|
|
|
||
Přednáška se zaměřuje na konformaci informačních biopolymerů (proteinů a
nukleových kyselin) včetně konformačního a sekvenčního polymorfizmu DNA, anomálií ve struktuře molekul a modifikací a topologie DNA. Popisuje vlastností biopolymerů, které jsou důležité pro jejich funkci, identifikaci, stanovení koncentrace, separaci, izolaci, sekvencování, deneturaci, reasociaci, degradaci, modifikaci a sledování jejich vzájemných interakcí. Dále jsou popsány separační a analytické metody důležité pro genové inženýrství , genomiku, transkriptomiku a proteomiku. Přednáška navazuje na Molekulární biologii a je doplňkem Genového inženýrství. Poslední úprava: Fišer Radovan, doc. RNDr., Ph.D. (08.02.2016)
|
|
||
Materiály k předmětu budou aktualizovány v prostředí Moodle https://dl2.cuni.cz/
Základní literatura: Voet P. a Voet J.G. (překlad Kotyk et al 1994) Biochemie, nakladatelství AVČR ACADEMIA, Praha (Vybrané kapitoly týkající se NA+proteinů a jejich stavebních jednotek)
Vondrejs et al. Genové inženýrství I. II. III. IV. (Vybrané kapitoly týkající se metod pro separaci a analýzu NA+ proteinů založených na vlastnostech biopolymerů)
Doplňující literatura: Vacík a kol. : Přehled středoškolské chemie SPN 1999 str. 64-106
Zubay et al.: Principles of Biochemistry, (WCB 1995)
Chang: Chemistry (WCB 1998)
Doporučený software: PyMOL http://www.pymol.org/ VMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ Cn3D http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml Ligand Explorer http://www.pdb.org/pdb/explore/viewerLaunch.do?viewerType=LX Jmol http://http://jmol.sourceforge.net/
Poslední úprava: Fišer Radovan, doc. RNDr., Ph.D. (08.02.2016)
|
|
||
Zkouška se koná formou testu. Každý test se skládá ze tří částí, ve kterých je student zkoušen ze znalosti následujích témat:
1A) Vzorce, názvy a zkratky podjednotek a prekurzorů nukleových kyselin odvozených od majoritních bází (+ pseudouridin, dideoxyNTP). Prostorové uspořádání a vlastnosti těchto struktur, keto-enol, amino-imino tautomery, číslování atomů a značení torzních úhlů, analogy bází, mutabilita, hydratace, vodíkové můstky, Watson-Crickovy páry bází, způsoby záznamu oligonukleotidů.
1B) Kódované aminokyseliny-názvy, třípísmenové zkratky, vzorce disociace a asociace, přibližné hodnoty pKa skupin a jejich názvy, kyselé, bázické neutrální aminokyseliny, polární a nepolární, aromatické, obsahující S, -OH a různé další skupiny. Chiralita, vodíkové můstky a hydratace, peptidická a isopeptidická vazba- mesomerie.
2) Základní pojmy, vzorce a drobné úlohy k řešení okolo struktury a vlastností biopolymerů.
3) Drobné úlohy okolo využití a aplikace metod pro analýzu a separaci biopolymerů. Poslední úprava: Fišer Radovan, doc. RNDr., Ph.D. (08.02.2016)
|
|
||
1. Struktura a vlastnosti DNA, RNA a jejich stavebních podjednotek, konformační polymorfismus, sekvenční polymorfismus, strukturní anomálie a topologie DNA) 2. Struktura a vlastnosti proteinů a jejich podjednotek 3. Stanovení koncentrace informačních biopolymerů (spektrofotometrie, fluorimetrie a kolorimetrie) 4. Sekvenování DNA, RNA a proteinů 5. Denaturace a reasociační analýza nukleových kyselin, reasociační sondy a matrice (microarrays) 6. Sedimentační analýza biopolymerů, metoda pohyblivého rozhraní, diferenciální, izokinetická a izopyknická centrifugace 7. Elektroforetická analýza a separace biopolymerů včetně pulzní elektroforézy. 8. Elektronová mikroskopie nukleových kyselin 9. Přehled separačních a purifikačních technik 10. Stanovení molární hmotnosti proteinových molekul 11. Hmotová spektrometrie proteinů 12. Metody sledování genové exprese resp. zastoupení různých RNA nebo proteinů v biologických objektech 13. Transkripce a translace in vitro 14. Metody sledování interakcí biopolymerů
Povinná nebo doporučená časová posloupnost s ostatními kursy Po absolvování základního kursu molekulární biologie
Další informace: Doporučuje se využít nabídky speciálního cvičení a praktika z molekulární biologie, které na přednášku navazují
Studijní literatura V.Vondrejs,Z.Storchová: Genové inženýrství I , Nakladatelství Karolinum,Praha2000 D.Voet,J.G.Voet: Biochemie,český překlad .Victoria Publishing, Praha, 1995 The Biotol team: Analysis of Amino Acids, Proteins and Nucleic Acids. Butterworth and Heinemann Press, 1992
Poslední úprava: Fišer Radovan, doc. RNDr., Ph.D. (08.02.2016)
|