PředmětyPředměty(verze: 806)
Předmět, akademický rok 2007/2008
   Přihlásit přes CAS
Metody molekulové dynamiky a Monte Carlo - MC260P79
Anglický název: Methods of molecular dynamics and Monte Carlo
Zajišťuje: Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2007 do 2007
Semestr: zimní
E-Kredity: 5
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/1 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, DSc.
RNDr. Martina Roeselová, Ph.D.
Vyučující: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, DSc.
Anotace -
Poslední úprava: XJUNGWIR (22.06.2007)

Úvod do metod molekulové dynamiky a Monte Carlo pro simulace molekulových systémů. Vhodné zejména pro magisterské studenty a doktorandy PřF UK a MFF UK.
Literatura
Poslední úprava: XJUNGWIR (22.06.2007)

M. P. Allen a D. J. Tildesley: Computer simulations of liquids, Clarendon Press, Oxford, 1991.

D. Frenkel a B. Smit: Understanding molecular simulations, Academic Press, New York, 2002.

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: RNDr. Martina Roeselová, Ph.D. (05.12.2011)

Zkoušku může skládat student/ka, který/á nejpozději 3 dny předem předloží zpracovaný samostatný projekt z praktické části.

Zkouška je ústní v rozsahu probírané látky (viz sylabus).

Základem zkoušky je "obhajoba" samostatného projektu, důraz je kladen na porozumění použitým metodám a podstatě mezimolekulových interakcí v simulovaném systému.

Sylabus -
Poslední úprava: XJUNGWIR (22.06.2007)

1. Minikurz statistické mechaniky - statistické soubory, výpočet termodynamických veličin, korelační a distribuční funkce, ergodický teorém.

2. Meziatomové a mezimolekulové potenciály.

3. Integrace klasických pohybových rovnic - metody Verlet a prediktor-korektor (Gear)

4. Základy metod Monte Carlo. Metropolisova metoda generace kanonického souboru.

5. Simulační protokol: počáteční podmínky, vstupní parametry, periodické okrajové podmínky, interakční cutoff, Ewaldova sumace,

simulace za konstantní teploty a za konstantního tlaku.

6. Metody vizualizace a analýzy výsledků.

V rámci přednášky se bude konat jak teoretický výklad, tak praktické ukázky počítačových simulací.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK