Metody molekulové dynamiky a Monte Carlo - MC260P79

• Anglický název: Methods of molecular dynamics and Monte Carlo
• Zajišťuje: Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2007 do 2007
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 5
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/1, Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.; RNDr. Martina Roeselová, Ph.D.
• Vyučující: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.

Anotace

čeština

Poslední úprava: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. (27.11.2017)

Úvod do metod molekulové dynamiky a Monte Carlo pro simulace molekulových systémů. Vhodné zejména pro magisterské studenty a doktorandy PřF UK a MFF UK.

angličtina

Poslední úprava: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. (27.11.2017)

Introduction to molecular dynamics and Monte Carlo methods for simulating molecular systems. Suitable primarily for Ms. and PhD. students at PřF UK and MFF UK.

Literatura

Poslední úprava: Lukasz Cwiklik (18.02.2019)

M. P. Allen a D. J. Tildesley: Computer simulations of liquids, Clarendon Press, Oxford, 1991.

D. Frenkel a B. Smit: Understanding molecular simulations, Academic Press, New York, 2002.

Požadavky ke zkoušce

Poslední úprava: Lukasz Cwiklik (18.02.2019)

Zkoušku může skládat student/ka, který/á nejpozději 3 dny předem předloží zpracovaný samostatný projekt z praktické části.

Zkouška je ústní v rozsahu probírané látky (viz sylabus).

Základem zkoušky je "obhajoba" samostatného projektu, důraz je kladen na porozumění použitým metodám a podstatě mezimolekulových interakcí v simulovaném systému.

Sylabus

čeština

Poslední úprava: Lukasz Cwiklik (18.02.2019)

1. Minikurz statistické mechaniky - statistické soubory, výpočet termodynamických veličin, korelační a distribuční funkce, ergodický teorém.

2. Meziatomové a mezimolekulové potenciály.

3. Integrace klasických pohybových rovnic - metody Verlet a prediktor-korektor (Gear)

4. Základy metod Monte Carlo. Metropolisova metoda generace kanonického souboru.

5. Simulační protokol: počáteční podmínky, vstupní parametry, periodické okrajové podmínky, interakční cutoff, Ewaldova sumace,

simulace za konstantní teploty a za konstantního tlaku.

6. Metody vizualizace a analýzy výsledků.

V rámci přednášky se bude konat jak teoretický výklad, tak praktické ukázky počítačových simulací.

angličtina

Poslední úprava: Lukasz Cwiklik (18.02.2019)

1. Minireview of statistical mechanics - thermodynamic ensembles, calculation of thermodynamic variables, correlation and distribution functions, ergodic theorem.

2. Interatomic and intermolecular potentials.

3. Integration of classical equations of motion - Verlet method, predictor-corrector (Gear) method.

4. Basics of Monte Carlo methods. Metropolis method of generation of the canonical ensemble.

5. Simulation protocole: initial conditions, entry parameters, periodic boundary conditions, interaction cutoff, Ewald summation, methods of temperature and pressure control.

6. Methods of visualization and analysis of results.

Within the class there will be both theoretical lectures and practical demonstrations of computer simulations.