PředmětyPředměty(verze: 850)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Molekulové a biomolekulové interakce - MC260P98
Anglický název: Molecular and Biomolecular Interactions
Český název: Molekulové a biomolekulové interakce
Zajišťuje: Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2018
Semestr: letní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D.
Vyučující: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D.
Výsledky anket   Termíny zkoušek   Rozvrh   
Anotace -
Poslední úprava: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
Nekovalentni interakce - fyzikální principy, QM a MM výpočetní metody, experimentální metody, role nekovalentních interakcí v biomolekulách
Literatura -
Poslední úprava: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)

A. Stone, The theory of intermolecular forces 2nd edition, Oxford univ. press 2013

Články doporučené během kurzu

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)

Zkouška formou ústního zkoušení.

Sylabus -
Poslední úprava: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
  1. Fyzikální mechanismy nekovalentních interakcí, závislost interakční energie na vzdálenosti

    1. Elektrostatické interakce, dipól, multipóly, indukce

    2. Londonova disperze

    3. Pauliho repulze

  2. Specifické typy nekovalentních interakcí

    1. Vodíková vazba

    2. Halogenová vazba a další sigma-hole interakce

    3. Disperze a patrové interakce (stacking):

    4. Přenos náboje

  3. Nekovalentní interakce v termodynamice

    1. Potenciální energie

    2. Energie nulové vibrace

    3. Entropie

    4. Solvatace, “hydrofobní interakce”

    5. van der Waalsova rovnice, konfigurační integrál

    6. Izolované systémy: pevný rotor/harmonický oscilátor

  4. Variační výpočty

    1. Interakční energie

    2. Superpoziční chyba

    3. Metody výpočtu korelační energie

    4. Přesné výpočty, extrapolace do CBS, CCSD()/CBS

    5. DFT funkcionály, DFT-D a jeho varianty

    6. Semiempirické metody, korekce pro nekov. interakce

  5. Dekompozice interakční energie

    1. Interakce v poruchové teorii, metody SAPT

    2. Morokumova dekompozice

  6. Molekulová mechanika

    1. Nekovalentní interakce v MM, Lennard-Jonesův poteniál

    2. Parametrizace MM forcefieldu

    3. Polarizace

    4. Výpočty volné energie

  7. Experimentální metody

    1. Rotační spektroskopie - odhad struktury

    2. Vibrační spektra - charakteristika interakcí, interakční energie

    3. Pokročilé spektroskopické metody, přímé měření disociační energie

    4. Termochemie

  8. Nekovalentní interakce v biomolekulách

    1. Struktura DNA

    2. Nekovalentní interakce v proteinech

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK