas cvičení k tématům daného týdne (~ 1 h týdně)
- vyřešit závěrečný test, který se skládá z otázek řešených v rámci průběžných cvičení (test se řeší v hodině online, je nutné dosáhnout alespoň 60% bodů)

Poslední úprava: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (01.06.2018)
Sylabus -

1. Vizualizace pomocí HTML, základy HTML, formáty datových souborů, webové prohlížeče a pluginy. E-mailové diskuzní skupiny.

2. Nástroje k tvorbě vědeckých pojednání - Přehled software vhodného k tvorbě vědeckých publikací. Publikační proces - definice pojmů primární, sekundární a terciární literatura, bibilografické databáze - obecný popis.

3. Průvodci chemickými zdroji (Database sumary sheets, vyhledávací obecné a specializované servery, adresáře online, tištěné příručky). Počítačové hledání (na Internetu - adresáře, vyhledávací servery, relační databáze, vyhledávácí dotazy - úvod do SQL).

4. Průběžné sledování informací - current awareness, e-mail alerts, časopisy online, bibliografické databáze (Web of Science), doručování dokumentů. Sovníky, Encyklopedie, Tabulky.

5. SciFinder.. Návod k používání software pro přístup k databázím CAS - CA Plus, Registry, ...

6. Reaxys - základy vyhledávání (sloučeniny). 

7. Zotero - osobní bibliografická databáze.

8. Patenty. Definice, podmínky pro udělení, způsob ochrany práv, patentové databáze. Toxikologické informace. Bezpečnostní listy (MSDS), toxikologické databáze (Toxnet, HSDB).

10. Příkazový řádek MS Windows. Základy tvorby skriptů/dávkových úloh.

11. Jak připravit prezentaci v PowerPointu. Získávání a organizace materiálu pro vizuální prezentaci, základy rozložení a návrhu prezentace.

12. Cambridge Structural Database.

13. Závěrečný online test.

Poslední úprava: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (01.06.2018)
Výsledky učení -

Po absolvování předmětu student:

Vytvoří jednoduchou webovou stránku za využití HTML a zná její smysl a strukturu (základní značky a atributy a jejich funkce).

Používá pokročilé funkce textových procesorů (Microsoft Word, příp. Open Office Write) pro tvorbu automaticky číslovaných objektů (obrázků, schémat, tabulek), křížových odkazů na ně z textu a vytvoření obsahu.

Používá program pro kreslení chemických struktur (ChemDraw, ChemSketch) k nakreslení struktur a schémat a způsoby jejich vkládání do textového procesoru.

Vyhledá v největších komerčních chemických databázích (SciFinder-n, Reaxys) sloučeniny podle jejich vlastností (t.t., t.v., ...), názvů či struktury a také vyhledá chemické reakce podle struktury výchozích látek nebo produktů.

Vyhledá v databázích vědeckých publikací (Web of Science, SciFinder-n, Reaxys) publikace podle klíčových slov, autorů, typu publikace a dalších parametrů za využití logických operátorů, názvů polí a rozšiřovacích symbolů.

Zná základní smysl patentů a vyhledá v největších patentových databázích patenty s použitím pokročilých vyhledávacích technik i podle položek specifických pro patenty.

Používá osobní bibliografickou databázi (Zotero, příp. Mendeley) pro sběr bibliografických citací pro závěrečnou práci, umí záznamy citací vhodně anotovat, a umí databázi při jejím sepisování použít.

Používá příkazovou řádku pro spuštění příkazů operačního systému a vytváří dávkový soubor pro spuštění několika příkazů najednou.

V krystalografické databázi (CSD), ke které se vzdáleně připojí za využití příkazové řádky, vyhledá 3D struktury molekul a použije je k tvorbě obrázků v publikační kvalitě.

Poslední úprava: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (12.08.2024)
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK