|
|
|
||
|
Strukturní biologie, která přináší informace o 3D strukturách buněčných komponent s atomárním rozlišením, zaznamenala v posledních 20 letech významné pokroky a poskytla klíčové informace o fungování základních buněčných procesů. Její obrovský přínos lze ilustrovat například tím, že v posledních deseti letech získali strukturní biologové hned několik Nobelových cen - za pokroky v NMr spektroskopii, stukturu membránových proteinů, za strukturu RNA polymerázy a za struktury ribozomů. Celkově bylo uděleno za strukturní biologii již 13 Nobelových cen.
Na podrobnější pohled na 3D strukturu významných proteinů a komplexů však nezbývá v obecných přednáškách mnoho času. Předmět Strukturní základy buněčné biologie se chce proto soustředit právě na 3D struktury makromelekul a hledat odpovědi na otázky jako: - jak velikost, tvar či povrchový náboj ovlivňují funkci proteinů? - jakou mutací lze zvýšit rychlost reakce u daného enzymu? - jak změnit substrátovou specificitu studovaného proteinu? - které aminokyseliny jsou zodpovědné za interakci s DNA? - lze na základě podobnosti vazebného místa pro ligand usuzovat na příbuznost proteinů? Na úvod se krátce seznámíme s metodami sloužícími k určení 3D struktur makromolekul, strukturními databázemi a nástroji sloužícími k hodnocení kvalit struktur. Jadrém předmětu však bude samostatná studentská práce s originální literaturou. Na každé hodině zazní dvě studentské prezentace popisující publikace- jedna bude na předem vybranou významnou práci, která ovlivnila směřování buněčné biologie a druhá prezentace bude popisovat aktuální strukturně-biologický článek, který si student sám vybral, doplněný o seznam zajímavých publikací, které vyšli v posledním čísle vybraných časopisů. O obou prezentovaných článcích budeme na závěr vézt diskuzi. Studenti tak v předmětu získají nejenom zajímavé poznatky o strukturní biologii, které rozšíří znalosti získané dříve, ale získají také možnost zdokonalit se v práci s literárními zdroji, prezentačních dovednostech a diskusi nad vědeckými problémy. Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (11.07.2012)
|
|
||
|
Podmínkou pro úspěšné zakončení předmětu je alespoň jedna ústní prezentace v průběhu semestru, aktivní účast na přednáškách a písemné shrnutí jedné vědecké práce na konci semestru. Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (11.07.2012)
|
|
||
|
Liljas A., Liljas L, Piskur J., Lindblom G., Nissen P. and Kjeldgaard M. Textbook Of Structural Biology. World Scientific Publishing Company; Pap/Cdr edition (February 4, 2009). ISBN-10: 9812772081 Kessel A. and Ben-Tal N. Introduction to Proteins: Structure, Function, and Motion. CRC Press; 1 edition (December 17, 2010).ISBN-10: 1439810710 Branden K. and Tooze J.Introduction to Protein Structure. Garland Science; 2 edition (January 3, 1999). ISBN-10: 0815323050 Lesk A. Introduction to Protein Science: Architecture, Function, and Genomics. Oxford University Press, USA; 2 edition (May 20, 2010). ISBN-10: 0199541302 Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (11.07.2012)
|
|
||
|
Na úvod se krátce seznámíme s metodami sloužícími k určení 3D struktur makromolekul, strukturními databázemi a nástroji sloužícími k hodnocení kvalit struktur. Jadrém předmětu však bude samostatná studentská práce s originální literaturou. Na každé hodině zazní dvě studentské prezentace popisující publikace- jedna bude na předem vybranou významnou práci, která ovlivnila směřování buněčné biologie a druhá prezentace bude popisovat aktuální strukturně-biologický článek, který si student sám vybral, doplněný o seznam zajímavých publikací, které vyšli v posledním čísle vybraných časopisů. O obou prezentovaných článcích budeme na závěr vézt diskuzi. Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)
|
|
||
|
V případě zájmu převyšujícího kapacitu předmětu bude studentům zaslán problém, který se pokusí do 48 hodin s využitím všech dostupných zdrojů vyřešit a odpověď zašlou emailem. Na základě zaslaných odpovědí budou vybráni studenti, kteří se přředmětu zůčastní. Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (11.07.2012)
|