|
|
|
||
Poslední úprava: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. (27.11.2017)
|
|
||
Poslední úprava: Lukasz Cwiklik (18.02.2019)
M. P. Allen a D. J. Tildesley: Computer simulations of liquids, Clarendon Press, Oxford, 1991. D. Frenkel a B. Smit: Understanding molecular simulations, Academic Press, New York, 2002. |
|
||
Poslední úprava: Lukasz Cwiklik (18.02.2019)
Zkoušku může skládat student/ka, který/á nejpozději 3 dny předem předloží zpracovaný samostatný projekt z praktické části. Zkouška je ústní v rozsahu probírané látky (viz sylabus). Základem zkoušky je "obhajoba" samostatného projektu, důraz je kladen na porozumění použitým metodám a podstatě mezimolekulových interakcí v simulovaném systému. |
|
||
Poslední úprava: Lukasz Cwiklik (18.02.2019)
1. Minikurz statistické mechaniky - statistické soubory, výpočet termodynamických veličin, korelační a distribuční funkce, ergodický teorém.
2. Meziatomové a mezimolekulové potenciály.
3. Integrace klasických pohybových rovnic - metody Verlet a prediktor-korektor (Gear)
4. Základy metod Monte Carlo. Metropolisova metoda generace kanonického souboru.
5. Simulační protokol: počáteční podmínky, vstupní parametry, periodické okrajové podmínky, interakční cutoff, Ewaldova sumace,
simulace za konstantní teploty a za konstantního tlaku.
6. Metody vizualizace a analýzy výsledků.
V rámci přednášky se bude konat jak teoretický výklad, tak praktické ukázky počítačových simulací. |