PředmětyPředměty(verze: 849)
Předmět, akademický rok 2019/2020
   Přihlásit přes CAS
Řešení trojrozměrné struktury makromolekul - MC250P17
Anglický název: Determination of the 3D structure of macromolecules
Český název: Řešení trojrozměrné struktury makromolekul
Zajišťuje: Katedra biochemie (31-250)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
E-Kredity: 2
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: RNDr. Pavlína Maloy Řezáčová, Ph.D.
Vyučující: doc. RNDr. Jiří Brynda, CSc.
RNDr. Pavlína Maloy Řezáčová, Ph.D.
Ing. Václav Veverka, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: SIMONAT (19.04.2002)
Přednáška seznámí studenty magisterského a doktorandského studia se základy trojrozměrné struktury proteinů a nukleových kyselin a blíže představí dvě nejpoužívanější metody určení 3D struktury: rentgenovou krystalografii a nukleární magnetickou rezonanci (NMR). Přednášku doplní i praktická ukázka pracovišť využívajících tyto metody.
Literatura
Poslední úprava: prof. RNDr. Jiří Hudeček, CSc. (15.05.2012)

Materiály k přednášce a ke zkoušce.

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: REZACOV1/NATUR.CUNI.CZ (08.11.2011)

Zkouška: písemná - test.

Test je rozdělen na dvě části (NMR a RTG krystalografie), které se hodnotí samostatně.

Sylabus -
Poslední úprava: SIMONAT (19.04.2002)

1. Základy struktury proteinů

(strukturní motivy, folding, vztah struktury a funkce, metody určování trojrozměrné struktury, využití strukturní informace, proteinová databaze )

2. Úvod do rentgenové krystalografie

(historie, princip metody a fáze určování struktury makromolekul, zdroje a příprava makromolekul pro rentgenovou krystalografii)

3. Krystaly makromolekul, jejich vlastnosti a příprava

(teorie krystalu, symetrie, prostorové grupy, princip a metody krystalizace makromolekul)

4. Teorie difrakce

(Braggova podmínka difrakce, Evaldova konstrukce, strukturní faktor)

5. Sběr difrakčních dat

(zdroje rentgenového záření, detektory, příprava krystalu pro sběr dat, snímání dat za nízkých teplot, metody a strategie, zpracování difrakčních dat, počítačové programy)

6. Řešení 3D struktury, fázový problém

(teorie fázového problému v proteinové krystalografii, metody získání fází)

7. Výstavba modelu, upřesňování a hodnocení kvality modelu

(mapy elektronových hustot a jejich interpretace, kontrola stereochemické kvality modelu)

8. Praktická ukázka krystalografického pracoviště

( exkurze do laboratoře proteinové krystalografie na odd. Genových manipulací Ústavu molekulární genetiky, ukázka proteinových krystalů, snímání a zpracování difrakčních dat a výstavby modelu na grafické stanici)

9. Základní pojmy NMR spektroskopie

(podstata jevu, vznik signálu a jeho zpracování NMR parametry, základní pulsní sekvence, spinové echo, přenos polarizace...)

10. Metody vícerozměrné NMR spektroskopie (homonukleární versus heteronukleární korelační experimenty, klasická versus obrácená detekce, spin-lock)

11. NMR spektroskopie biologicky aktivních systémů (struktura a dynamika proteinů, oligonukleotidů a sacharidů, výpočetní metody pro zpracování experimentálních údajů)

12. Využití NMR spektroskopie při zkoumání nevazebných interakcí mezi molekulami (metody studia komplexů a komplexačních vlastností různých druhů látek).

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK