Předměty

Kurz seznamuje s praktickými základy vědecké praxe v moderní experimentální biologii. Je určen zejména studentům, kteří hodlají pokračovat ve studiu experimentálních biologických oborů v rámci jejich magisterského studia. Detailně budou probírána základní pravidla vědecké práce, plánování a způsoby hodnocení pokusů, zásady práce v biologické laboratoři, vedení protokolů a etická pravidla vědecké práce. Dále budou účastníci obeznámeni s účelnými postupy vyhledávání ve vědeckých databázích a nakládání s takovými údaji. Prakticky budou demonstrovány postupy přípravy vědeckého sdělení ve formě plakátu, přednášky či článku. Hlavní důraz bude kladen na praktickou demonstraci postupů využitelných při přípravě bakalářské či diplomové práce.

Poslední úprava: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (02.10.2022)

The course gives information on the basics of scientific practise in modern experimental biology. It is devoted to students that intend to study experimental biology specializations. The basics of research practise, planning of experiments, methods of their evaluation, principles of laboratory work, guidelines for writing protocols and ethical rules will be described in detail. Participants will be informed about useful techniques of mining in scientific databases and handling with these data as well as about scientific contribution preparation (poster and oral presentations, scientific papers). Practical demonstrations of techniques useful for bachelor and master thesis writing will be strongly emphasized.

Poslední úprava: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (02.10.2022)

Literatura a webové odkazy:
Texty k jednotlivým přednáškám kurzu je možné najít na https://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=186

Poslední úprava: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (06.02.2026)

Texts for all individual lectures of this course are downloadable from https://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=186

Poslední úprava: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (06.02.2026)

Podminkou udeleni zapoctu je vypracovani uloh ze zpracovani bibliografickych dat a ukazkove vedecke publikace.

Poslední úprava: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (11.03.2019)

Credits will be obtained after submission of written exams on the searching, processing and presentation of bibliographic and scientometric data and preparation of the scientific manuscript.

Poslední úprava: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (02.10.2022)

1 Základy výzkumné práce
1.1 Charakter vědecké práce v experimentální biologii
1.2 Pozorování a experiment jako dvě hlavní činnosti vědců
1.3 Vědecké instituce, organizace, konference a sociální sítě
Vědecké příspěvky na seminářích a konferencích, pravidla pro efektivní psaní abstraktů
1.4 Etická pravidla pro vědeckou práci, včetně špatných návyků ve vědeckém psaní
1.5 Financování vědeckého výzkumu
1.6 Psaní vědeckých projektů a žádostí o granty

2 Zpracování experimentálních dat
2.1 Organizace práce, typ dat
2.2 Prohlížeče dat, správné zpracování a ukládání dat
2.3 Tabulkové kalkulátory, statistický software, editory grafů
2.4 Zpracování strukturálních a sekvenčních dat
2.5 Analýza obrazu, grafický software, prezentační software

3 Vědecká literatura

3.1 Typy vědeckých zpráv a jejich účel
3.2 Internetové zdroje informací
3.3 Jak vyhledávat bibliografické záznamy a plné texty článků – dobré a špatné návyky
3.3.1 Bibliografické databáze přístupné na naší fakultě
3.3.2 Databáze plných textů přístupné na naší fakultě
3.3.3 Vytvoření vlastní databáze odkazů
3.4 Scientometrie – nástroj pro hodnocení kvality a vědecké relevance vědecké práce
3.5 Recenzní řízení vědeckých textů – podrobný průvodce procesem

4 Umělá inteligence v experimentální biologii
4.1 Umělá inteligence při zpracování a analýze experimentálních dat
4.2 Umělá inteligence ve vědeckém psaní a prezentaci

5 Online informační databáze v experimentální biologii
5.1 Databáze sekvencí
5.2 Specializované databáze sekvencí

6 Vědecké psaní
6.1 Psaní bakalářských, magisterských a disertačních prací
6.2 Psaní vědeckých zpráv/článků – dobré a špatné návyky, jak publikovat v renomovaném časopise

Poslední úprava: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (06.02.2026)

Syllabus:

1 Basics of research work
1.1 The character of scientific work in experimental biology
1.2 Observation and experiment as the two main activities of scientists
1.3 Scientific institutions, organizations, conferences, and social networks
Scientific contributions at the seminars and conferences, rules for effective abstract writing
1.4 Ethical rules for scientific work, including bad habits in scientific writing
1.5 Funding scientific research
1.6 Writing scientific projects and grant proposals

2 Experimental data handling
2.1 Organization of work, type of data
2.2 Data explorers, correct data handling and saving
2.3 Spreadsheets, statistical software, plot editors
2.4 Processing of structural and sequence data
2.5 Image analysis, graphical software, presentation software

3 Scientific literature

3.1 Types of scientific reports and their purpose
3.2 Internet sources of information
3.3 How to search for bibliographic records and full-text articles - good and bad habits
3.3.1 Bibliographic databases accessible at our faculty
3.3.2 Full-text databases accessible at our faculty
3.3.3 Creating your own database of references
3.4 Scientometry - a tool for the evaluation of quality and scientific relevance of scientific work
3.5 Peer review of scientific texts - step-by-step guide through the process

4 Artificial intelligence in experimental biology
4.1 AI in the handling and processing of experimental data
4.2 AI in scientific writing and presentations

5 Online information databases in experimental biology
5.1 Databases of sequences
5.2 Specialized sequence databases

6 Scientific writing
6.1 Writing bachelor, master and dissertation theses
6.2 Writing scientific report/paper - good and bad habits, how to publish in a very good journal

Poslední úprava: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (06.02.2026)

Výsledky učení

Student bude schopen:

Vědecké myšlení a výzkumná praxe

Vysvětlit podstatu a účel vědecké práce v experimentální biologii a rozlišovat mezi výzkumem založeným na pozorování a výzkumem založeným na experimentech.

Aplikovat základní principy experimentálního designu, včetně plánování, dokumentace a vyhodnocování experimentů.

Identifikovat hlavní vědecké instituce, konference a profesní sítě relevantní pro experimentální biologii.

Prokázat porozumění etickým pravidlům ve vědeckém výzkumu, včetně odpovědného zacházení s daty a vyhýbání se nekalým praktikám ve vědeckém psaní.

Organizace výzkumu a zacházení s daty

Organizovat experimentální práci a spravovat různé typy vědeckých dat strukturovaným a reprodukovatelným způsobem.

Aplikovat správné postupy pro ukládání, zálohování a dokumentaci dat.

Používat tabulkové kalkulátory, statistický software a grafické nástroje pro základní analýzu a vizualizaci dat.

Zpracovávat a interpretovat strukturální, sekvenční a obrazová data pomocí vhodných softwarových nástrojů.

Vědecká literatura a informační gramotnost

Rozlišovat mezi různými typy vědeckých publikací a vysvětlit jejich účel.

Efektivně vyhledávat v bibliografických a fulltextových vědeckých databázích dostupných na fakultě.

Vytvořit a spravovat osobní referenční databázi pomocí vhodných citačních nástrojů.

Kriticky hodnotit vědeckou literaturu pomocí základních scientometrických ukazatelů.

Popsat proces vzájemného hodnocení a posoudit vědecké texty z pohledu autora i recenzenta.

Vědecká komunikace

Psát jasné a dobře strukturované vědecké texty, včetně abstraktů, protokolů a úplných vědeckých rukopisů.

Připravovat vědecké výstupy vhodné pro ústní prezentace, plakáty a písemné zprávy.

Aplikovat osvědčené postupy ve vědeckém psaní a rozpoznávat časté chyby.

Vytvořit vědecký rukopis, který splňuje formální a etické standardy moderní experimentální biologie.

Umělá inteligence a moderní nástroje

Vysvětlit současné aplikace a omezení umělé inteligence při zpracování experimentálních dat.

Zodpovědně používat nástroje umělé inteligence na podporu vědeckého psaní a přípravy prezentací.

Profesní rozvoj

Popsat základní principy financování výzkumu a psaní grantových návrhů.

Prokázat připravenost k další specializaci v experimentální biologii na bakalářské nebo magisterské úrovni.

Poslední úprava: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (06.02.2026)

Learning Outcomes

Students will gain the knowledge to:

Scientific thinking and research practice

Explain the nature and purpose of scientific work in experimental biology and distinguish between observation-based and experiment-based research.
Apply basic principles of experimental design, including planning, documentation, and evaluation of experiments.
Identify major scientific institutions, conferences, and professional networks relevant to experimental biology.
Demonstrate understanding of ethical rules in scientific research, including responsible data handling and avoidance of misconduct in scientific writing.

Research organization and data handling

Organize experimental work and manage different types of scientific data in a structured and reproducible way.
Apply correct practices for data storage, backup, and documentation.
Use spreadsheets, statistical software, and graphical tools for basic data analysis and visualization.
Process and interpret structural, sequence, and image data using appropriate software tools.

Scientific literature and information literacy

Distinguish between different types of scientific publications and explain their purposes.
Efficiently search bibliographic and full-text scientific databases available at the faculty.
Build and manage a personal reference database using appropriate citation tools.
Critically evaluate scientific literature using basic scientometric indicators.
Describe the peer-review process and assess scientific texts from the perspective of both author and reviewer.

Scientific communication

Write clear and well-structured scientific texts, including abstracts, protocols, and full scientific manuscripts.
Prepare scientific outputs suitable for oral presentations, posters, and written reports.
Apply good practices in scientific writing and recognize common mistakes.
Produce a scientific manuscript that meets formal and ethical standards of modern experimental biology.

Artificial intelligence and modern tools

Explain current applications and limitations of artificial intelligence in experimental data processing.
Use AI tools responsibly to support scientific writing and presentation preparation.

Professional development

Describe basic principles of research funding and grant proposal writing.
Demonstrate readiness for further specialization in experimental biology at bachelor’s or master’s level.

Poslední úprava: Petrášek Jan, RNDr., Ph.D. (06.02.2026)